CoronaPapers [Academic research] (SARS-CoV-2, covid-19, coronavirus, etc.)

Traduction d'extraits:

Nos résultats montrent la présence d'éléments viraux dans les cellules endothéliales et une accumulation de cellules inflammatoires, avec des preuves de mort de cellules endothéliales et inflammatoires. Ces résultats suggèrent que l'infection par le SRAS-CoV-2 facilite l'induction de l'endothéliite dans plusieurs organes en conséquence directe de l'atteinte virale (comme noté avec la présence de corps viraux) et de l'hôte en réponse inflammatoire. De plus, l'induction de l'apoptose et de la pyroptose pourrait jouer un rôle important dans les lésions des cellules endothéliales chez les patients atteints de COVID-19. L'endothéliite due à COVID-19 pourrait expliquer la fonction microcirculatoire altérée systémique dans différents lits vasculaires et leurs séquelles cliniques chez les patients atteints de COVID-19. Cette hypothèse fournit une justification pour les thérapies visant à stabiliser l'endothélium tout en s'attaquant à la réplication virale, en particulier avec les anti-inflammatoires anti-cytokines, les inhibiteurs de l'ECA et les statines. Cette stratégie pourrait être particulièrement pertinente pour les patients vulnérables présentant une dysfonction endothéliale préexistante, qui est associée au sexe masculin, au tabagisme, à l'hypertension, au diabète, à l'obésité et aux maladies cardiovasculaires établies, qui sont tous associés à des résultats indésirables dans COVID-19.

Traduction pas parfaite:

Palika a écrit:J’avoue qu’en lisant cet article, j’ai d’abord pensé : « bon, fin de partie pour la chloroquine et début des ennuis pour Raoult ». Toutefois, en y regardant de plus près, des motifs de réserve apparaissent. Ils sont même assez sérieux.

Our study has several limitations. The association of decreased survival with hydroxychloroquine or chloroquine treatment regimens should be interpreted cautiously. Due to the observational study design, we cannot exclude the possibility of unmeasured confounding factors, although we have reassuringly noted consistency between the primary analysis and the propensity score matched analyses. Nevertheless, a cause-and-effect relationship between drug therapy and survival should not be inferred.

Results
Of 150 patients, 148 had mild to moderate disease and two had severe disease. The mean duration from symptom onset to randomisation was 16.6 (SD 10.5; range 3-41) days. A total of 109 (73%) patients (56 standard of care; 53 standard of care plus hydroxychloroquine) had negative conversion well before 28 days, and the remaining 41 (27%) patients (19 standard of care; 22 standard of care plus hydroxychloroquine) were censored as they did not reach negative conversion of virus. The probability of negative conversion by 28 days in the standard of care plus hydroxychloroquine group was 85.4% (95% confidence interval 73.8% to 93.8%), similar to that in the standard of care group (81.3%, 71.2% to 89.6%). The difference between groups was 4.1% (95% confidence interval –10.3% to 18.5%). In the safety population, adverse events were recorded in 7/80 (9%) hydroxychloroquine non-recipients and in 21/70 (30%) hydroxychloroquine recipients. The most common adverse event in the hydroxychloroquine recipients was diarrhoea, reported in 7/70 (10%) patients. Two hydroxychloroquine recipients reported serious adverse events.

Conclusions
Administration of hydroxychloroquine did not result in a significantly higher probability of negative conversion than standard of care alone in patients admitted to hospital with mainly persistent mild to moderate covid-19. Adverse events were higher in hydroxychloroquine recipients than in non-recipients.
https://www.bmj.com/content/369/bmj.m1849

Topsy Turvy a écrit:

Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.

Faux.

siamois93 a écrit:

Topsy Turvy a écrit:

Le nombre de morts dans la région PACA est très faible par rapport aux autres régions. Idem dans des pays où ce traitement a été généralisé.

Faux.

Un étude sur 150 patients ce n'est pas énorme.

Tu sais combien ont été écartés du service du Pr Raoult ?

Traduction rapide de la fin a écrit:Malgré les limites inhérentes à la nature observationnelle de cette étude, Mehra et ses collègues devraient être félicités pour avoir fourni les résultats d'une étude bien conçue et contrôlée des effets de la chloroquine ou de l'hydroxychloroquine, avec ou sans macrolide, dans un très large échantillon de patients hospitalisés avec COVID-19. Leurs résultats indiquent une absence de bénéfice des traitements à base de 4-aminoquinoléine dans cette population et suggèrent qu'ils pourraient même être nocifs. Il est tentant d'attribuer le risque accru de décès à l'hôpital à l'incidence plus élevée observée d'arythmies ventriculaires d'origine médicamenteuse, étant donné que ces médicaments sont connus pour prolonger le QTc et provoquer des torsades de pointes. Cependant, la relation entre le décès et la tachycardie ventriculaire n'a pas été étudiée et les causes de décès (c.-à-d. Arythmiques vs non arythmiques) n'ont pas été jugées. Bien que toutes les arythmies ventriculaires n'aient pas pu être détectées, le nombre de décès dans les groupes de traitement était beaucoup plus élevé que le nombre de patients souffrant d'arythmies ventriculaires. Le risque de décès associé aux 4-aminoquinoléines seules ou associées à un macrolide était similaire, alors que l'on s'attendrait à ce que la combinaison de deux médicaments prolongeant le QTc augmente leur potentiel proarythmique. Les FC pour la mort étaient similaires chez les hommes et les femmes, tandis que les femmes ont une sensibilité plus élevée à l'allongement du QTc induit par les médicaments et un risque plus élevé de torsade de pointes induites par les médicaments que les hommes. L'étude ne suggère donc pas que le risque accru de décès avec les 4-aminoquinoléines soit dû à un mécanisme proarythmique. Une autre hypothèse pour expliquer le risque accru de décès avec les 4-aminoquinoléines est que leurs propriétés antivirales et immunomodulatrices pourraient aggraver la gravité du COVID-19 chez certains patients. Néanmoins, l'augmentation de l'incidence des arythmies ventriculaires est intrigante. La chloroquine, l'hydroxychloroquine, et l'azithromycine ont des propriétés de blocage des canaux sodiques qui pourraient contribuer à la proarythmie et à l'insuffisance cardiaque dans le contexte des lésions myocardiques et de l'hypoxie présentes dans COVID-19. Cette hypothèse reste à tester.
https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31174-0

Letter to the editor: Plenty of coronaviruses but no SARS-CoV-2
[...]
Dans notre institut de référence pour les maladies infectieuses, nous mettons en œuvre depuis fin janvier 2020 la détection par PCR de l'ARN du SARS-CoV-2 à l'aide de plusieurs systèmes, dont ceux diffusés au niveau européen. Au total, nous avons testé à ce jour (au 19 février 2020) 4 084 échantillons respiratoires par PCR et tous les tests ont été négatifs pour le SRAS-CoV-2. Ces tests ont été effectués sur les échantillons de 32 cas suspects de SRAS-CoV-2, 337 personnes rapatriées début février 2020 de Chine testées deux fois, 164 patients décédés dans les hôpitaux publics de Marseille entre 2014 et 2019 dont au moins un un échantillon respiratoire avait été envoyé à notre laboratoire, et ils comprenaient également 3214 échantillons respiratoires envoyés depuis janvier 2020 à notre laboratoire pour rechercher une étiologie virale. En contraste frappant, nous avons testé 5 080 échantillons respiratoires pour diverses infections virales respiratoires suspectées depuis le 1er janvier 2020 et identifié dans 3 380 cas des virus respiratoires. Par ordre décroissant de fréquence, ils étaient: virus grippal A (n = 794), virus grippal B (n = 588), rhinovirus (n = 567), virus respiratoire syncytial (n = 361), adénovirus (n = 226), métapneumovirus (n = 192), entérovirus (n = 171), bocavirus (n = 83), virus parainfluenza (n = 24) et parechovirus (n = . Parmi les virus diagnostiqués, il y avait également 373 coronavirus humains communs (HCoV), dont 205 HCoV-HKU1, 94 HCoV-NL63, 46 HCoV-OC43 et 28 HCoV-229E [5]. De plus, l'analyse de la mortalité associée à ces virus a pu montrer que depuis le 1er janvier 2020, un patient est décédé après avoir reçu un diagnostic de HCoV-HKU1, et des virus respiratoires ont été découverts chez 13 autres patients décédés, dont le virus de la grippe A ( 3 cas), virus respiratoire syncytial (3 cas), rhinovirus (5 cas), adénovirus (1 cas) et métapneumovirus (1 cas). Rétrospectivement, l'analyse des décès de patients ayant eu un échantillon respiratoire a montré qu'au moins neuf patients sont décédés entre 2017 et 2019 après avoir été diagnostiqué avec l'un des quatre coronavirus circulant couramment chez l'homme.

Ainsi, il est surprenant de voir que toute l'attention s'est concentrée sur un virus dont la mortalité semble finalement être du même ordre de grandeur que celle des coronavirus communs ou d'autres virus respiratoires tels que la grippe ou le virus respiratoire syncytial, alors que les quatre HCoV communs diagnostiqués passent inaperçus bien que leur incidence soit élevée. En fait, les quatre HCoV communs ne sont souvent même pas identifiés dans le diagnostic de routine dans la plupart des laboratoires, bien qu'ils soient génétiquement très différents les uns des autres et associés à une symptomatologie distincte.

Ces travaux ont été soutenus par le gouvernement français dans le cadre du programme «Investissements d'avenir» géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR), Méditerranée-Infection 10-IAHU-03.

Le journal : Eurosurveillance : Europe's journal on infectious disease surveillance, epidemiology, prevention and control
Volume 25, Issue 8, 27/Feb/2020
Devinez où bossent les auteurs...
https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000171

[...] nous soutenons que la mise en œuvre et la surveillance urgentes des capacités de diagnostic et des moyens pour le SRAS-CoV-2 en Europe sont proportionnelles à la phase de confinement et d'atténuation prévue de la réponse de santé publique mondiale et sont essentielles pour les soins aux patients locaux. La mise en œuvre des diagnostics SARS-CoV-2 ne remplace ni n'exclut la capacité de diagnostic pour d'autres virus respiratoires. De plus, on ne méconnaît pas explicitement l'importance d'autres pathogènes respiratoires saisonniers pour la santé publique et des patients. Ceci est clairement illustré par les auteurs eux-mêmes, qui indiquent qu'ils ont testé des milliers d'échantillons de patients suspectés de maladie virale respiratoire non seulement pour les pathogènes respiratoires courants mais aussi pour le SRAS-CoV-2. Le fait que Colson et al. a découvert qu'un large éventail de virus respiratoires saisonniers souligne en effet l'impact de ces agents pathogènes. En outre, cela montre clairement que le diagnostic de virus respiratoires ne peut pas être fait sur la base d'un syndrome et soutient la nécessité de disposer de diagnostics pour un panel d'agents pathogènes, y compris le SRAS-CoV-2.

La proportionnalité des mesures prises pour contrôler le SRAS-CoV-2 ne peut être correctement évaluée que lorsque les questions critiques liées au SRAS-CoV-2, y compris le taux de mortalité exact mis en évidence par les auteurs, ont été répondues. Ces réponses sont déjà largement connues pour les virus respiratoires courants saisonniers, mais jusque-là, la prudence est de mise. Quels que soient les résultats de la situation épidémiologique en évolution rapide du SRAS-CoV-2 et même dans l'hypothèse où le SRAS-CoV-2 deviendrait le cinquième coronavirus humain en circulation, le besoin de capacités et de capacités diagnostiques demeurerait.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7055035/

Topsy Turvy a écrit:
Je ne partageais plus d'articles ici, ne pensant pas que les gens regardaient.

La suite au prochain épisode...

404 a écrit:Après, faut quand même dire que l'arrêt des essais clinique suite au papier c'était quand même....douteux? C'est faire dire au papier ce qu'il ne disait pas, et lui donner valeur de consensus, ce qu'il n'avait pas non plus..

Le gros de l'article traduit :

The Research Investments in Global Health study (RESIN) have put together an analysis of global public and philanthropic R&D investments related to coronavirus research. This covers the time period from the year 2000 – present day, and now particularly focuses on the funding for COVID-19 research. We have explored >1000 funders of health research to identify these studies. All funding amounts presented here are in US dollars.
[...]
We’ve tracked global funding for COVID-19 related research totalling $951 million. This has all been awarded in the last 6 months, and is almost double the total funding for all coronavirus research (including SARS and MERS) since year 2000.
[...]
Prior to 2020, the spend on coronavirus is approximately 0.5% of the total spend on all infectious disease research funding. For comparison purposes, $1.2b (1.1%) has been spent on Ebola-related research and $0.3b (0.3%) on Zika virus.
[...]

Palika a écrit:Etude menée au Brésil sur des patients hospitalisés, avec 3 groupes : hydroxychloroquine / hydroxychloroquine + azithromycine / groupe contrôle.

https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2019014?articleTools=true

"A total of 667 patients underwent randomization; 504 patients had confirmed Covid-19 and were included in the modified intention-to-treat analysis. As compared with standard care, the proportional odds of having a higher score on the seven-point ordinal scale at 15 days was not affected by either hydroxychloroquine alone (odds ratio, 1.21; 95% confidence interval [CI], 0.69 to 2.11; P = 1.00) or hydroxychloroquine plus azithromycin (odds ratio, 0.99; 95% CI, 0.57 to 1.73; P = 1.00)."

Suis-je le seul à trouver ça bizarre ? Je ne me souviens pas d’avoir déjà vu une p-value de 1.00 dans une étude de ce type, alors deux dans le même article, ça commence à faire beaucoup...

we calculated that the trial would have 80% power to detect an odds ratio of 0.5 between groups (two-by-two comparisons), at a significance level of 5% and with Bonferroni adjustment for multiple comparisons
α=5%, divided by 3 for each comparison)

Analyses were performed with the use of R software (R Core Team). P values for the primary outcome were adjusted with the use of Bonferroni correction.

Traduction rapide a écrit:Covid: les gènes détiennent des indices sur les raisons pour lesquelles certaines personnes tombent gravement malades
Par Rebecca Morelle
Correspondant scientifique, BBC News

Pourquoi certaines personnes atteintes de coronavirus ne présentent aucun symptôme et d'autres deviennent extrêmement malades est l'une des plus grandes énigmes de la pandémie.
Une étude dans Nature de plus de 2200 patients en soins intensifs a identifié des gènes spécifiques qui peuvent contenir la réponse.
Ils rendent certaines personnes plus sensibles aux symptômes sévères de Covid-19.
Les résultats mettent en lumière les problèmes du système immunitaire, ce qui pourrait aider à identifier de nouveaux traitements.
Ceux-ci continueront d'être nécessaires même si des vaccins sont en cours de développement, explique le professeur Kenneth Baillie, consultant en médecine à la Royal Infirmary d'Édimbourg, qui a dirigé le projet Genomicc.
«Les vaccins devraient réduire considérablement le nombre de cas de covid, mais il est probable que les médecins continueront de traiter la maladie en soins intensifs pendant plusieurs années dans le monde, il est donc urgent de trouver de nouveaux traitements.
Cellules `` en colère ''
Les scientifiques ont examiné l'ADN des patients dans plus de 200 unités de soins intensifs dans les hôpitaux britanniques.
Ils ont scanné les gènes de chaque personne, qui contiennent les instructions pour chaque processus biologique - y compris comment combattre un virus.
Leurs génomes ont ensuite été comparés à l'ADN de personnes en bonne santé pour identifier les différences génétiques, et un certain nombre ont été trouvés - le premier dans un gène appelé TYK2.
«Cela fait partie du système qui rend vos cellules immunitaires plus en colère et plus inflammatoires», explique le professeur Baillie.
Mais si le gène est défectueux, cette réponse immunitaire peut aller en surmultipliée, exposant les patients à un risque d'inflammation pulmonaire dommageable.
Une classe de médicaments anti-inflammatoires déjà utilisés pour des conditions telles que la polyarthrite rhumatoïde cible ce mécanisme biologique, y compris un médicament appelé baricitinib.
«Cela en fait un candidat très plausible pour un nouveau traitement», a déclaré le professeur Baillie. «Mais bien sûr, nous devons faire des essais cliniques à grande échelle pour savoir si c'est vrai ou non.»
Trop peu d'interféron
Des différences génétiques ont également été trouvées dans un gène appelé DPP9, qui joue un rôle dans l'inflammation, et dans un gène appelé OAS, qui aide à empêcher le virus de se reproduire.
Des variations d'un gène appelé IFNAR2 ont également été identifiées chez les patients en soins intensifs.
IFNAR2 est lié à une puissante molécule antivirale appelée interféron, qui aide à relancer le système immunitaire dès qu'une infection est détectée.
On pense que produire trop peu d’interféron peut donner au virus un avantage précoce, lui permettant de se répliquer rapidement, conduisant à une maladie plus grave.
Deux autres études récentes publiées dans la revue Science ont également impliqué l'interféron dans des cas de Covid, à la fois par des mutations génétiques et une maladie auto-immune qui affecte sa production.
Le professeur Jean-Laurent Casanova, qui a effectué la recherche, de l'Université Rockefeller de New York, a déclaré: «[L'interféron] représentait près de 15% des cas critiques de Covid-19 enrôlés au niveau international dans notre cohorte.
L'interféron peut être administré comme traitement, mais un essai clinique de l'Organisation mondiale de la santé a conclu qu'il n'aidait pas les patients très malades. Cependant, le professeur Casanova a déclaré que le moment était important.
Il a expliqué: «J'espère que s'il était administré dans les deux, trois, quatre premiers jours de l'infection, l'interféron fonctionnerait, car il fournirait essentiellement la molécule que [le patient] ne produit pas par lui-même ou par elle-même.
'Quand les choses vont mal'
Le Dr Vanessa Sancho-Shimizu, généticienne de l'Imperial College de Londres, a déclaré que les découvertes génétiques fournissaient un aperçu sans précédent de la biologie de la maladie.
«C'est vraiment un exemple de médecine de précision, où nous pouvons réellement identifier le moment où les choses ont mal tourné chez cet individu», a-t-elle déclaré à BBC News.
«Les résultats de ces études génétiques nous aideront à identifier des voies moléculaires particulières qui pourraient être des cibles pour une intervention thérapeutique», a-t-elle déclaré.
Mais le génome recèle encore quelques mystères.
L'étude Genomicc - et plusieurs autres - a révélé un groupe de gènes sur le chromosome 3 fortement lié à des symptômes sévères. Cependant, la biologie qui sous-tend cela n'est pas encore comprise.
Davantage de patients seront désormais invités à participer à cette recherche.
Le professeur Baillie a déclaré: «Nous avons besoin de tout le monde, mais nous sommes particulièrement désireux de recruter des personnes issues de groupes ethniques minoritaires qui sont surreprésentés dans la population gravement malade».
Il a ajouté: «Il y a toujours un besoin très urgent de trouver de nouveaux traitements pour cette maladie et nous devons faire les bons choix quant aux traitements à essayer ensuite, car nous n'avons pas le temps de faire des erreurs.
https://www.bbc.com/news/health-54832563

Traduction rapide du résumé a écrit:L'inflammation pulmonaire médiée par l'hôte est présente, 1 et entraîne la mortalité, 2 dans les maladies graves causées par Covid-19. Les variants génétiques de l'hôte associés à une maladie critique peuvent identifier des cibles mécanistes pour le développement thérapeutique.3 Nous rapportons ici les résultats de l'étude d'association génomique GenOMICC (Genetics Of Mortality In Critical Care) (GWAS) chez 2244 patients gravement malades de Covid-19 sur 208 Unités de soins intensifs du Royaume-Uni (USI). Nous identifions et répliquons de nouvelles associations significatives à l'échelle du génome, sur chr12q24.13 (rs10735079, p = 1,65 × 10- dans un cluster de gènes codant pour des activateurs d'enzymes de restriction antivirales (OAS1, OAS2, OAS3), sur chr19p13.2 (rs2109069, p = 2,3 × 10-12) près du gène codant pour la tyrosine kinase 2 (TYK2), sur chr19p13.3 (rs2109069, p = 3,98 × 10-12) dans le gène codant pour la dipeptidyl peptidase 9 (DPP9), et sur chr21q22.1 (rs2236757, p = 4,99 × 10- dans le gène du récepteur d'interféron IFNAR2. Nous identifions des cibles potentielles pour la réutilisation des médicaments autorisés: en utilisant la randomisation mendélienne, nous avons trouvé des preuves à l'appui d'un lien de causalité entre une faible expression d'IFNAR2 et une expression élevée de TYK2, à une maladie potentiellement mortelle; L'association à l'échelle du transcriptome dans le tissu pulmonaire a révélé qu'une forte expression du récepteur chimiotactique monocyte / macrophage CCR2 est associée à un Covid-19 sévère. Nos résultats identifient des signaux génétiques robustes liés aux principaux mécanismes de défense antiviraux de l'hôte et aux médiateurs des lésions inflammatoires des organes dans Covid-19. Les deux mécanismes peuvent se prêter à un traitement ciblé avec des médicaments existants. Des essais cliniques randomisés à grande échelle seront essentiels avant tout changement dans la pratique clinique.