Méthodes de Reconstruction linguistique vs reconstruction des espèces vs reconstruction historique

Je me demande dans quelle mesure se comparent les trois problèmes de reconstructions linguitiques (par exemple le proto-indo-européen (PIE) ) , de reconstructions des espèces vivantes (par exemple ce qu'on sait de tel ou tel dinosaure, ou même des séparations entre différentes espèces d'hominidés), et de reconstruction historique des cultures (par exemple par l'archéologie).
J'espère avoir un peu l'avis des gens plus connaissant que moi en linguistique comparée, en méthodologie de l'Histoire ou anthopologie, en phylogénétique computationnelle (ou non ) ou en bioinformatique.  Si quelqu'un peut trouver des points de comparaison supplémentaires, surtout sur les plans méthodologiques, c'est ce que j'aimerais.   La spéculation sur ce terrain me semble quand même inévitable...  

C'est que dans la culture "populaire", on retrouve des reconstructions imagées qui outrepassent certainement par certains points ce que les spécialistes sont véritablement capables de vraiment savoir... Mais à quel point....  Je pense par exemple aux couleurs des dinosaures...  
Ou de certaines coutumes de peuples disparus.
Et de même en parlant des langues, on dit que les gens parlant latin de nos jours utilisent une prononciation n'ayant que peu à voir avec celle de véritable latin classique...  Ou encore mieux, je vois sur Youtube des gens non-spécialistes qui s'amusent à interpréter des textes en PIE, avec ce qu'ils ont compris des descriptions, mais cela suscite des controverses.  Dans tous les cas, il y a une certains habilité artistique à rendre compte de manière crédible de ce que pourrait être la réalité.
Mais est-ce encore plus difficile pour les langues que pour les animaux ? (à cause de l'absence de traces physiques mesurables )  Mais alors la reconstructions des moeurs et d'autres aspects culturels des peuples disparus ne doit pas vraiment être plus facile que celle des langues..  surtout concernant les peuples qui n'on rien laissé d'écrit.  

La vidéo que je viens de vois parlant de PIE est celle-ci:
Vraiment en ce qui me concerne, ça me semble assez exotique ces "clusters" consonantiques avec des tons sur les voyelles....  :  

Les points de comparaison que je vois concernant les méthodes me viennent tout d'abord de la similarité que je vois qu'il existe entre les études statistiques et computationnelles biomoléculaires et celles du traitement du langage naturel (NLP).  En gros dans ce domaine c'est surtout que ce sont les séquences d'ADN ou de protéine qui peuvent être vues comme des "mots" sur des alphabets moléculaires.  Ici on trouve donc l'analogie bien fondée (biomoléculaire - texte )


Ensuite je pense à Turchin qui, écologiste computationel de formation, a appliqué les mêmes méthodes mathématiques et informatiques à une approche d'Histoire quantitative qu'il a appelé la cliodynamique.  Essentiellement Turchin et son École ont commencé à utiliser le Big Data des textes, données démographiques, données climatologiques pour en extraires des patterns et en inférer des explications dynamiques de certains phénomènes macro-historique (e.g. :  la construction et disparition des grands empires ).
Ici on exploite donc l'analogie (écologie - histoire humaine ).   Déjà à ce point-ci on est dans une analogie vraiment plus controversée que l'analogie biomoléculaire-texte.

Mais pouvons nous unifier les deux analogies en les généralisant plus systématiquement ?  Et jusqu'où ?  Pourait-on aussi formaliser cette analogie d'une manière plus rigoureuse pour permettre la généralisation des méthodes dans une perspective transdisciplinaires.  

Concernant la reconstruction des espèces, et des arbres phylogénétiques, c'est évidemment plus compliqué que seulement l'analogie du texte, et je sais un peu que traditionnellement c'était davantage la structure des ossements qui étaient employés . Mais comment généraliser les approches ci-dessous aux os ? et d'autres approches computationnelles sont-elles employées aux ossements ??  

Et concernant les reconstructions linguistiques, j'ai lu que pour les langues latines, germantiques, slaves, ou indo-aryennes, il est possible avec en principe assez de justesse de reconstruire les lexique, morphosyntaxe et phonologie de leur proto-langues respectives grâce aux comparaisons des écrits.   Les romains de cultures hélléniques en particulier avaient étudié les racines étymologiques grecques de leur langue.  Donc jusque là tout va assez bien.     Quoique déjà les "lois" d'évolution diachronique des langues semblent plutôt non-déterministes...

Je me dis que cela doit être un peu analogue (en difficulté) à la reconstruction des animaux des animaux disparus, (de leur habitats etc) à partir des ossements et des  traces d'ADN...       Peut-on espérer en construire une grammaire (probabiliste s'il le faut ?)

Ensuite reconstruire le proto-indo-européen à partir de la connaissance reconstituée des langages proto-germanique, proto-slaves, hittite... ce devient une forme d'inférence vraiment difficile...   Peut-être serait-ce comme reconstituer le premier vertébré...  (à voir ... je spécule j'y connais rien...  ).

L'étude de l'évolution biologique est dans un sens méthodologique assez proche de celle de l'Histoire des cultures humaines (il me semble):  dans tous ces cas, aucune vérification expérimentale n'est possible et seule des informations fragmentaires sont disponibles pour l'inférence. Ce sont des sciences inductivistes où la déduction de lois générales comme en physique est impossible.  Et l'interprétation semble importante:  les spécialistes semblent s'appuyer sur des régularités observées pour construire des narrations, des histoires.  Peut-on espérer en évaluer la part de subjectivité pour parvenir à la borner quantitativement ?  

Je me demande aussi dans quelle mesure le machine learning pourra découvrir de nouveaux patterns "fiables" pour progresser dans ces domaines.  
Peut-on dépasser par cela l'absence de vérifiabilité de l'induction ?    Je veux dire que partant des données empiriques, on en découvre des patterns que l'on généralise, mais peut-on espèrer trouver une manière adaptative de déterminer la méthode de généralisation la plus fiable dans chaque cas ?

Parce que sinon, la généralisation peut n'avoir aucune pertinence sans qu'on s'en rende compte !?!

Prédire est un problème difficile, surtout concernant l'avenir ( pour paraphraser Bohr), mais prédire le passé est déjà assez compliqué comme on voit.

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Tu as raison, dans un sens.  J'avoue que chaque discipline à ses subtilités et a des détails spécifiques.  J'espérais possible qu'on puisse décrire en parallèle les diverses méthodologies mais sans rentrer dans les détails.  Ce n'est probablement pas réaliste, du moins pas avec nos moyens.  

J'ai posé un déluge de question juste dans l'idée de généraliser et d'ouvrir le sujet le plus possible de sorte que chacun y puisse apporter quelque chose, mais effectivement c'est peut-être trop spécialisé, même si c'est sauvagement transdisciplinaire.  (Justement chacun a ses spécialités ...)
En même temps, je sais bien où on peut trouver de l'information spécialisée détaillée et je sais bien que pour poser des questions pointus à des spécialistes, il y a des forums sérieux qui existent.  ... Le problème que je soulevais était plutôt de penser à une synthèse comparative des méthodes, et de chercher en spéculant sur une méthodologie méta-comparative en se fiant à une certaine complémentarité transdisciplinaire.    
Et comme l'esprit du forum ici n'est pas tellement sérieux, je pensais que pour les délires et spéculations de la sorte c'était approprié.  ( Manifestement, on n'a pas trop compris mon humour délirant (attention la phrase précédente est de l'humour)  ).  ( ).

tim9.5 a écrit:- Il n'y a pas forcément un premier vertébré. Par exemple l'oeil est apparu plusieurs fois dans l'histoire de l'évolution. Ce n'est pas linéaire. Si on zoome sur les homo sapiens, ergaster, on n'obtient pas un arbre, mais des bouts de bois dans un buisson touffu qui flotte dans du formol : voir cette image tiré de science, un hors série : clique-moi !

Pour les régularités, il y a la mitochondrie femelle qui est très stable en phylogénie.

Pour le vertébré..  Je ne dis pas que c'est arrivé chez un individu particulier mais que c'est "sûrement" arrivé chez une espèce particulière.   C'est évidemment juste un exemple, on pourrait prendre l'apparition de n'importe quelle caractéristique particulière utilisée dans le classement des animaux.  

Tu as un bon point que parfois il y a des homologies (il me semble que ça s'appelle comme ça) qui font que les mêmes caractéristiques peuvent emerger en des temps différents par des chemins différents.    Je ne pense pas que ça s'applique aux vertébrés (faudrait vérifier plus sérieusement), mais c'est clair que c'est pertinent de manière générale pour d'autres caractéristiques (tu parles des yeux, il me semble avoir vu un truc sur les nageoires ou les ailes aussi ).  

Pour l'Homo sapiens, je pense bien qu'il n'est apparu qu'il seule fois.  C'est vrai aussi que les hominidés ont plusieurs branches: néendertaliens, etc...  
Ça m'étonnerait que les hominidés aient apparus plusieurs fois... Ou alors une seule de ces fois à vraiment "fonctionnée".  Il y a toujours des "états temporaires" qui apparaissent mais disparaissent un peu plus tard .    
Dans l'arbre que tu montres, il me semble qu'il faut probablement interpréter les bouts de branche qui flottent comme le manque de connaissance actuelle concernant la manière dont toutes ces branches se rejoignent en un seul arbres.    Ces différentes espèces sortent de quelque part quand même...

tim9.5 a écrit:  N'oublie pas que tu as un point de vue de mathématicien qui veut voir des régularités au dessus-des régularités, dans le monde des possibles. Donc tes questions, sont très math-typées, et parfois déconcertant pour un lecteur lambda, si hp soit-il

peut-être dans un sens ...  j'avoue être parti avec l'idée générale de la comparaison des méthodologies sur la base des analogies et de finalement m'être rendu compte que les méthodes statistiques utilisées en intelligence artificielle pouvaient peut-être aider.    C'est vrai que je ne vois pas trop en quoi ce serait déconcertant de chercher à extraire les régularités entre différents phénomènes et de les comparer dans le but de voir si une méthodologie générale est possible.   C'est juste à mon avis que c'est trop gros comme idée, il faudrait y aller bien plus progressivement pour être réaliste.    Bref du délire.  

Et dans la grosse généralité des analogies  plus ou moins 'sauvages', il est très possible qu'on ne parvienne pas à capturer quoique ce soit d'important des phénomènes comparés..   hmmm  ...

Spoiler:

Comprendre l'histoire de l'humanité, du monde, et de tout le reste est un objectif, un horizon, peut-être inatteignable mais qui sert de guide.  On ne sait pas apriori jusqu'où on peut réellement connaître.  

En tous cas merci du recadrage par ton commentaire

Oulah trop compliqué pour moi, je réagis à 2 ptits trucs juste

Badak a écrit: C'est que dans la culture "populaire", on retrouve des reconstructions imagées qui outrepassent certainement par certains points ce que les spécialistes sont véritablement capables de vraiment savoir... Mais à quel point....  Je pense par exemple aux couleurs des dinosaures...  

Ben non justement ^^ Si pendant très longtemps, les couleurs dans les reconstitutions de dinosaures étaient "fantaisistes", ce n'est plus tout à fait le cas. J'aurais du mal à expliquer car j'ai vu ça il y a un moment, mais on peut maintenant retrouver des traces dans certains types de tissus qui ont été conservés (cas des "momies' d'hadrosaures et des dinosaures à plumes chinois). L'exploitation de ces traces permet dans certains cas de reconstituer assez fidèlement la "robe".
D'autre part, les couleurs avant cette petite révolution, n'étaient pas forcément du qu'aux caprices des artistes. Par l'anatomie comparé, on se doute qu'un sauropode (Diplo et compagnie) avait plus de chance d'être grisâtre, comme un éléphant (modes de vie similaires, etc) - C'était arbitraire mais pas totalement sans fondement donc.

Badak a écrit:
Tu as un bon point que parfois il y a des homologies (il me semble que ça s'appelle comme ça) qui font que les mêmes caractéristiques peuvent emerger en des temps différents par des chemins différents.    Je ne pense pas que ça s'applique aux vertébrés (faudrait vérifier plus sérieusement), mais c'est clair que c'est pertinent de manière générale pour d'autres caractéristiques (tu parles des yeux, il me semble avoir vu un truc sur les nageoires ou les ailes aussi ).  

Je crois que le terme exact est "évolution convergente" et bien entendue cela s'applique aux vertébrés ^^
Par exemple l'aile est apparue 3 fois chez les vertébrés : la première avec les reptiles volants (ptérosaures), ensuite avec les oiseaux (non liés aux ptérosaures, mais aux dinos carnivores bipèdes) et enfin avec les mammifères volants (chauve-souris).
On peut aussi citer des évolutions convergentes correspondant à la résolution des mêmes contraintes : ainsi pour les animaux revenus à la vie marine, ayant tous adopté une silhouette hydrodynamique (ichtyosaures, dauphins, manchots...)

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hahaha merci Tim, je vais revenir revoir ton résumé. C'est beau l'esprit de synthèse