CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
ça me paraît un rien plus sérieux..
https://chemrxiv.org/articles/COVID-19_Disease_ORF8_and_Surface_Glycoprotein_Inhibit_Heme_Metabolism_by_Binding_to_Porphyrin/11938173
https://chemrxiv.org/articles/COVID-19_Disease_ORF8_and_Surface_Glycoprotein_Inhibit_Heme_Metabolism_by_Binding_to_Porphyrin/11938173
Stegos- Messages : 4567
Date d'inscription : 18/02/2018
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
L'article n'est pas académique, mais il contient plein de références académiques. Au sujet de divers biais :
PSYCHOLOGY
Why we find it difficult to recognise a crisis
https://www.bbc.com/future/article/20200409-why-we-find-it-difficult-to-recognise-a-crisis
The current pandemic has affected some countries more than others, partly because they have been slow to react to the crisis. That, it turns out, is a very human response.
PSYCHOLOGY
Why we find it difficult to recognise a crisis
https://www.bbc.com/future/article/20200409-why-we-find-it-difficult-to-recognise-a-crisis
The current pandemic has affected some countries more than others, partly because they have been slow to react to the crisis. That, it turns out, is a very human response.
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Je ne sais pas si cela a déjà été posté, mais en cas...
https://www.nature.com/articles/s41423-020-0424-9
https://phys.org/news/2020-04-scientists-reveal-coronavirus-camouflage-aid.html
https://www.nature.com/articles/s41423-020-0424-9
https://phys.org/news/2020-04-scientists-reveal-coronavirus-camouflage-aid.html
Invité- Invité
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Il n'y pas encore de test d'immunité qui tienne la route. La question est d'une heute importance, mais elle est aussi extrêmement complexe.
Par contre, grâce à un cas de survivant de SRAS, on ose espérer qu'une immunité relativement durable serait possible. (Ce qui n'est pas le cas avec les quatre coronavirus impliqués dans le simple rhume.)
Publié il y a une dizaine de jours (oui, j'ai traîné à en parler) :
Developing antibody tests for SARS-CoV-2
Petherick, Anna
The Lancet, Volume 395, Issue 10230, 1101 - 1102
Développement de tests d'anticorps pour le SARS-CoV-2
Par contre, grâce à un cas de survivant de SRAS, on ose espérer qu'une immunité relativement durable serait possible. (Ce qui n'est pas le cas avec les quatre coronavirus impliqués dans le simple rhume.)
Publié il y a une dizaine de jours (oui, j'ai traîné à en parler) :
Developing antibody tests for SARS-CoV-2
Petherick, Anna
The Lancet, Volume 395, Issue 10230, 1101 - 1102
Développement de tests d'anticorps pour le SARS-CoV-2
- Traduction d'extraits:
- [...]
Dans des circonstances normales, CTK Biotech [US] devrait collecter des données pour l'approbation par la FDA d'un nouveau diagnostic sur trois sites différents, mais en vertu de l'autorisation d'utilisation d'urgence délivrée par l'agence à la mi-mars, cela n'est plus nécessaire. "Fondamentalement [l'autorisation de la FDA] dit: 'Vous pouvez commencer à vendre tout de suite et ensuite nous envoyer vos données, et si nous ne l'aimons pas, vous devez reprendre votre produit'", explique Sam Lewis, directeur de CTK Biotech Recherche et développement.
En Europe, une société allemande appelée Euroimmun a récemment reçu une certification qui permettra à son test d'être vendu au sein de l'UE. «Tout le monde devient fou en ce moment en ce qui concerne la détection des anticorps, en particulier pour le personnel médical, car il est très important de savoir s'ils avaient déjà le virus», explique Konstanze Stiba, chef de produit de test d'anticorps chez Euroimmun.
La pénurie d'agents de santé due à la maladie exerce une pression supplémentaire sur des systèmes de santé déjà mis à rude épreuve. Si un test peut montrer qu'un agent de santé a déjà reçu COVID-19 et qu'il est donc probablement immunisé, il peut retourner au travail sans crainte d'infection. «C'est quelque chose que vous pouvez facilement faire avec un test de détection d'anticorps et non avec la PCR - vous pouvez maintenir le système de santé stable.»
[...]
Les tests d'anticorps sont différents car ils nécessitent une certaine connaissance des protéines qui forment la couche virale, en particulier les protéines auxquelles le système immunitaire répond, déclenchant la production d'anticorps qui marquent ou neutralisent le virus. Ces sections de l'enveloppe de protéine virale doivent ensuite être produites en laboratoire, à l'aide de lignées cellulaires, pour inclusion dans un immunodosage (par exemple, ELISA) qui détecte la présence d'anticorps. Ces tests immunologiques constitueront la base des kits de test à domicile pour les personnes qui pensent avoir eu COVID-19. Mais leur développement prend du temps. L'expression de la protéine dans la bonne structure est souvent l'étape la plus difficile. Dans un système non natif, comme une cellule bactérienne, les structures protéiques complexes peuvent sortir légèrement déformées, suffisamment pour empêcher les anticorps de les reconnaître comme ils le feraient pour la protéine d'enveloppe virale d'origine.
Il existe également des questions sur les antigènes (protéines) les mieux adaptés à cette fin. Certains développeurs de diagnostic hésitent à donner trop de détails, bien que la protéine de pointe virale soit universellement perçue comme le candidat évident. «Toutes les protéines virales susciteront des réponses d'anticorps dans une certaine mesure», explique Berend-Jan Bosch, spécialiste des coronavirus à l'Université d'Utrecht aux Pays-Bas. "Mais la protéine de pointe est le principal antigène qui déclenche des anticorps neutralisants, car cette protéine est la seule protéine sur la surface virale qui est responsable de l'entrée dans la cellule hôte." La recherche de la protéine de pointe présente également des pistes pour le développement de thérapies pour COVID-19, et Bosch et son équipe ont maintenant créé un anticorps monoclonal humain qui neutralise le SARS-CoV-2 in vitro. En parallèle, il travaille avec Marion Koopmans du Erasmus Medical Center (Pays-Bas) pour développer des tests d'anticorps.
La partie de la protéine de pointe à utiliser est cependant moins évidente. Une équipe de la Icahn School of Medicine de New York à Mount Sinai (NY, USA), a publié des détails sur les tests d'anticorps qui utilisent soit la protéine de pointe entière, légèrement modifiée pour améliorer sa stabilité pendant la production de masse dans les lignées cellulaires, ou seulement le récepteur- domaine de liaison. D'autres, comme Peng Zhou, qui dirige le groupe sur l'infection et l'immunité contre le virus de la chauve-souris à l'Institut de virologie de Wuhan en Chine, et faisaient partie de l'équipe qui a séquencé le code génétique du SRAS-CoV-2 en janvier, ont utilisé la protéine nucléocapside et le protéine de pointe. Le test d'anticorps de Zhou est l'un des dix tests d'anticorps qui ont déjà été déployés dans des hôpitaux à travers la Chine. «[La] protéine nucléocapside est la protéine virale la plus abondante, ce qui signifie qu'elle est facile à détecter. Mais nous avons également choisi la protéine de pointe car elle est très spécifique », dit-il. "En fait, pour le coronavirus, la protéine la plus divergente est [la] protéine de pointe."
Il y a beaucoup de choses qui dépendent de l'unicité de la protéine de pointe. En termes de spécificité des tests sérologiques dans lesquels il est utilisé, plus il est unique, plus les chances de réactivité croisée avec d'autres coronavirus sont faibles - faux positifs résultant de l'immunité aux autres coronavirus. Le plus similaire d'entre eux est le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV), qui a conduit à l'épidémie de SRAS en 2002. Mais quatre autres coronavirus provoquent le rhume et il est essentiel de s'assurer qu'il n'y a pas de réactivité croisée à ceux-ci. «Si vous alignez les acides aminés des protéines de pointe du SRAS et du virus COVID-19, il y a une identité de 75%», explique Lewis. Hibberd estime que le chiffre global pour les coronavirus communs provoquant le froid est probablement d'environ 50 à 60%, mais le potentiel de réactivité croisée dépend vraiment si les nouveaux tests sélectionnent des sections de la protéine de pointe qui sont particulièrement distinctes entre les coronavirus. Même si des cas de SRAS n'ont été enregistrés que dans une poignée de pays, de nombreux développeurs de tests d'anticorps, parmi lesquels Euroimmun, Koopmans et Wang, s'efforcent de démontrer l'absence de réactivité croisée des nouveaux tests avec le SRAS-CoV ou d'autres coronavirus.
Parce que, selon les mots de Bosch, la protéine de pointe est la seule protéine virale responsable de l'entrée dans la cellule hôte, sa stabilité en tant que mutant du SRAS-CoV-2 est importante pour comprendre si une réinfection par une nouvelle souche est probable. Wang dit que la protéine de pointe est hautement conservée. Les virologues conviennent généralement que les rapports des médias concernant une réinfection par le SRAS-CoV-2 sont très probablement dus à des tests PCR erronés. Hibberd soutient qu'une fois que les gens produisent des anticorps contre un coronavirus particulier, ils ont probablement une immunité à vie. En effet, le laboratoire de Wang a étudié la durée de l'immunité contre le SRAS-CoV et le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient. «17 ans plus tard, un survivant du SRAS a toujours des anticorps neutralisants contre le SRAS - nous avons constaté que non seulement les anticorps étaient là, mais qu'ils pouvaient encore neutraliser le virus du SRAS.»
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Un papier qui évoque un rôle des atteintes de l'épithélium avec covid-19.
Endothelial cell infection and endotheliitis in COVID-19
Zsuzsanna Varga, Andreas J Flammer, Peter Steiger, Martina Haberecker, Rea Andermatt, Annelies S Zinkernagel, Mandeep R Mehra, Reto A Schuepbach, Frank Ruschitzka, Holger Moch
The Lancet
Published: April 17, 2020
(Correspondance, editor's pick)
https://marlin-prod.literatumonline.com/pb-assets/Lancet/pdfs/S0140673620309375.pdf
La conclusion :
Endothelial cell infection and endotheliitis in COVID-19
Zsuzsanna Varga, Andreas J Flammer, Peter Steiger, Martina Haberecker, Rea Andermatt, Annelies S Zinkernagel, Mandeep R Mehra, Reto A Schuepbach, Frank Ruschitzka, Holger Moch
The Lancet
Published: April 17, 2020
(Correspondance, editor's pick)
https://marlin-prod.literatumonline.com/pb-assets/Lancet/pdfs/S0140673620309375.pdf
La conclusion :
Nos résultats montrent la présence d'éléments viraux dans les cellules endothéliales et une accumulation de cellules inflammatoires, avec des preuves de mort de cellules endothéliales et inflammatoires. Ces résultats suggèrent que l'infection par le SRAS-CoV-2 facilite l'induction de l'endothéliite dans plusieurs organes en conséquence directe de l'atteinte virale (comme noté avec la présence de corps viraux) et de l'hôte en réponse inflammatoire. De plus, l'induction de l'apoptose et de la pyroptose pourrait jouer un rôle important dans les lésions des cellules endothéliales chez les patients atteints de COVID-19. L'endothéliite due à COVID-19 pourrait expliquer la fonction microcirculatoire altérée systémique dans différents lits vasculaires et leurs séquelles cliniques chez les patients atteints de COVID-19. Cette hypothèse fournit une justification pour les thérapies visant à stabiliser l'endothélium tout en s'attaquant à la réplication virale, en particulier avec les anti-inflammatoires anti-cytokines, les inhibiteurs de l'ECA et les statines. Cette stratégie pourrait être particulièrement pertinente pour les patients vulnérables présentant une dysfonction endothéliale préexistante, qui est associée au sexe masculin, au tabagisme, à l'hypertension, au diabète, à l'obésité et aux maladies cardiovasculaires établies, qui sont tous associés à des résultats indésirables dans COVID-19.
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Chouette résumé succinct en une image (je dis bien résumé succinct).
(Il y a quand même aussi quelques détails en rédaction aussi,
mais ça reste un survol d'un ensemble de données de base.
SnapShot: COVID-19
Oberfeld et al.
Cell
https://www.cell.com/pb-assets/products/coronavirus/CELL_11362_S5.pdf
(Il y a quand même aussi quelques détails en rédaction aussi,
mais ça reste un survol d'un ensemble de données de base.
SnapShot: COVID-19
Oberfeld et al.
Cell
https://www.cell.com/pb-assets/products/coronavirus/CELL_11362_S5.pdf
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Un éditorial de revue médicale au sujet de la mort :
Death and dying during the pandemic
Yardley Sarah, Ralph Martin
BMJ 2020; 369 :m1472
(Editorial)
https://doi.org/10.1136/bmj.m1472
Death and dying during the pandemic
Yardley Sarah, Ralph Martin
BMJ 2020; 369 :m1472
(Editorial)
https://doi.org/10.1136/bmj.m1472
- Traduction pas parfaite:
- De nouvelles expressions d'humanité aident à dissiper la peur et à protéger la santé mentale des familles endeuillées
Covid-19 a rapidement contraint les priorités d'utilité à dominer la prise de décision. Comme les libertés fondamentales sont restreintes, les individus doivent faire des sacrifices pour le bien collectif, y compris de profonds changements dans la façon dont nous prenons soin des personnes qui meurent et de celles qu'elles laissent derrière elles.
Les hôpitaux ont fermé leurs portes aux visiteurs, séparant les patients de leur famille et de leurs amis. Pour les patients atteints de covid-19, il y a peu de temps pour s'adapter à la possibilité de décès, car la détérioration est rapide et la mort survient généralement pas plus de 2-3 jours après une décision de ne pas offrir ou de retirer le soutien des soins intensifs.
Les informations selon lesquelles des familles se voient refuser l'accès à des patients décédés de Covid-19, des refus de libérer des corps et des restrictions sur les funérailles sont répandues. Certains hôpitaux autorisent un seul patient asymptomatique pour les patients en fin de vie, à condition que celui-ci n'aie pas besoin de s'auto-isoler et qu'il puisse porter un équipement de protection individuelle (EPI) approprié. Mais la pratique est incohérente et le consensus international fait défaut.
Les services de deuil sont fournis avec le moins de contacts humains possible. Les risques d'infection ont arrêté les visites dans les morgues des hôpitaux et les décès ne sont plus enregistrés en personne. Les gouvernements et les chefs religieux ont élaboré des directives pour des funérailles sûres, y compris des restrictions sur le nombre et la relation des personnes en deuil, et celles autorisées à mener des rituels nécessitant un contact étroit avec le corps. Ces restrictions entrent en conflit avec les réponses collectives et symboliques à la mort d’une personne généralement adoptées pour démontrer l’endurance de la société et ses valeurs.
Mourir seul ou laisser une mort sans marque est un tort sociétal majeur, comme en témoigne le travail émotionnel dépensé par les professionnels lorsqu'ils témoignent en l'absence de famille ou d'amis. Cela témoigne de notre croyance collective dans le besoin d'humanité au fin de vie, et il est très apprécié par de nombreuses familles dans la situation actuelle.
Les plus grandes peurs
Les plus grandes craintes des personnes incapables d'être avec un être cher mourant de Covid-19 comprennent les soins de base qui ne sont pas dispensés; personne n'est là pour dire aux soignants à quoi ressemble le patient «vraiment»; les décisions ne sont pas prises pour des motifs justes; et que le patient pourrait mourir dans la douleur. Écouter, faire preuve d'empathie et prendre le temps de soigner sont souvent mieux reçus que les explications cliniques (bien qu'elles soient également importantes). De nombreux proches sont davantage rassurés par les preuves du soin que les équipes professionnelles se portent mutuellement.
Nous devons veiller à ce que l'humanité, la communauté et la compassion en fin de vie soient maintenues dans le cadre de modes de travail nouveaux et en constante évolution. Se sentir en sécurité (pas seulement être techniquement sûr) est important pour les patients, les proches et le personnel.
Le temps consacré à l'élaboration d'approches appropriées et flexibles de la mort et du deuil pendant la pandémie fera plus que rembourser l'investissement. Les exemples pourraient inclure l'identification de personnes qui pourraient être rapidement formées à l'EPI et des méthodes de communication claires pour assurer la liaison entre les professionnels de la santé et les familles si le temps du clinicien est court ou mettre en place des mesures transparentes pour garantir que les patients ne mourront pas seuls si des restrictions ou des fournitures limitées d'EPI empêchent visites.
Agir dès maintenant pour créer de nouvelles expressions de l'humanité en fin de vie peut empêcher certains des méfaits en aval pour la santé mentale et le bien-être associés à la «mort difficile» d'un être cher et au deuil compliqué qui peut en découler.
Nous pouvons le faire en aidant les personnes qui ne survivront probablement pas à Covid-19 à faire des choix éclairés quant à leur admission à l'hôpital, notamment en partageant des informations sur ce qui se passe à l'admission et sur les alternatives communautaires disponibles; entamer des discussions peu après l'admission à l'hôpital sur la planification préalable des soins et l'escalade du traitement; et assurer une planification parallèle lorsque la survie est incertaine, en offrant des soins de soutien et un contrôle des symptômes parallèlement aux interventions de traitement.
Les solutions technologiques à la communication entre les patients et les familles devraient être soutenues - en encourageant les appels vidéo et les rappels à apporter des téléphones et des chargeurs à l'admission - avec les familles recevant des mises à jour quotidiennes claires (de bons cadres sont disponibles), y compris la possibilité de mourir. Et nous devons nous assurer que personne ne meurt seul, en engageant le soutien de l'aumônerie si vous le souhaitez et que les directives d'EPI le permettent.
Nous devons également faire attention à la langue que nous utilisons. Les termes ambigus tels que «plafond de soins» doivent être évités - les soins sont toujours prodigués, même lorsque le plan de traitement interventionnel du patient atteint ses limites.
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Pas un papier, mais un suivi des vaccins en développement :
https://vac-lshtm.shinyapps.io/ncov_vaccine_landscape/
https://vac-lshtm.shinyapps.io/ncov_vaccine_landscape/
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
On commence à être sur des tailles de données qu'on pourrait qualifier de "significatives"...
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31180-6/fulltext
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31180-6/fulltext
404- Messages : 1194
Date d'inscription : 11/01/2010
Age : 39
Localisation : Aix-en-Provence
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
J’avoue qu’en lisant cet article, j’ai d’abord pensé : « bon, fin de partie pour la chloroquine et début des ennuis pour Raoult ». Toutefois, en y regardant de plus près, des motifs de réserve apparaissent. Ils sont même assez sérieux.
1) une proportion significative (plus de 15%) des patients traités à la chloroquine ou à l’hydroxychloroquine avaient des problèmes cardiaques - y compris des arythmies dans environ 3.5% des cas. D’une part, il est pour le moins étonnant que des médecins aient prescrit ces médicaments en présence de pareilles contre-indications. D’autre part, la rigueur aurait commandé de faire une analyse séparée en excluant les patients cardiaques. Je m’étonne que la revue ne l’ait pas demandé, mais il est vrai qu’on observe une forte incidence de la maladie du sommeil chez les relecteurs d’articles.
2) on constate qu’une proportion élevée des patients (40.5%) ont été traités avec des antiviraux, dont 17,5% avec deux antiviraux ou plus en combinaison. Ce qui pose la question, d’une part, de la répartition de ces traitements entre les différents groupes étudiés (point sur lequel l’article ne donne pas d’information) et d’autre part, de la possibilité d’interactions médicamenteuses. Ici aussi, une analyse séparée sur les patients non traités par antiviraux aurait pu permettre d’étudier ces questions.
3) l’effet de la dose n’est pas testé, alors que les doses d’hydroxychloroquine employées dans les essais contre le COVID-19 varient au moins du simple (400 mg/jour) au triple (1200 mg/jour). Or un effet dose-dépendant est probable s’agissant des effets secondaires, et ne peut être écarté a priori concernant la maladie.
4) l’augmentation du risque d’arythmie observée chez les patients traités à la chloroquine et à l’hydroxychloroquine pourrait résulter en partie d’une surveillance accrue par rapport au groupe contrôle pour ce symptôme, vu que le risque est déjà connu.
5) ayant jeté un coup d’oeil aux annexes, je trouve les données étonnamment homogènes entre continents, y compris sur des paramètres que l’on s’attendrait à voir varier, comme proportion de fumeurs, usage des différents traitements, etc...
6) les mêmes auteurs ont soumis un article actuellement en cours de relecture concernant l’ivermectine, dont les résultats sont a priori très encourageants, mais pour lequel des questions ont été soulevées concernant la méthode d’obtention des données (qui est la même dans les deux articles) : https://www.trialsitenews.com/observational-study-usefulness-of-ivermectin-in-covid-19-illness-raises-some-questions/
EDIT (rajouté le 25/5): 7) Sont inclus dans l'étude les patients ayant reçu chloroquine ou hydroxychloroquine moins de 48 h après le diagnostic. Toutefois, celui-ci peut avoir été fait à des phases très variables de la maladie, et il aurait été plus pertinent de prendre en compte comme critère le moment d'apparition des symptômes.
Par conséquent, si je suis à ce stade peu optimiste concernant l’hydroxychloroquine, cette étude me semble devoir être prise avec des pincettes.
1) une proportion significative (plus de 15%) des patients traités à la chloroquine ou à l’hydroxychloroquine avaient des problèmes cardiaques - y compris des arythmies dans environ 3.5% des cas. D’une part, il est pour le moins étonnant que des médecins aient prescrit ces médicaments en présence de pareilles contre-indications. D’autre part, la rigueur aurait commandé de faire une analyse séparée en excluant les patients cardiaques. Je m’étonne que la revue ne l’ait pas demandé, mais il est vrai qu’on observe une forte incidence de la maladie du sommeil chez les relecteurs d’articles.
2) on constate qu’une proportion élevée des patients (40.5%) ont été traités avec des antiviraux, dont 17,5% avec deux antiviraux ou plus en combinaison. Ce qui pose la question, d’une part, de la répartition de ces traitements entre les différents groupes étudiés (point sur lequel l’article ne donne pas d’information) et d’autre part, de la possibilité d’interactions médicamenteuses. Ici aussi, une analyse séparée sur les patients non traités par antiviraux aurait pu permettre d’étudier ces questions.
3) l’effet de la dose n’est pas testé, alors que les doses d’hydroxychloroquine employées dans les essais contre le COVID-19 varient au moins du simple (400 mg/jour) au triple (1200 mg/jour). Or un effet dose-dépendant est probable s’agissant des effets secondaires, et ne peut être écarté a priori concernant la maladie.
4) l’augmentation du risque d’arythmie observée chez les patients traités à la chloroquine et à l’hydroxychloroquine pourrait résulter en partie d’une surveillance accrue par rapport au groupe contrôle pour ce symptôme, vu que le risque est déjà connu.
5) ayant jeté un coup d’oeil aux annexes, je trouve les données étonnamment homogènes entre continents, y compris sur des paramètres que l’on s’attendrait à voir varier, comme proportion de fumeurs, usage des différents traitements, etc...
6) les mêmes auteurs ont soumis un article actuellement en cours de relecture concernant l’ivermectine, dont les résultats sont a priori très encourageants, mais pour lequel des questions ont été soulevées concernant la méthode d’obtention des données (qui est la même dans les deux articles) : https://www.trialsitenews.com/observational-study-usefulness-of-ivermectin-in-covid-19-illness-raises-some-questions/
EDIT (rajouté le 25/5): 7) Sont inclus dans l'étude les patients ayant reçu chloroquine ou hydroxychloroquine moins de 48 h après le diagnostic. Toutefois, celui-ci peut avoir été fait à des phases très variables de la maladie, et il aurait été plus pertinent de prendre en compte comme critère le moment d'apparition des symptômes.
Par conséquent, si je suis à ce stade peu optimiste concernant l’hydroxychloroquine, cette étude me semble devoir être prise avec des pincettes.
Palika- Messages : 196
Date d'inscription : 06/10/2019
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Palika a écrit:J’avoue qu’en lisant cet article, j’ai d’abord pensé : « bon, fin de partie pour la chloroquine et début des ennuis pour Raoult ». Toutefois, en y regardant de plus près, des motifs de réserve apparaissent. Ils sont même assez sérieux.
J'avais pas voulu sortir des choses du contexte de l'étude sur la page ici, car le papier est plutôt complet. L'étude note bien ses propres limitations
Our study has several limitations. The association of decreased survival with hydroxychloroquine or chloroquine treatment regimens should be interpreted cautiously. Due to the observational study design, we cannot exclude the possibility of unmeasured confounding factors, although we have reassuringly noted consistency between the primary analysis and the propensity score matched analyses. Nevertheless, a cause-and-effect relationship between drug therapy and survival should not be inferred.
Concrètement, ce que dit l'étude, ce n'est pas "la chloroquine sous toutes ses formes tue plus que cela ne soigne", mais bien "la chloroquine sous toutes ses formes telles que ça a été administré entre le début de la crise et maintenant a tué plus qu'elle n'a soigné". Ce qui n'est pas du tout la même chose.
Très sincèrement, mon opinion la dessus, c'est que quelque soit l'efficacité réelle du médicament, la comm de Raoult a probablement fortement contribué à ce résultat. Que ce soit parce que HCQ a intrinsèquement plus de chances de produire un effet négatif, ou parce que l'engouement sans études et à l'arrache autour du truc a créé beaucoup de mauvaises posologies.
Alors Raoult n'est pas le seul, l'étude brésilienne a commencé sur la base des dosages prescrits par l'étude initiale chinoise (ce qui a donné le warning de la FDA indiquant que 2*600mg par jour, ça tue plus que ça soigne)...Faut pas non plus lui attribuer tous les maux du monde, il crie fort mais même sans lui on étudierait très probablement tout de même la piste chloroquine/hydroxychloroquine (on la distribuerait surement à moins grande échelle...bref, le fameux "manque d'éthique à faire des essais cliniques", tout ça...c'est cool, à la place de faire un essai clinique en bonne et due forme on a utilisé 14.888 cobayes qui n'ont probablement même pas été correctement informés de ce qu'il prenaient, et les résultats qu'on peut en analyser ne sont pas exploitable de manière optimale à cause des biais potentiels...Effectivement, les essais cliniques ça aurait probablement été moins éthique...).
Bref, je pense qu'il ne faut pas essayer de faire dire à l'étude ce qu'elle ne dit pas (ce que la presse a l'air de s'être empressé de faire) : pour l'instant, on peut faire 2 hypothèses à partir de l'étude : dans les cas de covid HCQ pourrait être dangereuse en léger surdosage (no shit sherlock!!!), ou bien HCQ a tendance à tuer les patients du covid plutôt que de les guérir (mince alors comment on aurait pu supposer ça avant??????). Dans les deux cas, c'était un peu les réserves qu'on aurait été en droit d'attendre dès le départ (mais bon...) de la part des "plus grands infectiologues au monde" (re mais bon...).
Ok, en vrai on peut imaginer plein d'autres facteurs de confusions que le surdosage...on va se contenter quand même de ces deux hypothèses pour répondre a palika
404- Messages : 1194
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Il me semble que le danger essentiel serait d'administrer ce traitement alors que le patient est trop atteint pour que le traitement soit utile.
C'est exprimé clairement depuis le début pourtant certains continuent à faire des études en administrant ce traitement à des personnes qui ont déjà de gros problèmes respiratoires.
Environ 4000 personnes ont été soignées par l'équipe du Pr Raoult mais ils font des réunions régulières de suivi des dossiers médicaux.
Peut-être qu'ils gardent seulement ceux qui sont en bonne santé, et qu'ils envoient les très malades à Paris ?
Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.
Est-ce que tous ces chiffres seraient faux ?
Le quotidien du médecin et l'académie de médecine sont-ils fiables ?
Voici une récente publication :
C'est exprimé clairement depuis le début pourtant certains continuent à faire des études en administrant ce traitement à des personnes qui ont déjà de gros problèmes respiratoires.
Environ 4000 personnes ont été soignées par l'équipe du Pr Raoult mais ils font des réunions régulières de suivi des dossiers médicaux.
Peut-être qu'ils gardent seulement ceux qui sont en bonne santé, et qu'ils envoient les très malades à Paris ?
Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.
Est-ce que tous ces chiffres seraient faux ?
Le quotidien du médecin et l'académie de médecine sont-ils fiables ?
Voici une récente publication :
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Il me semble que le danger essentiel serait d'administrer ce traitement alors que le patient est trop atteint pour que le traitement soit utile.
C'est exprimé clairement depuis le début pourtant certains continuent à faire des études en administrant ce traitement à des personnes qui ont déjà de gros problèmes respiratoires.
Les études qui prescrivent tôt ne donnent pas de meilleurs résultats :
Environ 4000 personnes ont été soignées par l'équipe du Pr Raoult mais ils font des réunions régulières de suivi des dossiers médicaux.
Peut-être qu'ils gardent seulement ceux qui sont en bonne santé, et qu'ils envoient les très malades à Paris ?
Ils ne les envoient pas à Paris, ils les sortent de leurs études (sans même s'en cacher).
Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.
Faux.
C'est exprimé clairement depuis le début pourtant certains continuent à faire des études en administrant ce traitement à des personnes qui ont déjà de gros problèmes respiratoires.
Les études qui prescrivent tôt ne donnent pas de meilleurs résultats :
Results
Of 150 patients, 148 had mild to moderate disease and two had severe disease. The mean duration from symptom onset to randomisation was 16.6 (SD 10.5; range 3-41) days. A total of 109 (73%) patients (56 standard of care; 53 standard of care plus hydroxychloroquine) had negative conversion well before 28 days, and the remaining 41 (27%) patients (19 standard of care; 22 standard of care plus hydroxychloroquine) were censored as they did not reach negative conversion of virus. The probability of negative conversion by 28 days in the standard of care plus hydroxychloroquine group was 85.4% (95% confidence interval 73.8% to 93.8%), similar to that in the standard of care group (81.3%, 71.2% to 89.6%). The difference between groups was 4.1% (95% confidence interval –10.3% to 18.5%). In the safety population, adverse events were recorded in 7/80 (9%) hydroxychloroquine non-recipients and in 21/70 (30%) hydroxychloroquine recipients. The most common adverse event in the hydroxychloroquine recipients was diarrhoea, reported in 7/70 (10%) patients. Two hydroxychloroquine recipients reported serious adverse events.
Conclusions
Administration of hydroxychloroquine did not result in a significantly higher probability of negative conversion than standard of care alone in patients admitted to hospital with mainly persistent mild to moderate covid-19. Adverse events were higher in hydroxychloroquine recipients than in non-recipients.
https://www.bmj.com/content/369/bmj.m1849
Environ 4000 personnes ont été soignées par l'équipe du Pr Raoult mais ils font des réunions régulières de suivi des dossiers médicaux.
Peut-être qu'ils gardent seulement ceux qui sont en bonne santé, et qu'ils envoient les très malades à Paris ?
Ils ne les envoient pas à Paris, ils les sortent de leurs études (sans même s'en cacher).
Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.
Faux.
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Topsy Turvy a écrit:
Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.
Faux.
Un étude sur 150 patients ce n'est pas énorme.
Tu sais combien ont été écartés du service du Pr Raoult ?
https://www.mediterranee-infection.com/covid-19/
Mais aussi : http://www.cres-paca.org/r/260/covid-19-les-derniers-chiffres/
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
siamois93 a écrit:Topsy Turvy a écrit:
Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.
Faux.
Un étude sur 150 patients ce n'est pas énorme.
Tu sais combien ont été écartés du service du Pr Raoult ?
Tu sais ce que c'est un "biais de sélection" ?
Par exemple, au hasard : faire une grande campagne de médiatisation pour dire "venez vous faire tester chez nous", comme ça plein de gens qui ne se seraient normalement pas fait tester viennent te voir.
Grace à ça, tu as plus de patients positifs que dans le groupe "monde" (tu sais, tous les patients qui normalement n'auraient pas été testés vu que les symptômes étaient bénins, voire absents), et donc un ratio "nombre de morts / nombre de positifs" plus faible. Et donc, il suffit de facilement faire un tour de passe passe pour transformer ça en un "meilleur taux de guérison".
En général, pour éviter ça, tu fais des trucs assez novateurs et osés, genre "des essais cliniques". Le truc qui sert à éviter les facteurs de confusion, à comparer des choses comparables, et à savoir si c'est ton traitement qui guérit, ou si en fait c'est autre chose qui a un effet, ou si c'est juste ton échantillon qui fait croire des choses...
D'habitude, les facteurs de confusion, ils sont cachés. Dans le cas de l'IHU de Marseille, les facteurs de confusion sont presque revendiqués. Tu sais, les chiffres, ont peut leur faire dire plein de trucs, et en l’occurrence ton joli graph il fait dire des choses fallacieuses aux chiffres. Alors bon, faire du relais de propagande, tu fais si tu veux, mais il me semble que c'est pas le lieu. Merci.
Ceci est le 6eme post de réaction à l'étude, et on est (déjà) passé à de la défense Raoultienne dès le 3eme message...ce qui n'est pas le sujet du topic, pas le sujet de l'étude, et forcément un peu le sujet de l'hydroxychloroquine, mais alors dans le cas présent, seulement vaguement. Et à part dire qu'il faudrait faire preuve d'un peu de réserve, y'a pas plus que ça à parler de lui, il a déjà suffisamment la parole, et suffisamment de relais de sa parole. Là c'est une étude, menée correctement, qui parle correctement de ses biais intrinsèques, n'essaie pas de faire croire des choses qu'elle ne dit pas. Le débat "Moi j'aime bien Raoult / non pas moi il a les cheveux sales" n'a pas sa place ici. Ici on parle de "coronapapers", d'études scientifiques, si possibles menées avec un minimum de rigueur. Quand Raoult aura mené une étude correcte on pourra en parler dans ce topic, en attendant les chiffres qu'il publie sont simplement hors sujet.
404- Messages : 1194
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Intéressant ce que tu dis 404, ce qui m’amène à une question : comment trouver de l’information pertinente? S’il y a plus de 11´000 papiers scientifiques publiés par mois (selon les dires de Topsy), quels sont les critères de sélection? Il y a ceux de lancet par exemple, mais les autres? Pourquoi une publication est intéressante? Parce qu’elle ouvre des pistes prometteuses, à défaut de trouver LA solution?
(Pas d’attaque de ma part, je veux pas un débat sans fin dans ce fil précieux.)
(Pas d’attaque de ma part, je veux pas un débat sans fin dans ce fil précieux.)
tim9.5- Messages : 451
Date d'inscription : 18/10/2014
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
En ce moment, on est à ~2'500 papiers par semaine sur LitCovid, mais ça évolue.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/coronavirus/
L'intérêt peut être au niveau de l'état des lieux, de critiques, d'hypothèses, etc.
L'intérêt ne sera pas le même pour un cardiologue, un employé R&D pharma, etc.
Une certitude, c'est que Raoult, lui, il se fiche de "la science". Il ne s'en cache pas.
Perso, je me fiche pas mal des publications sur la chloroquine, parce que je ne vois pas pourquoi regarder cette piste thérapeutique plutôt qu'une autre. Mais je propose au passage ce papier de commentaire publié en même temps que l'étude dont tout le monde parle :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/coronavirus/
L'intérêt peut être au niveau de l'état des lieux, de critiques, d'hypothèses, etc.
L'intérêt ne sera pas le même pour un cardiologue, un employé R&D pharma, etc.
Une certitude, c'est que Raoult, lui, il se fiche de "la science". Il ne s'en cache pas.
Perso, je me fiche pas mal des publications sur la chloroquine, parce que je ne vois pas pourquoi regarder cette piste thérapeutique plutôt qu'une autre. Mais je propose au passage ce papier de commentaire publié en même temps que l'étude dont tout le monde parle :
Traduction rapide de la fin a écrit:Malgré les limites inhérentes à la nature observationnelle de cette étude, Mehra et ses collègues devraient être félicités pour avoir fourni les résultats d'une étude bien conçue et contrôlée des effets de la chloroquine ou de l'hydroxychloroquine, avec ou sans macrolide, dans un très large échantillon de patients hospitalisés avec COVID-19. Leurs résultats indiquent une absence de bénéfice des traitements à base de 4-aminoquinoléine dans cette population et suggèrent qu'ils pourraient même être nocifs. Il est tentant d'attribuer le risque accru de décès à l'hôpital à l'incidence plus élevée observée d'arythmies ventriculaires d'origine médicamenteuse, étant donné que ces médicaments sont connus pour prolonger le QTc et provoquer des torsades de pointes. Cependant, la relation entre le décès et la tachycardie ventriculaire n'a pas été étudiée et les causes de décès (c.-à-d. Arythmiques vs non arythmiques) n'ont pas été jugées. Bien que toutes les arythmies ventriculaires n'aient pas pu être détectées, le nombre de décès dans les groupes de traitement était beaucoup plus élevé que le nombre de patients souffrant d'arythmies ventriculaires. Le risque de décès associé aux 4-aminoquinoléines seules ou associées à un macrolide était similaire, alors que l'on s'attendrait à ce que la combinaison de deux médicaments prolongeant le QTc augmente leur potentiel proarythmique. Les FC pour la mort étaient similaires chez les hommes et les femmes, tandis que les femmes ont une sensibilité plus élevée à l'allongement du QTc induit par les médicaments et un risque plus élevé de torsade de pointes induites par les médicaments que les hommes. L'étude ne suggère donc pas que le risque accru de décès avec les 4-aminoquinoléines soit dû à un mécanisme proarythmique. Une autre hypothèse pour expliquer le risque accru de décès avec les 4-aminoquinoléines est que leurs propriétés antivirales et immunomodulatrices pourraient aggraver la gravité du COVID-19 chez certains patients. Néanmoins, l'augmentation de l'incidence des arythmies ventriculaires est intrigante. La chloroquine, l'hydroxychloroquine, et l'azithromycine ont des propriétés de blocage des canaux sodiques qui pourraient contribuer à la proarythmie et à l'insuffisance cardiaque dans le contexte des lésions myocardiques et de l'hypoxie présentes dans COVID-19. Cette hypothèse reste à tester.
https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31174-0
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Personnellement la question de la chloroquine m'intéresse pour la question sociale plus que pour la question thérapeutique (on est en train de faire beaucoup de bruit parce qu'un twittos youtuber qui s'avère être médecin et s'auto-proclamer un des plus grands experts au monde fait beaucoup de tapage; je trouve ça intéressant cette dynamique, avec un peu de complotisme de la part des pro, un peu de foi de la part des anti, beaucoup de "il faudrait peut-être attendre non?". Bref, une dynamique sociale intéressante, même si un peu dramatique je trouve). Il n'empêche, je suis d'accord avec un truc que dit Raoult : si ça fonctionnait ça serait bien parce que c'est un médicament dont la toxicité intrinsèque est faible, avec un retour d'expérience extrêmement important, et pour lequel on a des chaines de production opérationnelles; bref, on sait produire beaucoup pour pas cher. Maintenant entre la volonté et la réalité, il y a un écart potentiel...Et donc je suis pas tout à fait d'accord avec Topsy ; pourquoi regarder cette piste plutôt que qu'une autre : parce que entre un médicament du marché et une piste de recherche, le médicament du marché serait une meilleur nouvelle. Il y en a d'autres, par exemple la chloropromazine qui aurait les mêmes avantage que HCQ...Et puis il y aurait eu le remdesivir (qui n'est qu'une piste de recherche)...bref...
@Tim9.5 : Néanmoins, concernant le fait de trouver des études et de faire le tri, c'est effectivement compliqué en ce moment. TheLancet profite BEAUCOUP de l'effet d'aubaine en ce moment, et est vraiment beaucoup mis en avant (pas seulement pour cette étude là, mais ils ont vraiment publié une grosse partie de ce qui fait du bruit). En ce qui concerne les preprint, medRxiv a beaucoup de choses aussi.
Personnellement, je trouve que le plus intéressant a tendance à être à laisser faire faire le premier tri aux autres, mais pas à la presse. L'étude que j'ai posté avant, la presse en fait n'importe quoi, elle en fait un débat Raoultien, soit un "ça y'est, la chloroquine c'est prouvé que ça fonctionne pas, Raoult avait donc tort", soit un "donnons la parole à Raoult et relayons sa réaction". Bon, c'est pas le sujet, dommage.
La FDA et le NIH produisent un bon état de l'art, ensuite y'a plus qu'à trouver les études qui amènent à leurs conclusions. J'aime bien le site du NIH :
https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/overview/
Les différentes pages se content d'un "on a fait de la veille sur les études, on émet nos recos officielles, on cite les papiers qui guident ça".
Topsy est un bon premier filtre aussi.
Ensuite y'a pas de miracle, ce qui fait que tu peux être au courant c'est essentiellement de la veille, c'est à dire "regarder régulièrement ce qui est nouveau", parce que si tu essaies de regarder "ce qu'il s'est passé depuis le début", tu peux humainement pas.
Ensuite...ça dépend ce que tu cherches. Savoir si un papier soutient quelque chose d'intéressant, c'est pas la même chose selon qu'on parle d'un traitement, d'un vaccin, d'une analyse retrospective....des choses intéressantes, y'en a beaucoup, et tu peux pas tout regarder, la question c'est déjà quels sujets tu veux regarder?
@Tim9.5 : Néanmoins, concernant le fait de trouver des études et de faire le tri, c'est effectivement compliqué en ce moment. TheLancet profite BEAUCOUP de l'effet d'aubaine en ce moment, et est vraiment beaucoup mis en avant (pas seulement pour cette étude là, mais ils ont vraiment publié une grosse partie de ce qui fait du bruit). En ce qui concerne les preprint, medRxiv a beaucoup de choses aussi.
Personnellement, je trouve que le plus intéressant a tendance à être à laisser faire faire le premier tri aux autres, mais pas à la presse. L'étude que j'ai posté avant, la presse en fait n'importe quoi, elle en fait un débat Raoultien, soit un "ça y'est, la chloroquine c'est prouvé que ça fonctionne pas, Raoult avait donc tort", soit un "donnons la parole à Raoult et relayons sa réaction". Bon, c'est pas le sujet, dommage.
La FDA et le NIH produisent un bon état de l'art, ensuite y'a plus qu'à trouver les études qui amènent à leurs conclusions. J'aime bien le site du NIH :
https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/overview/
Les différentes pages se content d'un "on a fait de la veille sur les études, on émet nos recos officielles, on cite les papiers qui guident ça".
Topsy est un bon premier filtre aussi.
Ensuite y'a pas de miracle, ce qui fait que tu peux être au courant c'est essentiellement de la veille, c'est à dire "regarder régulièrement ce qui est nouveau", parce que si tu essaies de regarder "ce qu'il s'est passé depuis le début", tu peux humainement pas.
Ensuite...ça dépend ce que tu cherches. Savoir si un papier soutient quelque chose d'intéressant, c'est pas la même chose selon qu'on parle d'un traitement, d'un vaccin, d'une analyse retrospective....des choses intéressantes, y'en a beaucoup, et tu peux pas tout regarder, la question c'est déjà quels sujets tu veux regarder?
404- Messages : 1194
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Je dois reconnaître que le phénomène Raoult m'intéresse de plus en plus. Je suis pour ouvrir un topic sur Raoult. Mais, en fait, je n'en entends pas vraiment parler, perso, ne consultant pas du tout les médias français. BBC News, par exemple, n'en parle pour ainsi dire pas du tout. Eux, leur truc, c'est le remdesivir. Mais, même ça, ils en parlent très peu.
Dans les pistes thérapeutiques, il y a d'autres médicaments préexistants qui étaient ou sont en test. Bien sûr, un trucs safe, abondant et pas cher, ce serait l'idéal. Mais les gens semblent un peu oublier qu'on fait là des tentatives de repurposing pour appliquer des traitements prévus pour certaines pathologies sur une nouvelle maladie, qui surprend elle-même encore beaucoup de gens. Perso, je crois de moins en moins à une solution simple, et plus du tout à une solution "trop belle".
The Lancet est une bonne revue de base des cliniciens. Je ne crois pas qu'ils surfent sur l'actu, eux. J'ai plutôt l'impression que le grand public découvre l'existence un journal de base du monde médical. Mais c'est un journal "généraliste" de cliniciens, plutôt qu'une revue de chercheurs, et donc certainement plus accessible (du moins en apparence) aux médias que les revues pointues. Ce que les médias français en font, ça...
Il y a aussi les "digests" hebdomadaires de Nature qui peuvent être pas mal :
COVID-19 Research in Brief
Le dernier :
https://www.nature.com/articles/d41591-020-00021-1
Je ne partageais plus d'articles ici, ne pensant pas que les gens regardaient.
Mais je vais peut-être de temps en temps le faire, ne serait-ce que pour moi.
Je trouve en effet rigolo d'y voir l'évolution des idées sur quelques mois.
Ceci m'amuse un peu, ça date de fin février :
Une réponse que je devine agacée de chercheurs de plein de pays (il y a même un gars de Marseille !) :
Dans les pistes thérapeutiques, il y a d'autres médicaments préexistants qui étaient ou sont en test. Bien sûr, un trucs safe, abondant et pas cher, ce serait l'idéal. Mais les gens semblent un peu oublier qu'on fait là des tentatives de repurposing pour appliquer des traitements prévus pour certaines pathologies sur une nouvelle maladie, qui surprend elle-même encore beaucoup de gens. Perso, je crois de moins en moins à une solution simple, et plus du tout à une solution "trop belle".
The Lancet est une bonne revue de base des cliniciens. Je ne crois pas qu'ils surfent sur l'actu, eux. J'ai plutôt l'impression que le grand public découvre l'existence un journal de base du monde médical. Mais c'est un journal "généraliste" de cliniciens, plutôt qu'une revue de chercheurs, et donc certainement plus accessible (du moins en apparence) aux médias que les revues pointues. Ce que les médias français en font, ça...
Il y a aussi les "digests" hebdomadaires de Nature qui peuvent être pas mal :
COVID-19 Research in Brief
Le dernier :
https://www.nature.com/articles/d41591-020-00021-1
Je ne partageais plus d'articles ici, ne pensant pas que les gens regardaient.
Mais je vais peut-être de temps en temps le faire, ne serait-ce que pour moi.
Je trouve en effet rigolo d'y voir l'évolution des idées sur quelques mois.
Ceci m'amuse un peu, ça date de fin février :
Letter to the editor: Plenty of coronaviruses but no SARS-CoV-2
[...]
Dans notre institut de référence pour les maladies infectieuses, nous mettons en œuvre depuis fin janvier 2020 la détection par PCR de l'ARN du SARS-CoV-2 à l'aide de plusieurs systèmes, dont ceux diffusés au niveau européen. Au total, nous avons testé à ce jour (au 19 février 2020) 4 084 échantillons respiratoires par PCR et tous les tests ont été négatifs pour le SRAS-CoV-2. Ces tests ont été effectués sur les échantillons de 32 cas suspects de SRAS-CoV-2, 337 personnes rapatriées début février 2020 de Chine testées deux fois, 164 patients décédés dans les hôpitaux publics de Marseille entre 2014 et 2019 dont au moins un un échantillon respiratoire avait été envoyé à notre laboratoire, et ils comprenaient également 3214 échantillons respiratoires envoyés depuis janvier 2020 à notre laboratoire pour rechercher une étiologie virale. En contraste frappant, nous avons testé 5 080 échantillons respiratoires pour diverses infections virales respiratoires suspectées depuis le 1er janvier 2020 et identifié dans 3 380 cas des virus respiratoires. Par ordre décroissant de fréquence, ils étaient: virus grippal A (n = 794), virus grippal B (n = 588), rhinovirus (n = 567), virus respiratoire syncytial (n = 361), adénovirus (n = 226), métapneumovirus (n = 192), entérovirus (n = 171), bocavirus (n = 83), virus parainfluenza (n = 24) et parechovirus (n = . Parmi les virus diagnostiqués, il y avait également 373 coronavirus humains communs (HCoV), dont 205 HCoV-HKU1, 94 HCoV-NL63, 46 HCoV-OC43 et 28 HCoV-229E [5]. De plus, l'analyse de la mortalité associée à ces virus a pu montrer que depuis le 1er janvier 2020, un patient est décédé après avoir reçu un diagnostic de HCoV-HKU1, et des virus respiratoires ont été découverts chez 13 autres patients décédés, dont le virus de la grippe A ( 3 cas), virus respiratoire syncytial (3 cas), rhinovirus (5 cas), adénovirus (1 cas) et métapneumovirus (1 cas). Rétrospectivement, l'analyse des décès de patients ayant eu un échantillon respiratoire a montré qu'au moins neuf patients sont décédés entre 2017 et 2019 après avoir été diagnostiqué avec l'un des quatre coronavirus circulant couramment chez l'homme.
Ainsi, il est surprenant de voir que toute l'attention s'est concentrée sur un virus dont la mortalité semble finalement être du même ordre de grandeur que celle des coronavirus communs ou d'autres virus respiratoires tels que la grippe ou le virus respiratoire syncytial, alors que les quatre HCoV communs diagnostiqués passent inaperçus bien que leur incidence soit élevée. En fait, les quatre HCoV communs ne sont souvent même pas identifiés dans le diagnostic de routine dans la plupart des laboratoires, bien qu'ils soient génétiquement très différents les uns des autres et associés à une symptomatologie distincte.
Ces travaux ont été soutenus par le gouvernement français dans le cadre du programme «Investissements d'avenir» géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR), Méditerranée-Infection 10-IAHU-03.
Le journal : Eurosurveillance : Europe's journal on infectious disease surveillance, epidemiology, prevention and control
Volume 25, Issue 8, 27/Feb/2020
Devinez où bossent les auteurs...
https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000171
Une réponse que je devine agacée de chercheurs de plein de pays (il y a même un gars de Marseille !) :
[...] nous soutenons que la mise en œuvre et la surveillance urgentes des capacités de diagnostic et des moyens pour le SRAS-CoV-2 en Europe sont proportionnelles à la phase de confinement et d'atténuation prévue de la réponse de santé publique mondiale et sont essentielles pour les soins aux patients locaux. La mise en œuvre des diagnostics SARS-CoV-2 ne remplace ni n'exclut la capacité de diagnostic pour d'autres virus respiratoires. De plus, on ne méconnaît pas explicitement l'importance d'autres pathogènes respiratoires saisonniers pour la santé publique et des patients. Ceci est clairement illustré par les auteurs eux-mêmes, qui indiquent qu'ils ont testé des milliers d'échantillons de patients suspectés de maladie virale respiratoire non seulement pour les pathogènes respiratoires courants mais aussi pour le SRAS-CoV-2. Le fait que Colson et al. a découvert qu'un large éventail de virus respiratoires saisonniers souligne en effet l'impact de ces agents pathogènes. En outre, cela montre clairement que le diagnostic de virus respiratoires ne peut pas être fait sur la base d'un syndrome et soutient la nécessité de disposer de diagnostics pour un panel d'agents pathogènes, y compris le SRAS-CoV-2.
La proportionnalité des mesures prises pour contrôler le SRAS-CoV-2 ne peut être correctement évaluée que lorsque les questions critiques liées au SRAS-CoV-2, y compris le taux de mortalité exact mis en évidence par les auteurs, ont été répondues. Ces réponses sont déjà largement connues pour les virus respiratoires courants saisonniers, mais jusque-là, la prudence est de mise. Quels que soient les résultats de la situation épidémiologique en évolution rapide du SRAS-CoV-2 et même dans l'hypothèse où le SRAS-CoV-2 deviendrait le cinquième coronavirus humain en circulation, le besoin de capacités et de capacités diagnostiques demeurerait.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7055035/
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Topsy Turvy a écrit:
Je ne partageais plus d'articles ici, ne pensant pas que les gens regardaient.
J'ai lu la plupart des papiers que t'as mis ici, et chaque fois que y'a un nouveau post je vais voir. Y'a au moins un gens qui regarde.
404- Messages : 1194
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
J'en regarde un de temps en temps. Au pif. Le reste du temps, je bosse, désolé.
Mais j'apprends beaucoup de vos discussions.
Mais j'apprends beaucoup de vos discussions.
RonaldMcDonald- Messages : 11620
Date d'inscription : 15/01/2019
Age : 48
Localisation : loin de chez moi, dans un petit coin de paradis
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Un résumé très bref du modèle SIR proposé à l'Assemblée par Cédric Villani (via l'Office Parlementaire Scientifique et l'OPECST):
http://www2.assemblee-nationale.fr/15/les-delegations-comite-et-office-parlementaire/office-parlementaire-d-evaluation-des-choix-scientifiques-et-technologiques/secretariat/a-la-une/modelisation-epidemiologique-pour-estimer-l-ampleur-et-le-devenir-de-l-epidemie-de-covid-19
Et sa propre réflexion face à l'épidémie:
https://theconversation.com/de-la-difficile-equation-entre-science-et-politique-138272
http://www2.assemblee-nationale.fr/15/les-delegations-comite-et-office-parlementaire/office-parlementaire-d-evaluation-des-choix-scientifiques-et-technologiques/secretariat/a-la-une/modelisation-epidemiologique-pour-estimer-l-ampleur-et-le-devenir-de-l-epidemie-de-covid-19
Et sa propre réflexion face à l'épidémie:
https://theconversation.com/de-la-difficile-equation-entre-science-et-politique-138272
Invité- Invité
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Coronavirus : l'OMS annonce la reprise des essais cliniques sur l'hydroxychloroquine
L'OMS a annoncé mercredi la reprise des essais cliniques sur l'hydroxychloroquine, neuf jours après les avoir suspendus suite à la publication d'une étude dans la prestigieuse revue médicale The Lancet.
Pabanal- Messages : 4647
Date d'inscription : 21/10/2017
Age : 67
Localisation : Juste à côté de chez moi
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Oui, l’OMS vient de redémarrer les essais. Accessoirement, l’étude à l’origine de leur suspension vient d’être rétractée: https://www.thelancet.com/lancet/article/S0140673620313246
Il faut dire que depuis quelques jours, les indices de bidonnage s’accumulaient comme le courrier en retard sur le bureau de Gaston Lagaffe.
http://freerangestats.info/blog/2020/05/30/implausible-health-data-firm
https://www.the-scientist.com/news-opinion/concerns-build-about-surgisphere-corporations-dataset-67605
Il s’avère donc que mes réserves émises dès le 24 mai étaient pleinement justifiées.
La suite au prochain épisode...
Il faut dire que depuis quelques jours, les indices de bidonnage s’accumulaient comme le courrier en retard sur le bureau de Gaston Lagaffe.
http://freerangestats.info/blog/2020/05/30/implausible-health-data-firm
https://www.the-scientist.com/news-opinion/concerns-build-about-surgisphere-corporations-dataset-67605
Il s’avère donc que mes réserves émises dès le 24 mai étaient pleinement justifiées.
La suite au prochain épisode...
Palika- Messages : 196
Date d'inscription : 06/10/2019
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
La suite au prochain épisode...
C'est un peu ça aussi le souci : la mise en spectacle de la science.
Pabanal- Messages : 4647
Date d'inscription : 21/10/2017
Age : 67
Localisation : Juste à côté de chez moi
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Après, faut quand même dire que l'arrêt des essais clinique suite au papier c'était quand même....douteux? C'est faire dire au papier ce qu'il ne disait pas, et lui donner valeur de consensus, ce qu'il n'avait pas non plus...
Mais bon, j'en reviens à mon point de départ : si ce traitement était resté comme tout les autres dans la sphère des débats d'experts, plutôt que de devenir un débat public avec un gourou, on pourrait peut-être faire de la recherche sans la politiser...
Mais bon, j'en reviens à mon point de départ : si ce traitement était resté comme tout les autres dans la sphère des débats d'experts, plutôt que de devenir un débat public avec un gourou, on pourrait peut-être faire de la recherche sans la politiser...
404- Messages : 1194
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
L'esprit supporter ça marcherait mal avec la science ?
Pabanal- Messages : 4647
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
404 a écrit:Après, faut quand même dire que l'arrêt des essais clinique suite au papier c'était quand même....douteux? C'est faire dire au papier ce qu'il ne disait pas, et lui donner valeur de consensus, ce qu'il n'avait pas non plus..
Les essais cliniques n'ont pas été arrêtés, ils ont été SUSPENDUS. Le temps d'évaluer la situation et d'y voir plus clair.
Vous auriez préféré quoi ? Que les essais soient poursuivis comme si de rien n'était au risque de mettre en péril la vie des gens ? Ce n'aurait pas été une attitude responsable.
fleurblanche- Messages : 4481
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Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Je propose à tout hasard des articles de Nature de la première semaine de juin, au sujet de l'évolution du monde de la recherche dans le monde post-pandémie.
Science after the pandemic
A Nature series charts how research will change.
Le premier est à cette adresse :
https://www.nature.com/articles/d41586-020-01518-y
Universities will never be the same after the coronavirus crisis
How virtual classrooms and dire finances could alter academia: part 1 in a series on science after the pandemic.
Alexandra Witze
(Cet article est très "américain", donc à relativiser pour les uni. européennes.)
Chaque article est accessible depuis chacun, et les titres en sont :
Universities will never be the same after the coronavirus crisis
Sputnik moment or budget breaker: How will the pandemic alter research funding?
How scientific conferences will survive the coronavirus shock
Will the pandemic permanently alter scientific publishing?
The pandemic is challenging China’s breakneck race to the top of science
Scientists’ worlds will shrink in the wake of the pandemic
The coronavirus outbreak could make it quicker and easier to trial drugs
The pandemic mixed up what scientists study – and some won’t go back
Science after the pandemic
A Nature series charts how research will change.
Le premier est à cette adresse :
https://www.nature.com/articles/d41586-020-01518-y
Universities will never be the same after the coronavirus crisis
How virtual classrooms and dire finances could alter academia: part 1 in a series on science after the pandemic.
Alexandra Witze
(Cet article est très "américain", donc à relativiser pour les uni. européennes.)
Chaque article est accessible depuis chacun, et les titres en sont :
Universities will never be the same after the coronavirus crisis
Sputnik moment or budget breaker: How will the pandemic alter research funding?
How scientific conferences will survive the coronavirus shock
Will the pandemic permanently alter scientific publishing?
The pandemic is challenging China’s breakneck race to the top of science
Scientists’ worlds will shrink in the wake of the pandemic
The coronavirus outbreak could make it quicker and easier to trial drugs
The pandemic mixed up what scientists study – and some won’t go back
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Un article de revue des moyens d'étudier de manière expérimentale des détails de pathophysiologie et traitements ailleurs que chez l'humain.
Ça donne une idée des supports de recherche quand celle-ci s'éloigne du lit du malade. Comme un virus est inerte s'il n'a pas une cellule hôte pour en détourner la machinerie et s'y faire répliquer, ce n'est pas une option de juste mettre les virus en culture "hors contexte", au contraire des bactéries en boîte de Petri par exemple.
K. Takayama
In vitro and Animal Models for SARS-CoV-2 research
Trends in Pharmacological Sciences (2020)
https://doi.org/10.1016/ j.tips.2020.05.005
This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the addition of a cover page and metadata, and formatting for readability, but it is not yet the definitive version of record.
Ça donne une idée des supports de recherche quand celle-ci s'éloigne du lit du malade. Comme un virus est inerte s'il n'a pas une cellule hôte pour en détourner la machinerie et s'y faire répliquer, ce n'est pas une option de juste mettre les virus en culture "hors contexte", au contraire des bactéries en boîte de Petri par exemple.
K. Takayama
In vitro and Animal Models for SARS-CoV-2 research
Trends in Pharmacological Sciences (2020)
https://doi.org/10.1016/ j.tips.2020.05.005
This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the addition of a cover page and metadata, and formatting for readability, but it is not yet the definitive version of record.
- Le gros de l'article traduit :
- Modèles in vitro et animaux pour la recherche sur le SRAS-CoV-2
Lignées cellulaires et organoïdes pour la recherche sur le SRAS-CoV-2
Un modèle cellulaire in vitro pour la recherche sur le SRAS-CoV-2 est essentiel pour comprendre le cycle de vie du virus, pour amplifier et isoler le virus pour de nouvelles recherches et pour l'évaluation préclinique des molécules thérapeutiques. Cette section présente les lignées cellulaires utilisées pour répliquer et isoler le SRAS-CoV-2, ainsi que les organoïdes qui peuvent être utilisés pour examiner les effets de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur des tissus humains spécifiques.
Lignées cellulaires
[...] Des expériences d'infection par le SRAS-CoV-2 utilisant des cellules épithéliales des voies respiratoires humaines primaires se sont avérées avoir des effets cytopathogènes 96 heures après l'infection. Cependant, les cellules épithéliales des voies aériennes humaines primaires sont coûteuses et ne prolifèrent pas indéfiniment iv. Plusieurs lignées cellulaires proliférant à l'infini, telles que Caco-2, Calu-3, HEK293T et Huh7 ont été utilisées dans des expériences d'infection à SRAS-CoV-2. Ces lignées cellulaires n'imitent pas avec précision les conditions physiologiques humaines et génèrent un faible titre de SARS-CoV-2 infectieux. Malgré cette limitation, des informations précieuses sur l'infection et la réplication du virus peuvent être tirées d'études utilisant ces lignées cellulaires.
Cependant, les cellules Vero ont donné un titre élevé de particules virales. Pour une recherche efficace sur le SRAS-CoV-2, une lignée cellulaire, comme les cellules Vero, qui peut facilement répliquer et isoler le virus est essentielle. Ces cellules ont été isolées des cellules épithéliales rénales d'un singe vert africain en 1963 et il a été démontré qu'elles ne produisent pas d'interféron (IFN) lorsqu'elles sont infectées par le virus de la maladie de Newcastle, le virus de la rubéole et d'autres virus. [...]
Pour améliorer l'efficacité de réplication et d'isolement du SARS-CoV-2 dans les cellules Vero E6, Matsuyama et al. ont utilisé des cellules Vero E6 surexprimant TMPRSS2. Ils ont rapporté que les copies d'ARN viral dans les surnageants de culture de ces cellules étaient> 100 fois plus élevées que celles des cellules Vero E6, suggérant qu'il serait possible d'isoler un virus de titre supérieur en utilisant des cellules Vero E6 surexprimant TMPRSS2.
Organoïdes
Les organoïdes sont composés de plusieurs types de cellules et modélisent les conditions physiologiques des organes humains. Parce que les organoïdes ont la capacité de s'auto-répliquer, ils sont également des modèles appropriés pour le dépistage à grande échelle dans la découverte de médicaments et la recherche sur les maladies. Outre les lésions pulmonaires causées par la pneumonie, le SRAS-CoV-2 affecte plusieurs organes comme le rein, le foie et le système cardiovasculaire.
Suzuki et al. et Han et al. ont généré des organoïdes bronchiques humains ou des organoïdes pulmonaires humains, respectivement, pour la recherche sur le SRAS-CoV-2. Ils ont montré que leurs organoïdes étaient permissifs à l'infection par le SRAS-CoV-2 et pouvaient évaluer les effets antiviraux des composés thérapeutiques candidats COVID-19, y compris le camostat. [...]
Monteil et al. ont montré que le surnageant d'organoïdes rénaux infectés par le SRAS-CoV-2 différencié des cellules souches embryonnaires humaines peut infecter efficacement les cellules Vero E6, montrant que les organoïdes rénaux produisent un virus de descendance infectieux [19].
De plus, Zhao et al. ont démontré que les organoïdes canalaires du foie humain sont propices à l'infection par le SRAS-CoV-2 et favorisent la réplication [20]. Fait intéressant, l'infection par le virus a altéré les fonctions de transport des acides biliaires des cholangiocytes. Cet effet pourrait être la raison de l'accumulation d'acide biliaire et des lésions hépatiques qui en découlent chez les patients atteints de COVID-19.
En outre, il est fait l'hypothèse que l'intestin soit un autre organe cible viral. Lamers et al. et Zhou et al. ont rapporté que les organoïdes intestinaux humains, qui ont été établis à partir de cellules souches épithéliales intestinales primaires, soutiennent la réplication du SRAS-CoV-2.
De plus, Monteil et al. ont également démontré que le SRAS-CoV-2 peut infecter directement les organoïdes des vaisseaux sanguins humains différenciés des cellules souches pluripotentes induites par l'homme. De façon constante, Varga et al. a confirmé la présence d'éléments viraux au sein des cellules endothéliales et une accumulation de cellules inflammatoires. Ensemble, les deux études suggèrent que l'infection par le SRAS-CoV-2 induit une endothéliite dans plusieurs organes en conséquence directe de l'implication du virus.
Cependant, alors que les organoïdes peuvent reproduire la pathologie du COVID-19 dans les tissus spécifiques sur lesquels ils sont modélisés, ils ne peuvent pas reproduire les symptômes systémiques associés aux réponses du corps entier à l'infection virale.
Modèles animaux pour la recherche sur le SRAS-CoV-2
La physiopathologie complexe de la maladie ne sera comprise qu'en reproduisant les interactions virus-hôte systémiques et spécifiques au tissu. Bien que les lignées cellulaires et les organoïdes soient des systèmes plus rapides pour étudier le virus et ses interactions à l'intérieur des cellules hôtes, ceux-ci ne peuvent reproduire les symptômes de COVID-19 que dans un type de cellule ou un organe spécifique, respectivement. D'un autre côté, la pathologie du COVID-19 peut être reproduite et observée de manière systémique et spécifique aux tissus dans des modèles animaux. Plusieurs animaux différents sont utilisés pour étudier la maladie et tester des composés thérapeutiques candidats.
Petits animaux
L'un des travaux qui a donné le rythme à la découverte de modèles animaux a été réalisé par Zhou et al. qui a mené des expériences d'infection par le SRAS-CoV-2 en utilisant des cellules HeLa qui exprimaient des protéines ACE2 provenant de plusieurs espèces animales de souris à l'homme.
Fait intéressant, SARS-CoV-2 pourrait utiliser toutes les protéines ACE2, à l'exception de celles de la souris ACE2. Par conséquent, Bao et al. ont utilisé des souris transgéniques exprimant l'ACE2 humain. L'équipe a découvert que ces souris, après une infection par le SRAS-CoV-2, présentaient une perte de poids, une réplication virale dans les poumons et une pneumonie interstitielle.
Dans la recherche de modèles alternatifs de petits animaux, des études d'amarrage moléculaire ont été réalisées sur la liaison entre l'ACE2 de divers mammifères et la protéine S du SRAS-CoV-2, avec la conclusion que le hamster syrien pourrait convenir. Après infection, ces hamsters présentent une respiration rapide, une perte de poids et des lésions alvéolaires avec une apoptose étendue.
Grands animaux
Bien que les petits animaux comme les souris et le hamster syrien soient avantageux d'étudier le SRAS-CoV-2 car ils se reproduisent plus rapidement, cependant, pour reproduire fidèlement la pathologie COVID-19 chez l'homme, des modèles animaux plus grands sont préférés.
Kim et al. ont rapporté une bronchiolite aiguë non létale dans les poumons d'un modèle de furet. Une autre étude a montré que le SRAS-CoV-2 peut se répliquer chez les furets et les chats, mais pas chez les porcs, les poulets et les canards. Sur la base de ces résultats, il est recommandé d'utiliser des furets et des chats lors de la sélection de grands animaux expérimentaux plutôt que de rongeurs.
Un autre modèle qui peut être utilisé pour les études COVID-19 et qui est actuellement le plus proche de l'homme en physiopathologie, est le macaque cynomolgus primate. [...]
Des macaques rhésus ont également été utilisés dans des études COVID-19 où les effets thérapeutiques du vaccin à adénovirus vectorisé, des candidats vaccins à ADN exprimant la protéine S et le traitement par remdesivir ont été confirmés.
Bien que ces modèles soient probablement les meilleurs pour reproduire les interactions virus-hôte humain, une limitation majeure est que le taux de reproduction chez les singes cynomolgus et rhésus est inférieur et plus lent. Par conséquent, cela peut être précédé d'expériences avec des souris transgéniques et des hamsters syriens.
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Au sujet des financements de la recherche sur covid-19, les coronavirus humains, etc :
R&D DATA & DASHBOARD TO SUPPORT THE COVID-19 PANDEMIC RESPONSE
https://www.the-ciru.com/resin-covid19
La page présente des données et des renvois sur un article du Lancet et un dashboard :
Le dashboard :
Coronavirus Research and Development Dashboard, describing historicial and current funding trends with continuous updates across the COVID-19 pandemic. This is part of a larger study describing US$105 billion of research investment for all infectious diseases.
Page 2 sur 8 du dashboard, boutons de navigation en bas de la page
Pas besoin de maîtriser l'anglais pour capter les graphes qui sont ici assez éloquents.
L'article :
Monitoring investments in coronavirus research and development.
Brown RJ, Head MG.
Lancet Microbe. 2020.
DOI 10.1016/S2666-5247(20)30039-2
https://doi.org/10.1016/S2666-5247(20)30039-2
R&D DATA & DASHBOARD TO SUPPORT THE COVID-19 PANDEMIC RESPONSE
https://www.the-ciru.com/resin-covid19
La page présente des données et des renvois sur un article du Lancet et un dashboard :
The Research Investments in Global Health study (RESIN) have put together an analysis of global public and philanthropic R&D investments related to coronavirus research. This covers the time period from the year 2000 – present day, and now particularly focuses on the funding for COVID-19 research. We have explored >1000 funders of health research to identify these studies. All funding amounts presented here are in US dollars.
[...]
We’ve tracked global funding for COVID-19 related research totalling $951 million. This has all been awarded in the last 6 months, and is almost double the total funding for all coronavirus research (including SARS and MERS) since year 2000.
[...]
Prior to 2020, the spend on coronavirus is approximately 0.5% of the total spend on all infectious disease research funding. For comparison purposes, $1.2b (1.1%) has been spent on Ebola-related research and $0.3b (0.3%) on Zika virus.
[...]
Le dashboard :
Coronavirus Research and Development Dashboard, describing historicial and current funding trends with continuous updates across the COVID-19 pandemic. This is part of a larger study describing US$105 billion of research investment for all infectious diseases.
Page 2 sur 8 du dashboard, boutons de navigation en bas de la page
Pas besoin de maîtriser l'anglais pour capter les graphes qui sont ici assez éloquents.
L'article :
Monitoring investments in coronavirus research and development.
Brown RJ, Head MG.
Lancet Microbe. 2020.
DOI 10.1016/S2666-5247(20)30039-2
https://doi.org/10.1016/S2666-5247(20)30039-2
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Question Topsy :
est-ce que les organoïdes peuvent être copiés comme pour les souches 2d, ou faut-il toujours les reconstruire à partir desdites souches ?
est-ce que les organoïdes peuvent être copiés comme pour les souches 2d, ou faut-il toujours les reconstruire à partir desdites souches ?
tim9.5- Messages : 451
Date d'inscription : 18/10/2014
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Sauf erreur, on part des cellules souches, en effet, mais facilement avec plusieurs synthèses en parallèle s'il suffit de contrôler le timing des signaux dans le milieu de culture (puis congélation des organoïdes en rab' pour leur utilisation ultérieure).
Cette illustration de synthèse d'organoïdes intestinaux donne l'idée :
La synthèse d'organoïde hépatobiliaire et pancréatique illustre ici la nécessité de partir de cellules souches plus en amont (intestinales):
Pour un organoïde pulmonaire, c'est apparemment nécessaire de recourir à une matrice pour obtenir le développement des structures organisées :
Tant que j'y suis, une vidéo de vulgarisation sur les organoïdes en général :
Cette illustration de synthèse d'organoïdes intestinaux donne l'idée :
La synthèse d'organoïde hépatobiliaire et pancréatique illustre ici la nécessité de partir de cellules souches plus en amont (intestinales):
Pour un organoïde pulmonaire, c'est apparemment nécessaire de recourir à une matrice pour obtenir le développement des structures organisées :
Tant que j'y suis, une vidéo de vulgarisation sur les organoïdes en général :
Topsy Turvy- Messages : 8348
Date d'inscription : 10/01/2020
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Etude menée au Brésil sur des patients hospitalisés, avec 3 groupes : hydroxychloroquine / hydroxychloroquine + azithromycine / groupe contrôle.
https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2019014?articleTools=true
"A total of 667 patients underwent randomization; 504 patients had confirmed Covid-19 and were included in the modified intention-to-treat analysis. As compared with standard care, the proportional odds of having a higher score on the seven-point ordinal scale at 15 days was not affected by either hydroxychloroquine alone (odds ratio, 1.21; 95% confidence interval [CI], 0.69 to 2.11; P = 1.00) or hydroxychloroquine plus azithromycin (odds ratio, 0.99; 95% CI, 0.57 to 1.73; P = 1.00)."
Suis-je le seul à trouver ça bizarre ? Je ne me souviens pas d’avoir déjà vu une p-value de 1.00 dans une étude de ce type, alors deux dans le même article, ça commence à faire beaucoup...
https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2019014?articleTools=true
"A total of 667 patients underwent randomization; 504 patients had confirmed Covid-19 and were included in the modified intention-to-treat analysis. As compared with standard care, the proportional odds of having a higher score on the seven-point ordinal scale at 15 days was not affected by either hydroxychloroquine alone (odds ratio, 1.21; 95% confidence interval [CI], 0.69 to 2.11; P = 1.00) or hydroxychloroquine plus azithromycin (odds ratio, 0.99; 95% CI, 0.57 to 1.73; P = 1.00)."
Suis-je le seul à trouver ça bizarre ? Je ne me souviens pas d’avoir déjà vu une p-value de 1.00 dans une étude de ce type, alors deux dans le même article, ça commence à faire beaucoup...
Palika- Messages : 196
Date d'inscription : 06/10/2019
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Palika a écrit:Etude menée au Brésil sur des patients hospitalisés, avec 3 groupes : hydroxychloroquine / hydroxychloroquine + azithromycine / groupe contrôle.
https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2019014?articleTools=true
"A total of 667 patients underwent randomization; 504 patients had confirmed Covid-19 and were included in the modified intention-to-treat analysis. As compared with standard care, the proportional odds of having a higher score on the seven-point ordinal scale at 15 days was not affected by either hydroxychloroquine alone (odds ratio, 1.21; 95% confidence interval [CI], 0.69 to 2.11; P = 1.00) or hydroxychloroquine plus azithromycin (odds ratio, 0.99; 95% CI, 0.57 to 1.73; P = 1.00)."
Suis-je le seul à trouver ça bizarre ? Je ne me souviens pas d’avoir déjà vu une p-value de 1.00 dans une étude de ce type, alors deux dans le même article, ça commence à faire beaucoup...
A mon sens, ça vient de là :
we calculated that the trial would have 80% power to detect an odds ratio of 0.5 between groups (two-by-two comparisons), at a significance level of 5% and with Bonferroni adjustment for multiple comparisons
α=5%, divided by 3 for each comparison)
L'utilisation de cette méthode de correction amène à avoir une p-value corrigée, qui peut être de 1 (ou en fait, supérieure à 1, et donc affichée à 1).
Ca a l'air confirmé plus loin dans le papier d'ailleurs :
Analyses were performed with the use of R software (R Core Team). P values for the primary outcome were adjusted with the use of Bonferroni correction.
404- Messages : 1194
Date d'inscription : 11/01/2010
Age : 39
Localisation : Aix-en-Provence
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Merci pour l'explication. La correction de Bonferroni est-elle toujours d'usage courant? Quand je faisais mes études à l'université, il y a une quinzaine d'années, notre prof de stats n'en avait pas une très bonne opinion: d'après lui, cette correction est trop puissante et donc souvent utilisée pour valider l'hypothèse nulle avec des résultats moyens-moyens...
Bon, dans l'article qui nous concerne, sa non-application n'aurait pas, je pense, changé fondamentalement les résultats: on aurait juste eu des valeurs p un peu plus réalistes...
Bon, dans l'article qui nous concerne, sa non-application n'aurait pas, je pense, changé fondamentalement les résultats: on aurait juste eu des valeurs p un peu plus réalistes...
Palika- Messages : 196
Date d'inscription : 06/10/2019
Re: CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)
Sur la recherche de mécanismes génétiques impliqués dans les formes graves de la maladie (on est bien d'accord qu'il ne faut pas s'attendre à trouver LE gène responsable).
L'article de Nature en question :
Pairo-Castineira, E., Clohisey, S., Klaric, L. et al. Genetic mechanisms of critical illness in Covid-19. Nature (2020). Published: 11 December 2020
https://doi.org/10.1038/s41586-020-03065-y
Et ceux de Science mentionnés également :
Inborn errors of type I IFN immunity in patients with life-threatening COVID-19
Zhang et al.
Science 23 Oct 2020:
Vol. 370, Issue 6515, eabd4570
https://doi.org/10.1126/science.abd4570
Autoantibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19
Bastard et al.
Science 23 Oct 2020:
Vol. 370, Issue 6515, eabd4585
https://doi.org/10.1126/science.abd4585
Traduction rapide a écrit:Covid: les gènes détiennent des indices sur les raisons pour lesquelles certaines personnes tombent gravement malades
Par Rebecca Morelle
Correspondant scientifique, BBC News
Pourquoi certaines personnes atteintes de coronavirus ne présentent aucun symptôme et d'autres deviennent extrêmement malades est l'une des plus grandes énigmes de la pandémie.
Une étude dans Nature de plus de 2200 patients en soins intensifs a identifié des gènes spécifiques qui peuvent contenir la réponse.
Ils rendent certaines personnes plus sensibles aux symptômes sévères de Covid-19.
Les résultats mettent en lumière les problèmes du système immunitaire, ce qui pourrait aider à identifier de nouveaux traitements.
Ceux-ci continueront d'être nécessaires même si des vaccins sont en cours de développement, explique le professeur Kenneth Baillie, consultant en médecine à la Royal Infirmary d'Édimbourg, qui a dirigé le projet Genomicc.
«Les vaccins devraient réduire considérablement le nombre de cas de covid, mais il est probable que les médecins continueront de traiter la maladie en soins intensifs pendant plusieurs années dans le monde, il est donc urgent de trouver de nouveaux traitements.
Cellules `` en colère ''
Les scientifiques ont examiné l'ADN des patients dans plus de 200 unités de soins intensifs dans les hôpitaux britanniques.
Ils ont scanné les gènes de chaque personne, qui contiennent les instructions pour chaque processus biologique - y compris comment combattre un virus.
Leurs génomes ont ensuite été comparés à l'ADN de personnes en bonne santé pour identifier les différences génétiques, et un certain nombre ont été trouvés - le premier dans un gène appelé TYK2.
«Cela fait partie du système qui rend vos cellules immunitaires plus en colère et plus inflammatoires», explique le professeur Baillie.
Mais si le gène est défectueux, cette réponse immunitaire peut aller en surmultipliée, exposant les patients à un risque d'inflammation pulmonaire dommageable.
Une classe de médicaments anti-inflammatoires déjà utilisés pour des conditions telles que la polyarthrite rhumatoïde cible ce mécanisme biologique, y compris un médicament appelé baricitinib.
«Cela en fait un candidat très plausible pour un nouveau traitement», a déclaré le professeur Baillie. «Mais bien sûr, nous devons faire des essais cliniques à grande échelle pour savoir si c'est vrai ou non.»
Trop peu d'interféron
Des différences génétiques ont également été trouvées dans un gène appelé DPP9, qui joue un rôle dans l'inflammation, et dans un gène appelé OAS, qui aide à empêcher le virus de se reproduire.
Des variations d'un gène appelé IFNAR2 ont également été identifiées chez les patients en soins intensifs.
IFNAR2 est lié à une puissante molécule antivirale appelée interféron, qui aide à relancer le système immunitaire dès qu'une infection est détectée.
On pense que produire trop peu d’interféron peut donner au virus un avantage précoce, lui permettant de se répliquer rapidement, conduisant à une maladie plus grave.
Deux autres études récentes publiées dans la revue Science ont également impliqué l'interféron dans des cas de Covid, à la fois par des mutations génétiques et une maladie auto-immune qui affecte sa production.
Le professeur Jean-Laurent Casanova, qui a effectué la recherche, de l'Université Rockefeller de New York, a déclaré: «[L'interféron] représentait près de 15% des cas critiques de Covid-19 enrôlés au niveau international dans notre cohorte.
L'interféron peut être administré comme traitement, mais un essai clinique de l'Organisation mondiale de la santé a conclu qu'il n'aidait pas les patients très malades. Cependant, le professeur Casanova a déclaré que le moment était important.
Il a expliqué: «J'espère que s'il était administré dans les deux, trois, quatre premiers jours de l'infection, l'interféron fonctionnerait, car il fournirait essentiellement la molécule que [le patient] ne produit pas par lui-même ou par elle-même.
'Quand les choses vont mal'
Le Dr Vanessa Sancho-Shimizu, généticienne de l'Imperial College de Londres, a déclaré que les découvertes génétiques fournissaient un aperçu sans précédent de la biologie de la maladie.
«C'est vraiment un exemple de médecine de précision, où nous pouvons réellement identifier le moment où les choses ont mal tourné chez cet individu», a-t-elle déclaré à BBC News.
«Les résultats de ces études génétiques nous aideront à identifier des voies moléculaires particulières qui pourraient être des cibles pour une intervention thérapeutique», a-t-elle déclaré.
Mais le génome recèle encore quelques mystères.
L'étude Genomicc - et plusieurs autres - a révélé un groupe de gènes sur le chromosome 3 fortement lié à des symptômes sévères. Cependant, la biologie qui sous-tend cela n'est pas encore comprise.
Davantage de patients seront désormais invités à participer à cette recherche.
Le professeur Baillie a déclaré: «Nous avons besoin de tout le monde, mais nous sommes particulièrement désireux de recruter des personnes issues de groupes ethniques minoritaires qui sont surreprésentés dans la population gravement malade».
Il a ajouté: «Il y a toujours un besoin très urgent de trouver de nouveaux traitements pour cette maladie et nous devons faire les bons choix quant aux traitements à essayer ensuite, car nous n'avons pas le temps de faire des erreurs.
https://www.bbc.com/news/health-54832563
L'article de Nature en question :
Pairo-Castineira, E., Clohisey, S., Klaric, L. et al. Genetic mechanisms of critical illness in Covid-19. Nature (2020). Published: 11 December 2020
https://doi.org/10.1038/s41586-020-03065-y
Traduction rapide du résumé a écrit:L'inflammation pulmonaire médiée par l'hôte est présente, 1 et entraîne la mortalité, 2 dans les maladies graves causées par Covid-19. Les variants génétiques de l'hôte associés à une maladie critique peuvent identifier des cibles mécanistes pour le développement thérapeutique.3 Nous rapportons ici les résultats de l'étude d'association génomique GenOMICC (Genetics Of Mortality In Critical Care) (GWAS) chez 2244 patients gravement malades de Covid-19 sur 208 Unités de soins intensifs du Royaume-Uni (USI). Nous identifions et répliquons de nouvelles associations significatives à l'échelle du génome, sur chr12q24.13 (rs10735079, p = 1,65 × 10- dans un cluster de gènes codant pour des activateurs d'enzymes de restriction antivirales (OAS1, OAS2, OAS3), sur chr19p13.2 (rs2109069, p = 2,3 × 10-12) près du gène codant pour la tyrosine kinase 2 (TYK2), sur chr19p13.3 (rs2109069, p = 3,98 × 10-12) dans le gène codant pour la dipeptidyl peptidase 9 (DPP9), et sur chr21q22.1 (rs2236757, p = 4,99 × 10- dans le gène du récepteur d'interféron IFNAR2. Nous identifions des cibles potentielles pour la réutilisation des médicaments autorisés: en utilisant la randomisation mendélienne, nous avons trouvé des preuves à l'appui d'un lien de causalité entre une faible expression d'IFNAR2 et une expression élevée de TYK2, à une maladie potentiellement mortelle; L'association à l'échelle du transcriptome dans le tissu pulmonaire a révélé qu'une forte expression du récepteur chimiotactique monocyte / macrophage CCR2 est associée à un Covid-19 sévère. Nos résultats identifient des signaux génétiques robustes liés aux principaux mécanismes de défense antiviraux de l'hôte et aux médiateurs des lésions inflammatoires des organes dans Covid-19. Les deux mécanismes peuvent se prêter à un traitement ciblé avec des médicaments existants. Des essais cliniques randomisés à grande échelle seront essentiels avant tout changement dans la pratique clinique.
Et ceux de Science mentionnés également :
Inborn errors of type I IFN immunity in patients with life-threatening COVID-19
Zhang et al.
Science 23 Oct 2020:
Vol. 370, Issue 6515, eabd4570
https://doi.org/10.1126/science.abd4570
Autoantibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19
Bastard et al.
Science 23 Oct 2020:
Vol. 370, Issue 6515, eabd4585
https://doi.org/10.1126/science.abd4585
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