f(x)= .... Coronavirus Covid-19

Trad rapide a écrit:«Quelqu'un en a-t-il?»: Les pénuries d’approvisionnement en laboratoire frappent au milieu d’une pandémie mondiale
Chris Woolston

Les laboratoires scientifiques du monde entier ont du mal à trouver suffisamment de gants stériles et d'autres éléments de base à mesure que les chaînes d'approvisionnement et de fabrication s'effondrent.

Les scientifiques du monde entier s'efforcent de sécuriser les approvisionnements de base à la suite de la pandémie du COVID-19, qui a augmenté la demande de matériel de test tout en perturbant les canaux de fabrication et de distribution.

Les pénuries de gants, d'embouts en plastique pour pipettes, de tubes à centrifuger et d'autres bases de laboratoire ont entraîné un ralentissement voire un arrêt des projets, mais les chercheurs s'adaptent. «Nous avons appelé et trouvé des solutions», déclare Sebastian Rowe, étudiant au doctorat en biologie chimique à l’université Harvard de Cambridge, dans le Massachusetts.

Selon la liste des pénuries d'appareils de la Food and Drug Administration des États-Unis, les pénuries de gants, de micropipettes, de pointes de pipette et d'autres fournitures devraient durer pendant la «durée de l'urgence de santé publique COVID-19».

Les fermetures de frontières, les quarantaines et une baisse drastique des transports maritimes et aériens ont ralenti la livraison de nombreux types de fournitures et d'équipements, y compris certains qui ne sont pas directement liés au traitement ou aux tests COVID-19.
[...]
Pénurie d'animaux

Certains laboratoires signalent également des perturbations dans l'approvisionnement en animaux de laboratoire. Les sociétés pharmaceutiques américaines, en particulier, s'efforcent de trouver des singes rhésus. La pénurie, causée par l'augmentation de la demande de tests de vaccins et l'interdiction des expéditions d'animaux sauvages en provenance de Chine, a entraîné l'arrêt de certains projets de recherche et suscité des appels à maintenir une réserve d'animaux.

Nasco Education, une société de fournitures scientifiques et éducatives basée à Fort Atkinson, Wisconsin, supprime progressivement les ventes de grenouilles africaines à griffes vivantes (Xenopus), qui sont utilisées dans l'étude de la biologie du développement. La porte-parole de la société, Lori Jacoby, explique que les commandes ont chuté pendant les verrouillages, ce qui rend moins faisable économiquement de continuer à élever les grenouilles. La société n'a pas l'intention de revenir au commerce des grenouilles vivantes, mais continuera à vendre les animaux aussi longtemps que son approvisionnement actuel durera, ce qui, selon elle, pourrait durer plusieurs mois.

Rowe dit que les pénuries de produits sont un problème depuis son retour au laboratoire en juin 2020, après quelques mois de verrouillage. Le manque de fournitures a changé la façon dont le laboratoire mène les expériences. Avant de parcourir des boîtes de pointes de pipette sur un test, un chercheur peut d'abord passer une journée supplémentaire à faire un test pilote pour voir si le test est susceptible de fonctionner. «Vous devez mieux planifier vos expériences», déclare Rowe.

Victoria Forster, chercheuse sur le cancer au Hospital for Sick Children de Toronto, au Canada, a eu des problèmes en septembre lorsqu'elle n'a pas pu trouver les embouts de pipette ou les plaques en plastique appropriés pour les prochaines expériences sur les cellules souches. Comme elle l'explique, seuls certains embouts conviennent à certaines pipettes, ce qui rend difficile la recherche d'alternatives. L'attente pour les fournitures lui a fait perdre environ six semaines, dit-elle. «J'ai travaillé au Royaume-Uni et au Canada, et [avant la pandémie] je n'ai jamais eu à attendre plus de quelques jours pour des choses comme celle-ci», dit-elle. "Je n'ai pas pu commencer mon expérience tant que je ne savais pas que j'avais tout ce dont j'avais besoin."

Fournitures domestiques

Les pénuries d'approvisionnement ont également frappé les laboratoires à travers l'Afrique, déclare Evelyn Gitau, directrice du renforcement des capacités de recherche au Centre de recherche sur la population et la santé en Afrique à Nairobi. Dans certains cas, les chercheurs ont essayé de se contenter de produits alternatifs, souvent avec des résultats médiocres. «Il y a eu une prolifération d'équipements de laboratoire et de consommables de laboratoire de qualité inférieure», dit-elle. «C’est contre-productif. Si vous prévoyez de m'envoyer une pipette qui ne convient pas, vous auriez tout aussi bien pu annuler toute l’expérience que je faisais. »

L’effondrement de la chaîne d’approvisionnement scientifique des pays africains souligne le danger de dépendre de pays extérieurs au continent pour l’équipement, dit Gitau. Si le Kenya pouvait améliorer ses propres normes de fabrication, dit-elle, les chercheurs n’auraient pas à dépendre des approvisionnements en provenance des États-Unis ou d’Europe. «Si je travaille avec un virus en ce moment, je ne porterais pas de masque du Kenya», dit-elle. «Notre Bureau des normes ne fait pas le travail qu'il devrait faire, nous devons donc commencer à pousser.»

La crise d'approvisionnement pourrait être l'occasion pour les pays de repenser leur dépendance vis-à-vis des fournisseurs étrangers, dit Gitau. Elle suggère que le Kenya pourrait commencer par utiliser d'abondantes ressources locales. «Nous avons des pommes de terre qui pourrissent dans le champ et qui pourraient être utilisées pour fabriquer du papier filtre», dit-elle.

La question de la dépendance étrangère ne se limite pas à l’Afrique. La Commission du commerce international des États-Unis note que les États-Unis importent presque tous leurs gants médicaux et chirurgicaux, principalement de Malaisie. Les importations de gants aux États-Unis ont augmenté de 17% de janvier à septembre 2020 par rapport à la même période en 2019, mais ce n'était pas suffisant pour répondre à la demande. De même, les États-Unis ont dû augmenter considérablement leurs importations de pipettes en plastique filtré en 2020 parce que le seul fournisseur national, Porex à Newnan, en Géorgie, ne pouvait pas répondre à la demande.

En raison de la pénurie, les laboratoires adoptent une philosophie «réduire, réutiliser et recycler». Dans les bonnes circonstances, les tubes à centrifuger peuvent être réutilisés, dit Rowe. Un tube contenant des échantillons cellulaires peut, avec suffisamment de frottement, être rendu suffisamment propre pour contenir un tampon. Et les travailleurs de laboratoire utilisent des gants pendant plusieurs jours pour les travaux non stériles. S'ils ont besoin de passer à des gants stériles pour une expérience particulière, ils reviendront souvent à l'ancienne paire lorsqu'ils auront terminé, dit-il.

Alors que les pénuries continuent, les laboratoires coopèrent. «Les e-mails circulent constamment», déclare Forster. «Quelqu'un en a-t-il? Tout ça? Elle a réussi à obtenir des pointes de pipettes indispensables en échangeant des fournitures avec un autre chercheur à Toronto. «C'était une belle camaraderie», dit-elle.

https://doi.org/10.1038/d41586-021-00613-y

Methods: A longitudinal analysis was conducted in December 2020 examining COVID-19 incidence, death, testing, and test positivity rates from March 15 through December 15, 2020. A Bayesian negative binomial model was fit to estimate daily RRs and posterior intervals (PIs) comparing rates by gubernatorial party affiliation. The analyses adjusted for state population density, rurality, Census region, age, race, ethnicity, poverty, number of physicians, obesity, cardiovascular disease, asthma, smoking, and presidential voting in 2020.

METHODS

Study Sample

A longitudinal analysis examined COVID-19 incident cases, death rates, polymerase chain reaction testing, and test positivity from March 15 (March 24 for testing and test positivity) through December 15, 2020 for the 50 states and the District of Columbia. Based on prior studies,3,4,6,7 it was hypothesized that states with Democratic governors would have higher incidence, death, and test positivity rates early in the pandemic due to points of entry for the virus,11,12 but that the trends would reverse in later months, reflecting policy differences that break along party lines. The IRBs at the Medical University of South Carolina and Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health deemed this research exempt.

Measures

Governor party affiliation was documented for each U.S. state; for the District of Columbia, mayoral affiliation was used. Daily incident cases and deaths were obtained from the COVID Tracking Project.13 Polymerase chain reaction testing and test positivity data came from the HHS.14 Potential confounders included state population density,15 Census region,15 state percentage of residents aged ≥65 years,15 percentage of Black residents,15 percentage of Hispanic residents,15 percentage below the federal poverty line,15 percentage living in rural areas,16 percentage with obesity,17 percentage with cardiovascular disease,18 percentage with asthma, percentage smoking,9 number of physicians per 100,000 residents,16 and percentage voting Democratic (versus Republican) in the 2020 presidential election.19

Statistical Analysis

Bayesian negative binomial models were used to examine incident case, death, testing, and test positivity rates. The models included penalized cubic B-splines for the fixed and random temporal effects. Models adjusted for the above covariates. Ridging priors were assigned to the fixed and random spline coefficients.20 Posterior computation was implemented using Gibbs sampling.18,21 Model details, including prior specification, computational diagnostics, and sensitivity analyses, appear in the Appendix.
Models were stratified by governors’ affiliation, and posterior mean daily rates were graphed with their 95% posterior intervals (PIs). Adjusted RRs and 95% PIs were calculated to compare states, with RRs >1.00 indicating higher rates among Republican-led states. Analyses were conducted using R, version 3.6.

Topsy Turvy a écrit: Avec 26 états menés par des républicains et 25 par des démocrates, sur quasi une année, la question de météo, comment dire...

Palika a écrit:Il serait pourtant très intéressant de voir si la différence entre les deux groupes est une tendance globale, ou si elle est surtout due à certains sous-groupes; et dans le cas où certains états s'écarteraient nettement de la tendance de leur groupe, s'il y a une corrélation avec les mesures adoptées, etc...

Topsy Turvy a écrit: Les données brutes sont publiques : https://covidtracking.com/data.

Topsy Turvy a écrit: Et leurs analyses statistiques, tu en penses quoi ? Un peu léger, non ?

Trad rapide a écrit:Résumé
Les résultats scientifiques de la nouvelle recherche sur les coronavirus prolifèrent. Pendant cinq mois, un total de 14588 publications scientifiques sur le nCoV-2 et le COVID-19 a été généré de manière intensive (tel qu'indexé dans Scopus le 31 mai 2020). Une telle explosion de connaissances a suscité un grand intérêt pour la compréhension du paysage de la recherche de ce domaine nouvellement configuré. Cet article expose les dimensions scientométriques de la recherche sur le nouveau coronavirus (2019-nCov) en utilisant des caractéristiques quantifiables de l'ensemble de données de publication. Les résultats révèlent que le taux de croissance de la publication (1600%) est très significatif pour une réponse synergique des chercheurs pour lutter durant la phase d'expansion d'un virus à ARN. En effet, leur réponse a porté sur une moyenne de 100 articles par jour. De nombreux éditeurs ont divulgué sur serveurs de pré-impression pour rendre les publications disponibles immédiatement, activant le libre accès. Le contenu scientifique a été publié dans plus de 500 revues de 240 éditeurs universitaires. Alors que les dix premiers éditeurs occupaient près de 70% des articles, environ 25% des études étaient parrainées par 300 agences de financement. Parmi les revues notables Lancet, Nature, BMJ, JAMA, JMV et NEJM figurent en bonne place. Les résultats révèlent également que la majorité des contributions ont eu lieu dans le domaine des sciences médicales, en se concentrant sur la virologie, l'immunologie, l'épidémiologie, la pharmacologie, la santé publique, les soins intensifs et la médecine d'urgence. Cependant, les termes étroitement associés sont la transmission du virus, le contrôle des infections, asymptomatique, la quarantaine, la pneumonie, l'homme, la gravité de la maladie, les essais cliniques, la pathogenèse virale, la pandémie, le risque et la mortalité. L'étude suggère que les pôles universitaires sont principalement situés aux États-Unis, en Chine, en Italie et au Royaume-Uni. Parmi les institutions productives; Huazhong Univ (Chine), Tongji Med. College (Chine), Harvard Med. School (USA), Univ de Milan (Italie), INSERM (France), UCL (UK) sont remarquables. Les pays du G7 ont produit ensemble 50% de la production mondiale de la recherche sur la nCov-2. Il est également noté une tendance encourageante à la recherche collaborative dans de nombreux pays et disciplines, où les valeurs de CI (6,46), DC (0,79) et CC (0,59) sont très significatives. L'étude examine la diversité géographique des auteurs collaborateurs, visualisant ainsi leurs liens via des occurrences de co-auteurs. Enfin, elle a analysé l’impact des publications pour mettre en valeur les contributions les plus influentes de la nouvelle recherche sur les coronavirus.







Pal, J.K. Visualizing the knowledge outburst in global research on COVID-19. Scientometrics (2021).
https://doi.org/10.1007/s11192-021-03912-3

Confiteor a écrit:Je ne doute pas que ce soit un merdier insoutenable dans les hostos brésiliens, mais il faut peut-être chercher les raisons ailleurs que dans l'ampleur de l'épidémie.
J'ai une sympathie modérée (euphémisme) pour Bolsonaro. Néanmoins, j'imagine mal comment on pourrait confiner strictement un pays dans lequel la moitié de la population cherche au jour le jour et par tous les expédients possibles les 3 € par jour qui lui permettent de survivre.
Quitte à cracher à la gueule de ce salopard autant le faire pour de bonnes raisons, non ?

Confiteor a écrit:SOUS RÉSERVE que le décompte des morts soit fait de la même manière à peu près fiable et similaire (à +/- 10 ou 20 % près).

RonaldMcDonald a écrit:Aux USA, ma quasi-totalité des morts dus au COVID se trouvent désormais chez les non-vaccinés

SUMMARY

The current severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic has emphasized the vulnerability of human populations to novel viral pressures, despite the vast array of epidemiological and biomedical tools now available. Notably, modern human genomes contain evolutionary information tracing back tens of thousands of years, which may help identify the viruses that have impacted our ancestors—pointing to which viruses have future pandemic potential. Here, we apply evolutionary analyses to human genomic datasets to recover selection events involving tens of human genes that interact with coronaviruses, including SARS-CoV-2, that likely started more than 20,000 years ago. These adaptive events were limited to the population ancestral to East Asian populations. Multiple lines of functional evidence support an ancient viral selective pressure, and East Asia is the geographical origin of several modern coronavirus epidemics. An arms race with an ancient coronavirus, or with a different virus that happened to use similar interactions as coronaviruses with human hosts, may thus have taken place in ancestral East Asian populations. By learning more about our ancient viral foes, our study highlights the promise of evolutionary information to better predict the pandemics of the future. Importantly, adaptation to ancient viral epidemics in specific human populations does not necessarily imply any difference in genetic susceptibility between different human populations, and the current evidence points toward an overwhelming impact of socioeconomic factors in the case of coronavirus disease 2019 (COVID-19).

Lors que vous vaccinez une population alors même qu'elle est en train de subir une épidémie très intense, ce que vous faites, c'est que vous interdisez à toutes les variantes les moins offensives de subsister, et celles qui étaient plus robustes finissent par être les seules à survivre. Dans un premier temps, vous avez une baisse significative des cas, puisque la plupart des variantes (pour lesquelles les vaccins ont été développés) s'éteignent petit à petit. Néanmoins, toutes les mutations qui sont plus résistantes aux vaccins survivent et commence à se reproduire, devenant inévitablement les souches dominantes.

Il y a quelques mois, de nombreux scientifiques trouvaient cette idée totalement absurde, et les théories de Vanden Bossche et d'autres étaient totalement discréditées par un discours rassurant par défaut, qui ne voulait absolument pas voir le danger potentiel d'une telle opération de vaccination à grande ampleur en pleine pandémie.

Malheureusement, d'après des rapports internes de l'OMS dont certaines fuites ont fait un peu de bruit, on commence à constater que la variante Delta commence à muter en ce sens (anciennement appelée variante indienne), et que de nouvelles mutations, résistantes au vaccin, semblent commencer à apparaître.

Selon un groupe d'épidémiologistes de l'OMS, il se pourrait qu'à l'avenir, une "constellation de mutations" fasse perdre leur efficacité aux vaccins, et qu'une nouvelle génération de virus plus résistants commencent à se répandre dans la population.

Cela semble largement dû à la vaccination de masse, ce n'était par exemple pas du tout arrivé dans les dernières pandémies (ex. la Grippe Espagnole), dont les recherches et prélèvements ont montré une absence de variations majeures d'un bout à l'autre de la planète, suggérant qu'un seul virus, non-soumis aux processus sélectifs induits par un vaccin à grande échelle, s'était éteint naturellement après que l'immunité collective a été atteinte.

Les campagnes de vaccination de masse lancées au plus fort d'une pandémie engendreront inévitablement des variants plus infectieux qui finiront par devenir résistants aux vaccins.

Plus la population est petite et plus les campagnes de vaccination de masse sont rapides, plus les taux d'infection et de mortalité augmenteront rapidement. Compte tenu de l'évolution actuelle de la pandémie dans un certain nombre de petits pays ou d'îles, il est raisonnable de penser qu'au cours des prochains mois, voire des prochaines semaines, plusieurs autres pays connaîtront également une augmentation spectaculaire de ces taux.

Bien évidemment, rien ne prédit que ces variants plus infectieux et résistants aux vaccin seront plus dangereux que les autres, avec de la chance, la campagne de vaccination massive suffira à éteindre définitivement cette pandémie. Le problème, c'est qu'il existe plusieurs scénarios dans lesquels la campagne de vaccination massive se retourne contre nous, et il faut espérer qu'aucun de ces scénarios ne finira par se dérouler.

Ça me plairait assez que cela soit faux et non confirmé dans le cas du COVID

Sinon, on peut aussi choisir de ne pas vacciner, histoire d'être bien sûr que la réponse immunitaire sera inefficace.

• Est-ce que l'âge est + ou - de 60 ans ?
  
• Y a t'il des co-morbidités ?
  
• Y a t'il une exposition particulière au risque ?