[Biologie de l'évolution] Évolution et transmission des caractères acquis

Je ne veux pas ici parler de lamarck, mais plutôt de l'effet de l'épigénétique.

On sait maintenant que non seulement l'environnement affecte l'expression génique, et en particulier que des marqueurs (dits épigénétiques) viennent indiquer les segments du code génétique à "sauter" ou à amplifier, mais aussi que ces marqueurs épigénétiques sont transmis (mais pas toujours...) aux rejetons.

Par exemple, le cas des mères souris "stressées" qui transmettaient leur stress à leurs enfants-souris.
De façon amusante cela vient "brouiller" un peu plus le débat entre l'inné et l'acquis.

Ma question:D'après vous, est-ce que la transmission des marqueurs épigénétiques peut avoir un effet sur la spéciation ? Bref, on aurait des caractères qui ne résulteraient donc pas simplement d'une optimisation de l'adaptation de l'espèce (neo-darwinisme) mais aussi des adaptations individuels de nos ancêtres à leurs environnement ... Le developpement individuel ontogénétique viendrait interagir avec l'évolution des espèces...  
Je me demande si par exemple, à force d'être "marqué " épigénétiquement pour ne pas s'exprimer, un gêne ne pourrait pas par exemple être éliminé (peut-être par une mutation silencieuse).

Dans le cas inverse ou un gêne est davantage exprimé par le marqueur, par exemple dans le cas du stress, je me demande comment ça pourrait se répercuter sur la formation d'une nouvelle espèce... Comme le réseau d'expression génique devrait se reconfigurer.
Je ne sais pas non plus si le marqueurs est transmis sur suffisamment de générations pour qu'il y ait vraiment un effet.

En fait, deux possibilités (non exclusives, si on cherche dans un génome donné on trouvera des marqueurs qui correspondent à l'une ou l'autre):

- Le marqueur épigénétique est un élément de la régulation des gènes. Dans ce cas, il active / désactive un gène ou modifie son mode d'expression, mais en amont ce mécanisme est une réponse à un changement environnemental, comme toute autre forme de régulation génétique (la seule différence est qu'elle est transmise d'une génération à l'autre). Dans ce cas, le marqueur n'est pas une mutation génétique, et le mécanisme qui entre en jeu dans sa mise en place est le résultat du processus de la sélection naturelle (i.e. à un moment la sélection naturelle à eu pour résultat que dans telle condition environnementale tel marqueur se met en place), et lorsque l'environnement changera à nouveau, alors le marqueur partira, et ainsi de suite à chaque changement. En gros dans cette vision, l'épigénétique est un mode de régulation pour les changements qui se font "à long terme" c'est à dire "une fois toutes les quelques générations ", et d'autres modes de régulation interviennent aux autres échelles de temps (qui vont de l'heure à la durée de vie de l'individu).

- Le marqueur épigénétique est vu comme une mutation (on peut considérer les modifications épigénétique comme de nouvelles bases azotées). La définition d'une mutation, c'est une modification du génome qui a lieu par hasard et qui change son expression. Dans ce cas, ce n'est pas "tel environnement induit telle mutation qui améliore l'adaptation à cet environnement", et du coup on est loin de l'hérédité des caractères acquis.

De mon point de vue, le débat qui consisterait à savoir si l'épigénétique ressuscite ou non le théorie de l'hérédité des caractères acquis risque fort d'être sémantique: au sens littéral, des caractères acquis par l'individu au court de sa vie peuvent être transmis à ses descendants et améliorer leur survie et leur reproduction. Mais ce sens n'est pas celui de l'expression "hérédité des caractères acquis" tel que l'entendait Lamarck... loin de là. Car on est loin d'un mécanisme "intelligent" qui "inventerait une mutation "pile poil comme il faut" dans un contexte complétement nouveau pour l'individu (/ses ancêtres).

J'espère que je suis compréhensible et que je réponds plus ou moins à ta question, c'est le genre de trucs sur lesquels j'ai du mal à être pédagogue...

(je ne répond pas directement à la question "est-ce que la transmission des marqueurs épigénétiques peut avoir un effet sur la spéciation" car la réponse serait très compliquée, et j'ai peur que ma réponse soit comprise de travers... en gros: oui, mais pas du tout comme tu l'entends : ca peut avoir un effet dans le sens ou les marques épigénétiques sont des adaptations, et toutes les adaptations ont le potentiel d'avoir un effet sur la spéciation. Donc la réponse est non si la question est formulé de la manière suivante : "l'épigénétique est-elle un mécanisme nouvellement identifié de l'évolution des espèces".)

Juste pour préciser: mon sujet de doctorat était très porté sur l'épigénétique, donc j'ai un peu de recul sur le sujet, mais c'est encore très flou pour pas mal de spécialistes de l'évolution qui n'ont pas travaillé sur l'épigénétique... en gros on en est aux balbutiements dans ce domaine et même de la part de chercheurs en bio évo, vous pourrez entendre un peu tout et n'importe quoi. De la part de personnes qui ont un lien avec les mécas de l'évolution et l'épigénétique encore plus distant genre anthropologues ou vulgarisateurs pour journaux scientifique, vous pourrez surtout entendre n'importe quoi donc ne vous y fiez pas . Quoi qu'il en soit, sachez que toute chose exprimée sur le sujet évolution/ épigénétique (cela inclu toutes les explications que j'ai fournies ci-dessus) n'est pour le moment que le point de vue de la personne qui exprime cette chose, puisqu'il n'y a pas encore de consensus scientifique sur ce sujet.

(oui il y a dans ma dernière parenthèse une attaque a peine voilée envers un anthropologue très connu qu'il est inutile de citer...)

Bapak-Badak a écrit:
Par exemple, le cas des mères souris "stressées" qui transmettaient leur stress à leurs enfants-souris.
De façon amusante cela vient "brouiller" un peu plus le débat entre l'inné et l'acquis.

Tu as plus de précision ? Le caractère stressé peut être transmis de manière comportementale et donc épigénétique. Ce qui ne brouille pas le débat, mais l’éclaircie.

Bapak-Badak a écrit:
Ma question:D'après vous, est-ce que la transmission des marqueurs épigénétiques peut avoir un effet sur la spéciation ?

Pleins de phénomènes ont des effets. Des effets c'est vague. Tu parles d'un poids assez important pour venir orienter la processus évolutif à l'échelle macro ? Ou bien d’influences écologiques ?

Bapak-Badak a écrit:
Bref, on aurait des caractères qui ne résulteraient donc pas simplement d'une optimisation de l'adaptation de l'espèce (neo-darwinisme) mais aussi des adaptations individuels de nos ancêtres à leurs environnement ...

Ce n'est pas le cas. Les espèces ne s'optimisent pas avec le temps. Tu as vu le bordel que c'est dans ton genou - cheville ? Tous ses ligaments et autres tampons cartilagineux qui empêchent la dislocation de ton genou alors que tu courrais tellement plus vite si certains de tes os avaient fusionnés ?
L'évolution n'est pas orientée vers le "mieux".

Merci de vos réponses , et désolé de ne revenir ici que trop rarement. (il y a plus d'un an !!!!  hahaha)

Oui Waka, je suis bien d'accord en fait.
Finalement on pourrait dire que même si l'épigénétique (venant de l'adaptation des individus à leur environnement) participait à faire évoluer l'espèce, ce serait essentiellement qu'à cause de la variabilité inter-individuelle supplémentaire qu'elle introduirait et qui sera soumise à la pression de la sélection naturelle.
Donc si une nouvelle "variante" (venant de l'épigénétique) confèrait un avantage adaptatif, ce resterait le mécanisme darwinien qui en fournirait la raison.  

De l'autre côté, si la "variante" était neutre du point de vue de la pression adaptative de la selection naturelle, elle pourrait se transmettre à la descendance car elle n'aurait aucune raison non plus d'être éliminée. Donc on pourrait aussi dire que l'épigénétique (mais à ce titre aussi bien des mutations "neutres") participeraient à façonner l'espèce...
Mais, pour l'épigénétique, ce ne serait pas à cause d'une adaptation du point de vue de l'espèce, juste une question d'adaptation de certains individus ancestraux.

Donc bref, comme tu dis, ça participerait à l'évolution de l'espèce au sens de son changement dans le temps, et pas dans le sens de son succès adaptatif.  
Et un peu comme Bibo dit: tout changement n'est pas nécessairement orienté vers le "mieux".

Pourtant Je dirais quand même contrairement à Bibo que l'évolution en tout temps s'oriente localement vers le "mieux" (au sens du plus adapté à la reproduction ). La sélection naturelle est une heuristique d'optimisation LOCALE et non pas globale, d'autant plus que les conditions environnementales peuvent parfois changées plus rapidement que la vitesse du processus d'adaptation lui-même.


Mais bon moralement, par exemple ce ne sont pas les humains les plus intelligents ni les "meilleurs" d'aucune façon  qui se reproduisent le plus, donc bof, si l'espèce suit une "morale", ce n'est certes pas celle des individus qui la compose.

Bapak-Badak a écrit:
Pourtant Je dirais quand même contrairement à Bibo que l'évolution en tout temps s'oriente localement vers le "mieux" (au sens du plus adapté à la reproduction ).  La sélection naturelle est une heuristique d'optimisation LOCALE et non pas globale, d'autant plus que les conditions environnementales peuvent parfois changées plus rapidement que la vitesse du processus d'adaptation lui-même.

A mon sens, c'est une vue de l'esprit.
Il est humain de créer des causalités là où il n'y a  que des faits : des diversifications locales.

Si la sélection naturelle n'agit que localement, alors il faut arrêter de prétendre qu'elle explique les spéciations à l'échelle macro.

Bibo a écrit:

Bapak-Badak a écrit:
Pourtant Je dirais quand même contrairement à Bibo que l'évolution en tout temps s'oriente localement vers le "mieux" (au sens du plus adapté à la reproduction ).  La sélection naturelle est une heuristique d'optimisation LOCALE et non pas globale, d'autant plus que les conditions environnementales peuvent parfois changées plus rapidement que la vitesse du processus d'adaptation lui-même.

A mon sens, c'est une vue de l'esprit.
Il est humain de créer des causalités là où il n'y a  que des faits : des diversifications locales.

Si la sélection naturelle n'agit que localement, alors il faut arrêter de prétendre qu'elle explique les spéciations à l'échelle macro.

Ce sont 2 questions interessantes

1) Une vue de l'esprit ?? ahahah  Mais bien sûr, faut pas être naïf, d'un point de vue épistémologique, toute théorie aussi valide et appuyée soit elle restera une construction de l'esprit humain... qui donne du sens au faits, qui les explique , en structurant l'information qu'il recueille sur la nature autour et en lui.  Mais les faits eux -même n'existe JAMAIS sans un apriori théorique (sans une idée de comment penser, mesurer, présenter ces faits)
Et pour donner du sens, on établit des rapport de causalité. D'abord naïvement et linéairement, comme (A CAUSE B) et ensuite des causalités circulaires (A influence B qui influence A, , du type "la poule ou l'oeuf ?" ) quand dans les domaine où règne une grande complexité (les sciences sociales et biologiques par exemple) .
Donc c'est une vue de l'esprit , mais une vue de l'esprit qui a le mérite de fonctionner: les ingénieurs par exemple utilisent des algorithmes génétiques qui émulent l'idée de la sélection naturelle, pour faire évoluer certains systèmes complexes (par exemple le profil aérodynamique d'une aile d'avion) . C'est ce que j'avais en tête, en parlant d'heuristiques d'optimisation qui ne garantissent jamais un optimum global mais seulement un optimum LOCAL (dans l'espace des paramètres). En génétique, l'espace des paramètres est formé du génome.  

Le sens de "local" est différent aussi suivant le contexte.  La formation d'une bulle de savon en soufflant du détergeant par exemple:  c'est un exemple de phénomène LOCAL (dans le sens donné plus bas de la physique classique), mais qui s'organise de manière à trouver un optimum GLOBAL ( une vallée UNIQUE dans le paysage d'energie qui est en quelque sorte une fonction de coût qui mesure la difficulté ). C'est le cas aussi pour n'importe quelle dynamique physique SIMPLE (c-a-d linéaire), en mécanique, en électricité comme en chimie. Dans les cas COMPLEXEs, le "paysage d'energie" n'a PLUSIEURS "vallées" et chacune sera un optimum LOCAL.  En biologie de l'évolution, le paysage d' "energie" représente l'adaptation (la facilité à vivre et à se reproduire) .  
Bref, le minimum LOCAL où arrive la dynamique dépendra de l'ensemble de la trajectoire suivie sur le paysage (fitness landscape). La direction dans laquelle se dirige le génotype (qu'on considère ici comme le vecteur des paramètres) est bel et bien déterminée de manière LOCALE.  
Il faut aussi comprendre que comme les conditions de l'environnement changent sans cesse, le paysage d'"énergie" lui-même se transforme et donc, l'optimum devient DYNAMIQUE: il va lui aussi se déplacer lentement dans le temps.  

2)  C'est donc parce que la direction de l'évolution est déterminée localement et que le génome se modifie LOCALEMENT dans cette direction (comme une flêche ancrée en un point sur une surface ), qu'on dit que la sélection Naturelle n'agit que localement. En fait dans la physique classique, tous les effets sont locaux, dans le sens où c'est ce qui se passe maintenant qui a un effet immédiat sur ce qui se passe tout-de-suite après, et ce n'est que de cette façon, en accumulant de toutes petites transformations de façon continuelle qu' à un "moment donné du futur plus ou moins lointain", se forme une structure macroscopique.    La structure macroscopique peut être entièrement prédite dans le cas où n'existe qu'un unique optimum GLOBAL , ou encore ne pas être "facile" à prédire car dépendant du chemin parcouru: c'est le cas lorsqu'existent un grand nombre d'optimum LOCAUX distincts.

C'est comme la structure macroscopique d'une rivière qui coule dans une forêt, elle est le résultat de toutes les lois microscopique agissant sur les particules d'eau qui  statistiquement , quand on considère toutes les particules d'un petit élément de fluide, vont faire apparaitre des "lois" aux niveau du fluide, et ensuite vont définir la rivière en agissant dans leur environnement, dans la manière qu'elle sont "forcées" à contourner les roches, à faire des tourbillons etc.
Dans certains cas l'organisation globale a en retour un effet causal sur le local : je ne suis pas certains dans quelle mesure ce serait le cas pour l'exemple de la rivière, mais c'est certainement le cas pour l'évolution d'une espèce  : le comportement de l'espèce par rapport à son environnement à aussi un effet d'évolution sur le microscopique:  c-a-d son génotype, et la capacité de l'individu (et non pas de l'espèce) à survivre.  Donc on retrouve ici la causalité circulaire dont je parlais plus haut. Et dans un ce sens, les phenomènes locaux (comme la mort de girafes au petit cou sans qu'elle ait pu se reproduire ) entrainent des effets globaux (la spéciation) qui en retour influencent la direction dans laquelle le phenomène local (sélection naturelle ) se produit.

Certains pourraient peut-être aussi arguer que l'expression "sélection naturelle " devrait plutôt s'appliquer à l'interaction local/global dont je viens de parler plutôt qu'à l'aspect local seulement,  mais un scientifique ne fera normalement pas la distinction, car elle n'est pas nécessaire dans un modèle cherchant à capturer l'essentiel du phénomène.  

Si quelqu'un veut voir un effet considéré "non-local", il faut regarder des effets quantiques entre particles intriquées (  voir l'effet EPR ).
Là en physique quantique, c'est vrai qu'il y a un gros débat sur les questions de causalité et de non-localité, mais c'est une autre histoire..

Tout d'abord, merci de redonner vie au débat !
Qu'est ce que je me sens seul quand j'évoque tout ça !

Bapak-Badak a écrit:
1) Une vue de l'esprit ?? ahahah  Mais bien sûr, faut pas être naïf, d'un point de vue épistémologique, toute théorie aussi valide et appuyée soit elle restera une construction de l'esprit humain... qui donne du sens au faits, qui les explique , en structurant l'information qu'il recueille sur la nature autour et en lui.  Mais les faits eux -même n'existe JAMAIS sans un apriori théorique (sans une idée de comment penser, mesurer, présenter ces faits)
Et pour donner du sens, on établit des rapport de causalité. D'abord naïvement et linéairement, comme (A CAUSE B) et ensuite des causalités circulaires (A influence B qui influence A, , du type "la poule ou l'oeuf ?" ) quand dans les domaine où règne une grande complexité (les sciences sociales et biologiques par exemple) .
Donc c'est une vue de l'esprit , mais une vue de l'esprit qui a le mérite de fonctionner: les ingénieurs par exemple utilisent des algorithmes génétiques qui émulent l'idée de la sélection naturelle, pour faire évoluer certains systèmes complexes (par exemple le profil aérodynamique d'une aile d'avion) . C'est ce que j'avais en tête, en parlant d'heuristiques d'optimisation qui ne garantissent jamais un optimum global mais seulement un optimum LOCAL (dans l'espace des paramètres). En génétique, l'espace des paramètres est formé du génome.

Ok sur la causalité. Ce sont les liens rapides et simplistes qui m'embêtent.

Oui, mais toute entité génomique n'a pas le même impact phénotypique.
A un deuxième niveau, une fois que le phénotype s'est exprimé, il n'est guerre possible de savoir quel impact il va avoir (à tous les niveaux, positif ou négatif sur tel ou tel chose) même si l'on considère une optimisation paramétrique (à mon sens hein).

Je ne sais pas trop quelles parties de l'argumentaire développer.

Bapak-Badak a écrit:
Le sens de "local" est différent aussi suivant le contexte.  La formation d'une bulle de savon en soufflant du détergeant par exemple:  c'est un exemple de phénomène LOCAL (dans le sens donné plus bas de la physique classique), mais qui s'organise de manière à trouver un optimum GLOBAL ( une vallée UNIQUE dans le paysage d'energie qui est en quelque sorte une fonction de coût qui mesure la difficulté ). C'est le cas aussi pour n'importe quelle dynamique physique SIMPLE (c-a-d linéaire), en mécanique, en électricité comme en chimie. Dans les cas COMPLEXEs, le "paysage d'energie" n'a PLUSIEURS "vallées" et chacune sera un optimum LOCAL.  En biologie de l'évolution, le paysage d' "energie" représente l'adaptation (la facilité à vivre et à se reproduire) .  

Il serait intéressant de voir où est - ce que tu place l'espèce, l'individu dans cette démarche ? Tu fonctionne en terme populationelles ? de distribution génique ? Oui je ramène toujours tout au biologique je sais =)

Bapak-Badak a écrit:
Bref, le minimum LOCAL où arrive la dynamique dépendra de l'ensemble de la trajectoire suivie sur le paysage (fitness landscape). La direction dans laquelle se dirige le génotype (qu'on considère ici comme le vecteur des paramètres) est bel et bien déterminée de manière LOCALE.  
Il faut aussi comprendre que comme les conditions de l'environnement changent sans cesse, le paysage d'"énergie" lui-même se transforme et donc, l'optimum devient DYNAMIQUE: il va lui aussi se déplacer lentement dans le temps.  

Et bien pas celon ma vision de l'évolution. Se contenter d'extrapoler les modifications locales pour expliquer la diversité du vivant n'est pas viable à mon sens. C'est ce que postulait Darwin. J'espère ne pas avoir dénaturer ton propos. C'est ce que j'en comprends.

Bapak-Badak a écrit:
2)  C'est donc parce que  la direction de l'évolution est déterminée localement et que le génome se modifie LOCALEMENT dans cette direction (comme une flêche ancrée en un point sur une surface ), qu'on dit que la sélection Naturelle n'agit que localement. En fait dans la physique classique, tous les effets sont locaux, dans le sens où c'est ce qui se passe maintenant qui a un effet immédiat sur ce qui se passe tout-de-suite après, et ce n'est que de cette façon, en accumulant de toutes petites transformations de façon continuelle qu' à un "moment donné du futur plus ou moins lointain", se forme une structure macroscopique.    La structure macroscopique peut être entièrement prédite dans le cas où n'existe qu'un unique optimum GLOBAL , ou encore ne pas être "facile" à prédire car dépendant du chemin parcouru: c'est le cas lorsqu'existe un grand nombre d'optimum LOCAUX distincts.  

C'est comme la structure macroscopique d'une rivière qui coule dans une forêt, elle est le résultat de toutes les lois microscopique agissant sur les particules d'eau qui  statistiquement , quand on considère toutes les particules d'un petit élément de fluide, vont faire apparaitre des "lois" aux niveau du fluide, et ensuite vont définir la rivière en agissant dans leur environnement, dans la manière qu'elle sont "forcées" à contourner les roches, à faire des tourbillons etc.
Dans certains cas l'organisation globale a en retour un effet causal sur le local : je ne suis pas certains dans quelle mesure ce serait le cas pour l'exemple de la rivière, mais c'est certainement le cas pour l'évolution d'une espèce  : le comportement de l'espèce par rapport à son environnement à aussi un effet d'évolution sur le microscopique:  c-a-d son génotype, et la capacité de l'individu (et non pas de l'espèce) à survivre.  Donc on retrouve ici la causalité circulaire dont je parlais plus haut. Et dans un ce sens, les phenomènes locaux (comme la mort de girafes au petit cou sans qu'elle ait pu se reproduire ) entrainent des effets globaux (la spéciation) qui en retour influencent la direction dans laquelle le phenomène local (sélection naturelle ) se produit.

L'évolution ne se traduit pas en terme de survie mais bien en terme de capacité à répandre son matériel génétique dans la population.
Je ne nie pas la réalité de ses jeux à différents niveaux et ses influences, je les minimise. Pour moi, l'important est ailleurs.

Il n'a jamais existé de girafes à petit coups. Leur coup n'a jamais grandit alors qu'elles auraient pu en avoir besoin (je comprends que tu as dit cela pour caricaturer, mais cela a son importance dans la vision qu'on a de l'évolution optimisée). Tu me répondras qu'aucune variation aléatoire permettant l'agrandissement ne s'est exprimée. Je te répondrais que si tel avait été le cas, cela n'aurait rien changé. Je spécule.

Bibo a écrit:mais toute entité génomique n'a pas le même impact phénotypique.
A un deuxième niveau, une fois que le phénotype s'est exprimé, il n'est guerre possible de savoir quel impact il va avoir (à tous les niveaux, positif ou négatif sur tel ou tel chose) même si l'on considère une optimisation paramétrique

Tout à fait d'accord, mais ça ne contredit rien de ce que je dis (ou alors je comprends mal...)  On ne peut pas prédire (du moins pas pour l'instant) l'impact du génotype sur le phénotype, mais on accepte quand même que se soit déterministe. L'impact du phénotype sur l'évolution dépend de l'environnement (c-a-d aussi de la dynamique de l' écosystème auquel l'espèce participe)

Bibo a écrit:

Bapak-Badak a écrit:
Le sens de "local" est différent aussi suivant le contexte.  La formation d'une bulle de savon en soufflant du détergeant par exemple:  c'est un exemple de phénomène LOCAL (dans le sens donné plus bas de la physique classique), mais qui s'organise de manière à trouver un optimum GLOBAL ( une vallée UNIQUE dans le paysage d'energie qui est en quelque sorte une fonction de coût qui mesure la difficulté ). C'est le cas aussi pour n'importe quelle dynamique physique SIMPLE (c-a-d linéaire), en mécanique, en électricité comme en chimie. Dans les cas COMPLEXEs, le "paysage d'energie" n'a PLUSIEURS "vallées" et chacune sera un optimum LOCAL.  En biologie de l'évolution, le paysage d' "energie" représente l'adaptation (la facilité à vivre et à se reproduire) .  

Il serait intéressant de voir où est - ce que tu place l'espèce, l'individu dans cette démarche ? Tu fonctionne en terme populationelles ? de distribution génique ?

Le rapport entre les 3 niveaux est interessant. Je pense que c'est un choix de modélisation de mettre l'accent sur un aspect ou l'autre de ces niveaux.   En moyenne, ce devrait en général être equivalent. En tout cas le niveau de ce que j'expliquais plus haut (par rapport à l'optimisation) est d'une plus grande généralité.

Bibo a écrit:

Bapak-Badak a écrit:
Bref, le minimum LOCAL où arrive la dynamique dépendra de l'ensemble de la trajectoire suivie sur le paysage (fitness landscape). La direction dans laquelle se dirige le génotype (qu'on considère ici comme le vecteur des paramètres) est bel et bien déterminée de manière LOCALE.  
Il faut aussi comprendre que comme les conditions de l'environnement changent sans cesse, le paysage d'"énergie" lui-même se transforme et donc, l'optimum devient DYNAMIQUE: il va lui aussi se déplacer lentement dans le temps.  

Et bien pas selon ma vision de l'évolution. Se contenter d'extrapoler les modifications locales pour expliquer la diversité du vivant n'est pas viable à mon sens. C'est ce que postulait Darwin. J'espère ne pas avoir dénaturer ton propos. C'est ce que j'en comprends.

Je pense que ce n'est pas la question des modifications locales que tu contestes (sinon ça n'aurait pas de sens à mon sens).  
Est-ce alors la question de l'idée que la trajectoire de la dynamique se dirige vers une optimum local de l'espace de paramètres ?

Je vais apporter des nuances et des détails plus concret à ce que je comprends, en tenant mieux compte de la distribution spatiale des individus:  Dis moi ce avec quoi tu n'es pas d'accord.

Supposons qu'une transmission des "caractères acquis" aussi se produise par l'épigénétique (comme j'avais suggéré au début), alors la variabilité obtenue par la superposition des mutations aléatoires et de l'épigénétique va seulement se trouver transformée ( d'une manière asymétrique, c-a-d avec une direction préférée ) par rapport à la situation avec uniquement les mutations. La sélection naturelle s'appliquerait désormais à la nouvelle distribution (non-symétrique) en sélectionnant les "plus aptes" à se reproduire.   Le mécanisme de génération de la variabilité reste local, et si l'épigénétique affecte effectivement la direction de l'évolution, ça reste la sélection naturelle qui décide.  

C'est clair qu'une mutation qui ferait diminuer la survie de l'individu chez qui elle se produirait serait éliminée rapidement (par la mort de l'individu avant qu'il ne se reproduise ).
Une mutation OU un marqueur épigénétique transmis, quant à eux, seront évalués localement pour chacun des individus qui en sont porteur et pour chacun d'entre eux (en des points spatiaux et dans des environnements précis apriori distincts du même écosystème).  Donc la fonction d'adaptation individuelle sera apriori différente pour chacun des individus et ceci malgré le MÊME génotype/épigénétique.
Par contre, c'est bien en tant qu'espèce que ces individus jouent un rôle dans leur écosystème et ce rôle se dégage de l'impact de chacun des individu et de son bagage génétique/épigénétique. La stabilité de l'espèce proviendra d'un dialogue entre le niveau moléculaire et le niveau géo-éco-systémique.
 
Dès qu'on suppose (1) un mélange homogène assez rapide du pool génétique, et (2) des propriétés homogènes du lieu géographique et du rôle écologique de l'espèce, alors on peut statistiquement considérer une moyenne sur la fonction d'adaptation de l'espèce par rapport à son environnement écologique et géographique.  Dans ce contexte, on peut sans problème voir que chaque profil génétique aura une aptitude (à survivre et se reproduire) et que l'évolution lente se dirigera dans la direction qui optimise localement cette aptitude. Je dis localement, car c'est clair qu'il est physiquement impossible d'avoir accès à un optimum global s'il existe.

Si la stabilité n'est plus assurée par un mélange statistique des individus (par exemple si une sous-population préfère copuler entre eux , ou si une sous-population se retrouve géographiquement isolée etc etc), alors l'évolution va s'accélérer pour cette sous-population (et celle dont elle se sépare) car alors il faut considérer les propriétés de cette sous-population pour lesquelles nos 2 suppositions ne sont plus vraiment valides. Et maintenant l'optimum de l'adaptation aux nouvelles caractéristiques géo-écologiques sera dépendant des sous-sous-populations. Je veux dire que si la nouvelle population considéré n'est pas homogène, on ne peut pas savoir apriori si elle formera une espèce ou si elle se divisera de nouveau. La sélection naturelle ne se fait apriori pas dans la même direction pour tous les individus du territoire. Cela donnerait une collection de trajectoires dans l'espace de paramètres.
Si les effets viennent à converger sur un territoire donné pour un écosystème donné , alors ce sera une spéciation vers une espèce, et dans le cas contraire 2 espèces ou plus. Je pense que c'est ici que je peux comprendre ce en quoi tu peux voir un effet global.

J'essaie de clarifier ce que maintenant je vois de la dynamique:

Pour qu'une sous-population (non-homogène) converge vers une espèce, il faudrait que le génotype associé soit un ATTRACTEUR de la dynamique pour TOUS les individus dans la "vallée" de la fonction d'adaptation définie sur l'espace des paramètres (= l'espace de toutes les combinaisons possibles de gènes associés aux individus ). Cet attracteur est LOCAL (pour être global, il faudrait qu'il n'y ait qu'un et un seul attracteur possible dans l'espace de TOUTES les combinaisons des gènes, c'est pas impossible, mais improbable).
En même temps si on restreint le domaine de l'espace considéré à un sous-ensemble minimal incluant nos individus initiaux, alors oui on pourrait quand même dire si on veut que l'attracteur serait GLOBAL sur ce domaine.
Strictement parlant, il n'est pas nécessaire non plus pour que l'espèce se forme de demander une convergence de TOUTES les trajectoires vers le même point de l'espace de paramètre (sans quoi ce voudrait dire qu'il n'y aurait plus de variance du tout dans le génotype de l'espèce), il faudrait en tenir compte et définir tout cela de manière statistique.

 

Bibo a écrit:
L'évolution ne se traduit pas en terme de survie mais bien en terme de capacité à répandre son matériel génétique dans la population.
Je ne nie pas la réalité de ses jeux à différents niveaux et ses influences, je les minimise. Pour moi, l'important est ailleurs.

 Ok bien sûr pour le premier point, lorsqu'on s'exprime de cette façon (en terme de survie) normalement je suppose qu'on comprend qu'il s'agit de la "survie jusqu'à ce que l'individu soit en mesure de procréer". Ça sert à rien de garder les vieux qui encombrent les hôpitaux (je blague dans la dernière phrase)
Mais ta remarque signifie que tu crois quand même semble t'il à la sélection naturelle ?

PLus sérieusement : Quel est le point important pour toi ?

Bibo a écrit:
Il n'a jamais existé de girafes à petit coups. Leur coup n'a jamais grandit alors qu'elles auraient pu en avoir besoin (je comprends que tu as dit cela pour caricaturer, mais cela a son importance dans la vision qu'on a de l'évolution optimisée). Tu me répondras qu'aucune variation aléatoire permettant l'agrandissement ne s'est exprimée. Je te répondrais que si tel avait été le cas, cela n'aurait rien changé. Je spécule.

Sur les girafes: c'est le cas d'école le plus élémentaire qu'il y a dans les manuels. Bien dommage pour la théorie officielle en effet si l'exemple le plus classique est une caricature exagérée qui n'a pas existée, mais ce n'est pas le point de toute façon. L'idée exprimée par l'histoire des girafes est celle du mécanisme de base de la sélection naturelle. Est-ce que c'est ce mécanisme auquel tu ne crois pas (ou que tu minimises ?)

En tout cas, explique moi un peu comment tu vois le mécanisme ... en tout cas, on serait presque près a construire un modèle avec tout cela.

Bapak-Badak a écrit:

Bibo a écrit:mais toute entité génomique n'a pas le même impact phénotypique.
A un deuxième niveau, une fois que le phénotype s'est exprimé, il n'est guerre possible de savoir quel impact il va avoir (à tous les niveaux, positif ou négatif sur tel ou tel chose) même si l'on considère une optimisation paramétrique

Tout à fait d'accord, mais ça ne contredit rien de ce que je dis (ou alors je comprends mal...)  On ne peut pas prédire (du moins pas pour l'instant) l'impact du génotype sur le phénotype, mais on accepte quand même que se soit déterministe. L'impact du phénotype sur l'évolution dépend de l'environnement (c-a-d aussi de la dynamique de l' écosystème auquel l'espèce participe)

Quand je parles d'impacts différents, je parles de l'ampleur des modifications qu'une modifications génique peut apporter : hétérochromie de développement, cas de néoténie.
C'est à dire qu'en considérant l'évolution uniquement sous l'angle de l'impact environnementale, on en oublie les contraintes internes.

Bapak-Badak a écrit:
Le rapport entre les 3 niveaux est interessant. Je pense que c'est un choix de modélisation de mettre l'accent sur un aspect ou l'autre de ces niveaux.   En moyenne, ce devrait en général être equivalent. En tout cas le niveau de ce que j'expliquais plus haut (par rapport à l'optimisation) est d'une plus grande généralité.

C'est à s'en retourner le cerveaux si l'on ajoute le niveaux du gènes, de l'organe ou encore plus loin en allant jusqu'à celui du clade ....

Je te réponds sur la suite plus tard. C'est très intéressant.

Bibo a écrit:Quand je parles d'impacts différents, je parles de l'ampleur des modifications qu'une modifications génique peut apporter : hétérochromie de développement, cas de néoténie.
C'est à dire qu'en considérant l'évolution uniquement sous l'angle de l'impact environnementale, on en oublie les contraintes internes.

Merci de me faire découvrir deux mots nouveaux . À ce que je vois, tu veux dire HÉTÉROCHRONIE et non pas hétérochroMie (différence dans temps, pas dans la couleur   ) (j'ai seulement examiné ces concepts très sommairement sur wiki ).
Je ne verrais pas du tout ce en quoi il y aurait contradiction avec ce que je raconte . SI la vitesse du développement altérée par les mutations n'induisent pas de diminution de la capacité à se reproduire de l'espèce, c'est normal que l'apparition d'un tel phénomène ne soit pas éliminée par la sélection naturelle.

Ton point, est-ce que c'est que tu veux dire que les mutations (guidées par le "Hasard " ) occupent une plus grande place parmi les mécanismes de l'évolution que ce qu'on leurs attribue habituellement. Ou alors penses-tu que vraiment ce sont des contraintes internes au niveau de l'organisme qui fournissent ces mutations... Des mutations pourraient-elles être dirigées par un niveau de boucles de rétroaction que je ne connais absolument pas ??

Bapak-Badak a écrit:

Merci de me faire découvrir deux mots nouveaux . À ce que je vois, tu veux dire HÉTÉROCHRONIE et non pas hétérochroMie (différence dans temps, pas dans la couleur   ) (j'ai seulement examiné ces concepts très sommairement sur wiki ).
Je ne verrais pas du tout ce en quoi il y aurait contradiction avec ce que je raconte .  SI la vitesse du développement altérée par les mutations n'induisent pas de diminution de la capacité à se reproduire de l'espèce, c'est normal que l'apparition d'un tel phénomène ne soit pas éliminée par la sélection naturelle.

Ton point, est-ce que c'est que tu veux dire que les mutations (guidées par le "Hasard " ) occupent une plus grande place parmi les mécanismes de l'évolution que ce qu'on leurs attribue habituellement.  Ou alors penses-tu que vraiment ce sont des contraintes internes au niveau de l'organisme qui fournissent ces mutations... Des mutations pourraient-elles être dirigées par un niveau de boucles de rétroaction que je ne connais absolument pas ??      

Haha oui hétérochronie.
Il n'y pas de contradiction. C'est histoire de mettre la loupe sur tel ou tel phénomène.

Non elles ne sont pas dirigées (pas que je sache).

C'est juste que je trouve l'approche sélectionniste et gradualiste réductrice.

Bapak-Badak a écrit:

Je pense que ce n'est pas la question des modifications locales que tu contestes (sinon ça n'aurait pas de sens à mon sens).  
Est-ce alors la question de l'idée que la trajectoire de la dynamique se dirige vers une optimum local de l'espace de paramètres ?

Non c'est l'impact sur la spéciation à l'échelle géologique que je conteste.
Ex : Une spéciation (ou du moins quelque chose qui en a l'air ) au niveau local n'exclue pas une réintégration de cette population (optimisée localement) dans sa population de départ et donc une diffusion, sans conséquences des caractéristiques génétiques acquises. Tu y verras peut - être un attracteur. Pour moi cette attraction est l'exception, pas la règle.

Bapak-Badak a écrit:
Dès qu'on suppose (1) un mélange homogène assez rapide du pool génétique, et (2) des propriétés homogènes du lieu géographique et du rôle écologique de l'espèce, alors on peut statistiquement considérer une moyenne sur la fonction d'adaptation de l'espèce par rapport à son environnement écologique et géographique.  Dans ce contexte, on peut sans problème voir que chaque profil génétique aura une aptitude (à survivre et se reproduire) et que l'évolution lente se dirigera dans la direction qui optimise localement cette aptitude. Je dis localement, car c'est clair qu'il est physiquement impossible d'avoir accès à un optimum global s'il existe.

C'est un peu trop expérimentale à mon goût. Tes 2 points de départ supposent des états in-considérable (au sens strict), comment les considérer ? Je comprends que la démarche sert à neutraliser des variables, seulement à quoi bon ? ce n'est pas la réalité qui est transcrite.
Donc ton extrapolation à l'optimum locale va trop vite pour moi, même à un niveau populationel, même si je comprend la démarche et le mécanisme.

Bapak-Badak a écrit:
J'essaie de clarifier ce que maintenant je vois de la dynamique:  

Pour qu'une sous-population (non-homogène) converge vers une espèce, il faudrait que le génotype associé  soit un ATTRACTEUR de la dynamique pour TOUS les individus dans la "vallée" de la fonction d'adaptation définie sur l'espace des paramètres (= l'espace de toutes les combinaisons possibles de gènes associés aux individus ).  Cet attracteur est LOCAL (pour être global, il faudrait qu'il n'y ait qu'un et un seul attracteur possible dans l'espace de TOUTES les combinaisons des gènes, c'est pas impossible, mais improbable).  

Ce n'est pas comme ça que je vois les choses.
1 espèce mère et 1 espèce fille peuvent cohabiter longtemps selon moi.
(ou alors que je ne comprends pas cette partie en gras)
Tu vois les choses en mouvement. Je les vois stagnantes sur fond de mouvements.
 

Bapak-Badak a écrit:
 Ok bien sûr pour le premier point, lorsqu'on s'exprime de cette façon (en terme de survie) normalement je suppose qu'on comprend qu'il s'agit de la "survie jusqu'à ce que l'individu soit en mesure de procréer". Ça sert à rien de garder les vieux qui encombrent les hôpitaux (je blague dans la dernière phrase)
Mais ta remarque signifie que tu crois quand même semble t'il à la sélection naturelle ?

Nan mais c'est important, puisque si l'on expose en terme de survie on se permet d'exclure la transmission, alors que la transmission implique la survie.
J'y crois au sens minimal, je ne nie pas son existence.

Bapak-Badak a écrit:
Sur les girafes: c'est le cas d'école le plus élémentaire qu'il y a dans les manuels. Bien dommage pour la théorie officielle en effet si l'exemple le plus classique est une caricature exagérée qui n'a pas existée, mais ce n'est pas le point de toute façon. L'idée exprimée par l'histoire des girafes est celle du mécanisme de base de la sélection naturelle. Est-ce que c'est ce mécanisme auquel tu ne crois pas (ou que tu minimises ?)

En tout cas, explique moi un peu comment tu vois le mécanisme ...    en tout cas, on serait presque près a construire un modèle avec tout cela.

Je ne suis pas sûr de ce que je crois. Je suis à peu près sûr de ce que je ne crois pas : le gradualisme fonctionnaliste comme seul explication de la diversité et de la temporalité de formation/diversification du vivant.

coucou,

j'arrives peut être un peu comme un cheveux sur la soupe...

j'ai fait des études d'évolution et je suis un peu spécialisée dans les micro-organismes (me demandez pas comment j'ai fait, ça doit être une des raisons pour lesquelles j'ai pas tellement de cheveux)

pour moi l'épigénétique est une nécessité pour les eucaryotes. Les procaryotes ont des systèmes de régulations génétiques qui font qu'en gros (même si c'est pas si simple) tous les gènes gardés dans la cellule et à fortiori dans le chromosome sont codants et utiles, en plus ils ont tendance à se retrouver alignés en opérons ce qui fait qu'une série de gènes importants pour une même fonction vont être utilisés plus facilement... ça fait surtout qu'une cellule bactérienne est très efficace et très réactive.

de ce point de vue le système génétique des eucaryotes est lourd, contre productif, voire même brouillon... énormément de gène qui non contents de ne pas forcément être proches physiquement en plus sont découpés par les introns etc... bref un vrai bordel du coup tout système permettant d'alléger le système sera sélectionné, que ce soit codé par des gènes ou pas... je ne suis pas convaincue qu'il n'y ait pas d'effets autres type chimique qui viendraient s'inviter à la petite fête

ps: comme vous voyez je suis peut être un peu hors sujet dans la discussion et généralement j'aime pas trop les grands discours... en fait certaines choses sont logiques pour moi sans que je saches vraiment comment les expliquer, à l'oral c'est parfois plus simple pour moi

Zzhorlienar a écrit: du coup tout système permettant d'alléger le système sera sélectionné, que ce soit codé par des gènes ou pas...

Pourquoi ? (c'est un pourquoi avec l'idée que ce que tu dis est faux).

je vais prendre un exemple ça sera peut être un peu plus simple...

pour digérer, un animal a besoin de micro-organismes qui vont "mâcher" le travail. Ces microbes sont issus du milieu extérieur et ne rentrent pas vraiment dans le corps de cet animal, pourtant il est nécessaire que le système immunitaire de l'hôte les reconnaisse pour que la petite communauté soit bien traitée. Il y a d'ailleurs des formes de communications tout au long du tube digestif (chimique, protéique, biochimique et sans doute des conjugaisons aussi). On sait aujourd'hui également qu'il y a passage de microbes de la mère à l'enfant in-utéro (même si l'idée à du mal à se faire une place dans les communautés scientifiques). Pour moi tout ça c'est de l'épigénétique et ça explique une part fondamentale de l'évolution des lignées. Si on retire cet élément, je ne suis pas certaine que les "individus" (pour moi nous sommes tous des communautés) eucaryotes pluricellulaires auraient pu évoluer avec tant de complexité, et surtout pas sure du tout qu'ils seraient viables.

Zzhorlienar a écrit:
du coup tout système permettant d'alléger le système sera sélectionné

A la vue de ton exemple, je comprend que par alléger, tu veux dire apporter de la flexibilité adaptative ?

oui...
désolée j'ai souvent du mal à éclaircir le flot d'information qui vont dans tous les sens dans ma tête

En fait pour moi le système génétique eucaryote tel qu'il est conceptualisé à ce jour est trop fixe pour expliquer à lui seul l'évolution mais surtout le maintient d'espèces aussi complexes et avec un temps de génération si long... Même si je suis fondamentalement convaincue de l'évolution biologique je trouves que les seules preuves génétiques avancées actuellement sont insuffisante pour expliquer toute la complexité observée.
Je ne suis pas convaincue par les théorisations gène pour gène développées par Dawkins et consorts, du moins surtout dans les implications conceptuelles que cela implique. Je penses qu'il existe tout un tas de choses qui ne sont pas nécessairement des gènes d'ailleurs qui sont transmis de générations en générations et qui n’obéissent pas nécessairement aux mêmes règles que celles observées en génétique.

On sait aujourd'hui également qu'il y a passage de microbes de la mère à l'enfant in-utéro (même si l'idée à du mal à se faire une place dans les communautés scientifiques). Pour moi tout ça c'est de l'épigénétique et ça explique une part fondamentale de l'évolution des lignées.

Euh... dire que c'est de l'hérédité, ok. Dire que c'est de l'épigénétique, je suis pas du tout d'accord. L'épigénétique à une définition très précise, et c'est pas juste un fourre tout pour mettre tout ce qui est "hérédité non génétique".

Cet article devrait t'intéresser, si tu es intéressée par l'hérédité non génétique:

http://www.sfecologie.org/regards/2011/12/13/r25-lheredite-non-genetique-par-etienne-danchin/

Même si je suis fondamentalement convaincue de l'évolution biologique je trouves que les seules preuves génétiques avancées actuellement sont insuffisante pour expliquer toute la complexité observée.

J'aimerais bien connaître les éléments qui t'amènent à cette non conviction?

Je ne suis pas convaincue par les théorisations gène pour gène développées par Dawkins et consorts, du moins surtout dans les implications conceptuelles que cela implique.

Attention Dawkins ne suppose pas du tout que 1 gène <- > 1 fonction. La théorisation Dawkinsienne marche tout à fait dans des modèles plurigénétiques, on attribue juste à chaque gène un "effet".
Et du coup tu penses à quelles implications conceptuelles?

Désolée si je répond pas dans la foulée, je suis en déplacement avec connexion limitée.

Euh... dire que c'est de l'hérédité, ok. Dire que c'est de l'épigénétique, je suis pas du tout d'accord. L'épigénétique à une définition très précise, et c'est pas juste un fourre tout pour mettre tout ce qui est "hérédité non génétique".

je sais mais j'oublie souvent qu'à part ceux qui s'intéressent de près aux interactions microbes/eucaryotes... ce sont des interactions qui peuvent être très puissantes voir sans doute obligatoires pour le développement, la survie et la reproduction des eucaryotes. Une communauté microbienne va impliquer des changements d'expressions des gènes de l'eucaryote même s'il n'a pas de changement génétique associé... Et ceci pas uniquement dans le tube digestif si on parle d'animaux.

Donc pour te répondre, effectivement je penses qu'il n'y a pas que de l'épigénétique sensus stricto mais quand on transmet des microbes on implique de l'épigénétique.

J'aimerais bien connaître les éléments qui t'amènent à cette non conviction? (en parlant du "tout" génétique pour expliquer l'évolution)

je trouves qu'on attribue encore trop peu de valeur et de poids relatif à tous ces éléments transmis de générations en générations qui ne sont pas génétiques et qui permettent effectivement une plus forte adaptabilité des eucaryotes supérieurs.

Prenons une hypothèse que je ne suis pas sure qu'on puisse tester pour le moment: admettons qu'on arrives à essayer de faire se reproduire 2 individus considérés génétiquement comme de la même espèce, car ils sont extrêmement proches génétiquement et que l'un des deux est un ancêtre de l'autre qui aurait été coupé de l'environnement pendant un nombre x de générations correspondant à quelques 5000 ans (admettons une tortue dont le temps de génération est assez long: 100, ça nous donne seulement 50 générations) d'après nos connaissances génétiques actuelles actuelles il ne devrait y avoir aucun souci. Je ne suis pas certaine que ça soit le cas, je dirais même qu'il y a des chances non négligeables qu'il leur soit impossible d'avoir une descendance viable. Ceci en raison d'une incompatibilité impliquée non pas par la génétique de l'eucaryote mais par les microbes associés qui eux auront pris en compte énormément de changements environnementaux et "décideraient" d'une incompatibilité, montrant ainsi qu'il y a bien évolution mais plus "rapide" que ce qui aurait été prévisible.
( j'arrives à me suivre mais je sais pas si je suis bien claire dans ce que je racontes là moi)

En fait je trouves qu'il y a un genre de paradigme autour du "tout" génétique qui empêche de regarder sérieusement tout ce qui est autour... Et encore même dans ce domaine... Il existe sans doute des conjugaisons entre procaryotes et eucaryotes mais c'est un sujet tabou...

Attention Dawkins ne suppose pas du tout que 1 gène <- > 1 fonction. La théorisation Dawkinsienne marche tout à fait dans des modèles plurigénétiques, on attribue juste à chaque gène un "effet".
Et du coup tu penses à quelles implications conceptuelles?

Je sais t'inquiètes, j'ai quand même un master recherche dans le domaine et même si je me rouille certainement parce que c'est pas simple à placer dans les conversations, m'enfin parfois quand même, mais pas avec un degré suffisant de connaissances et de répartie pour que ça soit intéressant (bref ça vole souvent pas assez haut pour moi). Je ne dis pas que c'est pas valide, je dis que ça n'est pas suffisant.

Je penses notamment, et surtout, au fait que j'ai eut des cours sur "le paradoxe du sexe" où pendant 8 heures ça tournait en rond, j'avais envie d'exploser qu'on puisse me faire 8 heures sur une invention, qui fait partie intégrante des bases même de ce qu'est un eucaryote, et  qui n'aurait aucune raison de continuer à exister. Tout ça sans  se demander à un seul instant si il y avait pas un bug dans les bases conceptuelles qui amènent à ce paradoxe!!!

D'un point de vue de microbiologiste et d'évolutionniste qui a bien compris ses cours d'évolution ça me fait dire que
1 la méiose est une invention nécessaire à l'apparition des eucaryotes
2 il existe encore des pressions de sélections monumentales qui la maintiennent en place
d'où
3 la théoristaion Dawkinsienne montre là une grosse grosse limite
4 arrêtez le faire chier et reprenez vos copies y a un bug dans vos concepts

(désolée, un peu véner sur ce coups là, mais je veux bien comprendre, mais va falloir trouver des sacrés arguments parce que ça c'est quand même pas juste une petite épine dans un gros pied)

PS: ceci étant dit je trouves ça intéressant comme argument contre le créationnisme de base "bah oui mais on t'explique qu'on comprend pas pourquoi le sexe existe encore!!! Donc soi Dieu aime le sexe soit il peut pas être derrière tout ça " Dans les deux cas ça la fout mal en face...

Waka a écrit:

Même si je suis fondamentalement convaincue de l'évolution biologique je trouves que les seules preuves génétiques avancées actuellement sont insuffisante pour expliquer toute la complexité observée.

J'aimerais bien connaître les éléments qui t'amènent à cette non conviction?

De quelle "évolution génétique" parles tu ?
De quelles "preuves génétiques" parles tu ?

Ton propos est assez flou pour qu'on puisse être d'accord avec toi ainsi qu'avec le scepticisme de Waka.

Hello!

Une communauté microbienne va impliquer des changements d'expressions des gènes de l'eucaryote même s'il n'a pas de changement génétique associé... Et ceci pas uniquement dans le tube digestif si on parle d'animaux.

Ok I get it. Mais c'est TROP cool. Tu sais un des trucs qui m'a le plus fascinée quand j'ai commencé à m'intéresser à l'évolution c'est l'endosymbiose. L'eucaryote est depuis le tout début de son existence un truc qui dépend totalement des bactéries, puisque les mitochondries sont d'anciennes bactéries symbiotiques ayant été "intégrées" à la cellule, et chez les plantes c'est également le cas des chromoplastes.
A l'époque, j'ai pas mal cherché pour trouver de nouvelles endosymbioses, des trucs plus récents que le tout début des eucaryotes, et rien de rien, je trouvais cela bizare que ce soit aussi peu d'événements dans le cours de l'évolution.

Et maintenant, ce que tu me dis, c'est qu'en fait c'est juste monnaie courante, on est toujours dépendant de "nouveaux" microbes, avec lesquelles il y a des interactions en terme de régulation et tout et tout. La seule différence c'est qu'ils sont pas rentrés dans les cellules. Je savais déjà que des microbes étaient nos symbiotes au niveau intestinal, mais je pensais pas que ça pouvait aller jusqu'à la régulation. Nous sommes des organismes composites. L'humain, c'est un organisme fait d'un peu d'Homo Sapiens et de beaucoup de bactos, de la même manière que genre le lichen c'est un composite algue- champignon.
Donc c'est juste trop cool.

Je penses notamment, et surtout, au fait que j'ai eut des cours sur "le paradoxe du sexe" où pendant 8 heures ça tournait en rond [...] Tout ça sans  se demander à un seul instant si il y avait pas un bug dans les bases conceptuelles qui amènent à ce paradoxe!!!

Lol, j'ai adoré moi. Ce qui est bizarre c'est qu'en général après avoir planché sur le double cout du sexe, on parle des avantages de la méiose quand même, du fait que la recombinaison est le seul truc qui permet de combiner les gènes les plus avantageux et que c'est le seul mécanisme permettant de contrer le cliquet de Müller.
Ca fait quand même un super gros avantage qui en général sert à expliquer le paradoxe. Mais peut être qu'au bout de 8 heures t'étais tellement gavée que t'avais même plus envie d'écouter .

Après moi je suis très Dawkinsienne, spécialisée génétique évolutive donc forcément je défends mon steack.
Mais si je me suis orientée là c'est justement parce qu'au départ je trouve cette approche beaucoup plus pertinente que par exemple l'approche phénotypique où la génétique des traits c'est une boîte noire, et où du coup on loupe potentiellement plein de trucs.

A l'époque, j'ai pas mal cherché pour trouver de nouvelles endosymbioses, des trucs plus récents que le tout début des eucaryotes, et rien de rien, je trouvais cela bizare que ce soit aussi peu d'événements dans le cours de l'évolution.

Il me semble qu'à l'époque (on a le même âge) c'était déjà "bien" connu, mais les microbiologistes qui travaillent là dessus ont de telles contraintes sur les études fonctionnelles que souvent le facteur "temps" dont parle l'évolution c'est pas leur truc...

Ce qui est bizarre c'est qu'en général après avoir planché sur le double cout du sexe, on parle des avantages de la méiose quand même, du fait que la recombinaison est le seul truc qui permet de combiner les gènes les plus avantageux et que c'est le seul mécanisme permettant de contrer le cliquet de Müller.

Si si on m'en a parlé, mais en me donnant aussi des arguments montrant qu'avec le nombre de génération de reproduction asexuée qu'il faut pour que le cliquet agisse, les coûts donnés par la reproduction sexuée aux individus qui ne la font pas sont tel qu'ils devraient disparaître avant que l'effet délétère se fasse sentir... En fait on m'en a parlé comme n'étant pas un argument suffisant...

Après moi je suis très Dawkinsienne, spécialisée génétique évolutive donc forcément je défends mon steack.

Pas de soucis, du moment que c'est fait avec respect

Mais si je me suis orientée là c'est justement parce qu'au départ je trouve cette approche beaucoup plus pertinente que par exemple l'approche phénotypique où la génétique des traits c'est une boîte noire, et où du coup on loupe potentiellement plein de trucs.

Perso je ne dis pas que cette approche n'est pas pertinente (c'est à bien des égards moins pire que les autres propositions), mais je la trouves insuffisante et surtout vu de mon angle elle est trop présente pour laisser la place à la puissance de "manipulations" exercées par des microorganismes qui eux évoluent bien plus vite...
Quand on voit que les bactéries arrivent maintenant à réduire (=dépolluer) l'atrazine qui est la première molécule chimique totalement inconnue introduite à grande échelle sur le champs (interdite depuis genre 30 ans pour cause de trop grande toxicité et rémanence dans le sol et l'eau) je les trouves trop cool les bactéries

Ah nan mais c'est clair, qu'elles sont trop cool les bactéries . J'aime bien les salades aussi. Sans ironie, c'est vachement cool de faire de la photosynthèse et de se nourrir de lumière quand même.

Je trouve que toute la problématique dont tu parles est assez bien traduite par le regard d'Etienne Danchin que j'ai posté plus haut: on va devoir switcher ne plus seulement considérer l'évolution comme étant "l'évolution de la fréquence des gènes", pour considérer "l'évolution de la fréquence des variants" en général... variant étant un mot très vague qui prend en compte toutes les échelles du vivant, les trucs composites, etc. En fait, l'unité évolutive n'est plus un truc tout bien défini et c'est clair que c'est un challenge à relever.
Donc en fait je te rejoint assez, même si c'est à contre cœur car j'ai bien le coté clair et bien défini (modèles simples et "qui font sens") de l'approche Dawkinsienne .

Cool mais nettement plus complexes en terme d'analyses génétiques... Perso c'est pour ça que je les aimes tant. J'ai adoré la génétique et ayant étudié jusqu'à la licence à Angers, j'ai des bases très intéressantes sur différents niveaux d'études génétiques et ça m'arrivait de scotcher une prof de bio mol qui nous fait un TD de génétique des pop au point qu'elle doive appeler le prof de génétique des pop qui effectivement avait une "faille" dans son exercice mais n'imaginait pas qu'un élève en deug 1 ou 2 puisse mettre le doigt dessus... Du coups j'ai perdu lors de mon master et je suis passée à beaucoup plus de microbiologie parce que j'avais l'impression d'avoir fait le tour, que c'était trop simple, qu'il n'y avait plus rien de vraiment intéressant à en comprendre... Et pour la complexité j'ai pas été déçue, ça marche de façon bien plus réactive et beaucoup plus complexe à analyser.
Après je te rejoint sur le fait que ça a quelque chose de rassurant quand tout est simple, tout s'explique de façon claire etc... Mais au bout d'un moment j'm'en ennuie...