f(x)= .... Coronavirus Covid-19

Ah, je propose par exemple cette image du second article que je viens de citer :



On voit que la mortalité UK globale est devenue excessive (au-dessus des valeurs habituelles, la ligne à "0") en avril. On voit aussi que tous les décès ne sont pas étiquetés covid-19 (en rouge, avec l'étiquette, en jaune, pour d'autres causes). Si un système de santé s'effondre, on peut mourir de n'importe quoi (appendicite, accident de circulation, cancer,...).

D'autres pays très touchés s'en sortent mieux que UK. La Suisse, par exemple, a été très touchée, avec ~30'000 cas pour ~8 millions d'habitants, alors que UK affiche environ 166'000 cas pour ~67 millions d'habitants (très arrondi). En multipliant par ~8.4 pour rendre équivalentes les populations totales, c'est comme si la Suisse avait un total de cas déclarés de ~251'000 (contre 166'000 UK). Donc plus que UK, en proportion. Mais les décès excédentaires sont bien plus hauts au Royaume-Uni qu'en Confédération suisse.

Je prends cet extrait d'euromomo (tous les âges) :



Autour de chaque nouvel-an (ou peu après chaque nouvel-an), la courbe (chacune des courbes) fait une bosse et dépasse non seulement les limites en grisé (fluctuation normale), mais aussi la ligne discontinue en rouge. Il y a une mortalité "excessive", liée à la grippe. La grippe a été presque partout stoppée cette année par les mesures liées à covid-19. A présent, selon où on se trouve, il y a ou pas une mortalité "excessive". Mais ça dépend beaucoup de la qualité des systèmes de santé (au sens large).

C'est mieux avec le bon extrait... sorry.

Concernant les divers systèmes de santé, je propose à nouveau ce que j'ai déjà mis sur le fil des questions politiques et sociales liées à la pandémies :

Des comparaisons (parmi d'autres, ce n'est pas que je vante la chose) de Deep Knowledge Group :

https://www.dkv.global/covid

On y trouve plein de comparaisons, par exemple celle-ci (que tout le monde a peut-être déjà vue, ça date du 12 en fait) :



(Les indicateurs utilisés sont listés dans un PDF.)
http://analytics.dkv.global/data/ranking-framework-and-methodology.pdf

Effectivement, ça amène son lot d'interrogations sur le système de santé anglais, son impact sur les noirs anglais, comme d'autres classes minoritaires non citées.
Quand tu te dis que le gros des publications sont anglophones, tu pouvais te dire que les anglais avaient tout de même de quoi vite progresser (peu importe leur point de départ).

Des estimations des dates de fin d'épidémie pour plusieurs pays :
https://ddi.sutd.edu.sg/when-will-covid-19-end

Que penses-tu de ces estimations siamois93? Les trouves-tu fiable?

siamois93 a écrit:Des estimations des dates de fin d'épidémie pour plusieurs pays :
https://ddi.sutd.edu.sg/when-will-covid-19-end

selon le Pr didier Raoult ça se situerait vers fin Mai pour la France

Même question du coup L'ovni tender: as-tu compris les arguments de Didier Raoult (il se base sur cette "étude" pour la date) et les trouves-tu pertinents?

impact sur les noirs anglais, comme d'autres classes minoritaires

Ah, l'impact sur les minorités ethniques...

Je reprends le cas de New York, NY State sans NY City mais avec prise en compte de l'âge.
Minorités ethniques en bas à gauche, leurs taux de décès covid-19 ajustés en bas à droite.



Pour jouer avec le tracker de New York :
https://covid19tracker.health.ny.gov/views/NYS-COVID19-Tracker/NYSDOHCOVID-19Tracker-Map
(Pour les décès, cliquer Fatality data en bas à droite)


Sur 3'300 patients UK en situation critique :
https://www.bbc.com/news/uk-52219070




Ouaip, la "couleur", c'est pas anodin.
Mais les raisons en sont complexes...

paela a écrit:Même question du coup L'ovni tender: as-tu compris les arguments de Didier Raoult (il se base sur cette "étude" pour la date) et les trouves-tu pertinents?

non pas pertinent , l'etude n'est rien d'autre qu'un modèle mathematique qui ne tient pas compte des aléas.

Ah, mais Raoult est particulièrement critique par rapport à cette limite justement. Il attribue également une certaine vraisemblance à la prédiction "fin mai" (et à l'allure des courbes en général: sans rebond) à des antécédents, notamment les épidémies de grippe saisonnière. Et ce n'est pas le seul argument qu'il donne.

Tout est dit ....

paela a écrit:Ah, mais Raoult est particulièrement critique par rapport à cette limite justement. Il attribue également une certaine vraisemblance à la prédiction "fin mai" (et à l'allure des courbes en général: sans rebond) à des antécédents, notamment les épidémies de grippe saisonnière. Et ce n'est pas le seul argument qu'il donne.

je suis curieux de revoir la tronche des courbes après déconfinement  vu le gros potentiel  de ce virus.

L'ovni tender a écrit:je suis curieux de revoir la tronche des courbes après déconfinement   vu le gros potentiel  de ce virus.

Toute la problématique est là...

Les scénarios envisagés pour CH, en fonction de divers R0.
La première bosse, c'est la vague qui se termine à présent.
La ligne horizontale en jaune, c'est la limite des capacités.

Mais avec les masques et les traitements de plus en plus efficaces on devrait s'en sortir. Ou alors cela veut dire que compter les morts ne sert pas à prévoir l'évolution de l'épidémie ?
Hydroxychloroquine Has about 90 Percent Chance of Helping COVID-19 Patients, States Association of American Physicians and Surgeons (AAPS)
https://finance.yahoo.com/news/hydroxychloroquine-90-percent-chance-helping-155637974.html

Et je continue à lire, à droite à gauche, des gens qui maintiennent que le virus est moins virulent en été. Mais j'ai moins confiance en ces gens-là qu'en mes collègues experts médicaux. Qui parlent de moins en moins du virus, d'ailleurs, tant ils prennent conscience que cette saloperie est différente de tout ce qu'ils ont connu jusque là. Au début, ils pensaient maîtriser, en plaquant leurs connaissances d'autres virus. Maintenant, ils la ferment, car ils ont bien conscience qu'ils ne savent pas grand chose, en fait.Que ce truc là sort de leurs cadres de références habituels.

En fait cette équipe a regardé le travail d'une autre personne et l'a mis sur une page web mise à jour automatiquement, sobrement intitulée "When will COVID-19 end", puis ont remarqué que des millions de gens avaient visité la page web. Ils ont ajouté par-ci par-là quelques mises en garde du style "c'est juste pour éduquer... sur un modèle qui vient de tout là-bas et dont on ne parle pas" qui contredisent toute la présentation et la mise en page.

Raoult tombe dessus et présente ça comme ça, "c'est une estimation, il faut faire attention c'est juste un modèle hein, mais...". Les autideurs retiennent "mais...", ce qui n'est pas étonnant.

@L'ovni tender: Oui bien sûr c'est une mise en garde élémentaire et qui va de pair avec l'utilisation de modèles SIR. Elle est donnée par Milan Batista, mais elle semble être passée au dessus de la tête de Raoult.
Après je ne sais pas, peut-être qu'il considère ça comme sans importance ici, qu'il mise sur "l'effet écosystème" ou qu'il prend pour acquis que la France va gérer l'après confinement plus efficacement que la Corée du Sud.

@siamois93: Avec des masques c'est sûrement mieux, mais à quel point? Que signifient les 90% d'efficacité? Pourquoi poster ce lien si tu ne t'es pas posé cette question?
Je ne dis pas qu'il faut tout mathématiser et quantifier hein. J'aimerais faire passer le message qu'une étude, un article, une vidéo demandent un effort d'interprétation pour pouvoir en tirer quoi que ce soit de fiable.

Tu n'as lu que le titre, Paela ?

Au sujet de la saisonnalité (ou plutôt probable absence de) :

https://ccdd.hsph.harvard.edu/will-covid-19-go-away-on-its-own-in-warmer-weather/

Seasonality of SARS-CoV-2: Will COVID-19 go away on its own in warmer weather?
Marc Lipsitch, DPhil
Professor of Epidemiology and Director, Center for Communicable Disease Dynamics, Harvard T.H. Chan School of Public Health

(tl;dr) Probably not. [Short answer in case "Too long; didn't read."]

[...]

Six nouveaux symptômes ont été identifiés comme pouvant laisser suspecter une infection Covid-19 :
- des frissons ;
- des tremblements répétés ;
- des douleurs musculaires ;
- des maux de tête ;
- une gorge sèche ;
- une perte de goût ou d'odorat.
https://www.futura-sciences.com/sante/breves/coronavirus-covid-19-six-nouveaux-symptomes-signes-possible-infection-2473/#xtor%3DAL-80-1%5BACTU%5D-2473%5BCovid-19-%3A-six-nouveaux-symptomes--signes-d-une-possible-infection%5D

Honnêtement, la présence de ces signes (moins la perte d'odorat), associés à la fièvre, feront poser, comme première hypothèse diagnostique en Afrique : une crise de paludisme.

Et donc, si ces signes sont confirmés, la plupart des gens en Afrique subsaharienne vont commencer par traiter ça comme on traite le paludisme : avec des produits à base de tous les antipaludéens disponibles dont la chloroquine (s'il y a encore des combinaisons thérapeutiques avec cette base), l'amodiaquine, la quinine, l'artémisinine (que ce soit la plante naturelle ou le produit pharmaceutique), etc.

Quelques pays africains (exemples : Maroc, Sénégal) ont choisi de traiter les cas de Covid-19 avec la chloroquine ou son hydroxy. Madagascar a décidé de traiter sa population avec une boisson à base de la plante produisant l'artémisinine.  Tout ceci bien avant que les 6 nouveaux symptômes faisant penser au paludisme soient annoncés … ça laisse songeur...

Je reviens sur un truc posté hier par Stegos, au sujet des CFR (taux de mortalité en fonction des cas)

Stegos a écrit: Flash Info , [29.04.20 08:00]
Les taux de mortalité des 50 pays les plus touchés par le coronavirus - Mise à jour 🦠

États-Unis : 5,7% (1.011.877 cas)
Espagne : 10,2% (232.128 cas)
Italie : 13,5% (201.505 cas)
France : 12,1% (194.992 cas)
Royaume-Uni : 13,3% (162.350 cas)
Allemagne : 3,8% (159.735 cas)
Turquie : 2,6% (114.653 cas)
Russie : 0,9% (93.558 cas)
Iran : 6,3% (92.584 cas)
Chine : 5,5% (83.938 cas)
Brésil : 6,9% (72.889 cas)
Canada : 5,8% (51.146 cas)
Belgique : 15,4% (47.334 cas)
Pays-Bas : 11,8% (38.612 cas)
Inde : 3,2% (31.360 cas)
Pérou : 2,7% (31.190 cas)
Suisse : 5,8% (29.264 cas)
Portugal : 3,8% (24.322 cas)
Équateur : 3,5% (24.258 cas)
Arabie Saoudite : 0,7% (20.077 cas)
Irlande : 5,8% (19.877 cas)
Suède : 12,0% (19.621 cas)
Israël : 1,3% (15.728 cas)
Mexique : 9,2% (15.529 cas)
Autriche : 3,7% (15.357 cas)
Singapour : 0,1% (14.951 cas)
Pakistan : 2,1% (14.612 cas)
Chili : 1,4% (14.365 cas)
Japon : 2,8% (13.614 cas)
Pologne : 4,8% (12.218 cas)
Biélorussie : 0,6% (12.208 cas)
Qatar : 0,1% (11.921 cas)
Roumanie : 5,7% (11.616 cas)
Émirats arabes unis : 0,7% (11.380 cas)
Corée du Sud : 2,2% (10.752 cas)
Indonésie : 9,1% (5.136 cas)
Ukraine : 2,8% (9.410 cas)
Danemark : 4,7% (9.049 cas)
Philippines : 6,6% (7.958 cas)
Norvège : 2,7% (7.619 cas)
Tchéquie : 3,0% (7.504 cas)
Australie : 1,3% (6.741 cas)
Serbie : 1,8% (6.630 cas)
Bangladesh : 2,3% (6.462 cas)
République dominicaine : 4,4% (6.416 cas)
Panama : 2,7% (6.021 cas)
Colombie : 4,5% (5.949 cas)
Malaisie : 1,7% (5.851 cas)
Égypte : 7,1% (5.042 cas)
Afrique du Sud : 1,8% (4.996 cas)

➫ Sur les 10 premiers pays contaminés le taux de mortalité est de : 7,3%
➫ Sur les 50 premiers pays contaminés le taux de mortalité est de : 4,8%
➫ Sur l’ensemble des cas recensés le taux de mortalité est de : 6,96%

Le site de John Hopkins propose les taux de décès en fonction de la population totale.
C'est pas "mieux", mais c'est complémentaire, et je trouve intéressant de regarder aussi.
Evidemment, c'est tout aussi faussé par le nombre de tests effectués, les décès inclus, etc.

https://coronavirus.jhu.edu/data/mortality

Deaths/100k pop. Country
17.84 US
45.27 Italy
50.98 Spain
35.37 France
32.70 United Kingdom
64.18 Belgium
7.61 Germany
7.18 Iran
2.43 Brazil
0.33 China
26.59 Netherlands
3.63 Turkey
8.05 Canada
23.13 Sweden
19.95 Switzerland
1.24 Mexico
23.88 Ireland
0.07 India
9.22 Portugal
5.10 Ecuador
0.60 Russia
2.67 Peru
0.29 Indonesia
3.40 Romania
1.57 Poland
6.43 Austria
0.50 Philippines
1.03 Algeria
7.49 Denmark
0.31 Japan
0.36 Egypt
0.15 Pakistan
2.98 Hungary
2.69 Dominican Republic
0.54 Colombia
0.48 Korea, South

Autres données proposées par John Hopkins, toujours là :
https://coronavirus.jhu.edu/data#charts

Stegos a écrit:

Tout est dit ....

AMHA, Le R2 va vite augmenter (ya un peu moins d'une semaine, il était espéré entre .7 et 1). Vue que la population a relâché son effort dans le confinement, il devrait donc avoir augmenté.
Nous ne sommes pas déconfinés encore, que je ne sais quel pourcentage des chantiers BTP a repris. Ce pourcentage est loin d'etre négligeable. Je ne jugerai pas des dangers pour ce personnel, mais quand je vois les comportements, que le covoiturage à 3 collés cul à cul, sans masques, je me dis que voilà, leur entourage au sens large est bien exposé.
Beaucoup d'entreprises ont une reprise d'activité partielle le 2 mai (merci les changements de règles du chomage partiel).

Je le vois autour de moi : le 11 mai, ceux qui ne profitaient pas des 1h de sortie journalière vont s'y mettre, d'autres vont multiplier les allers et venues au boulot pour préparer la reprise, aménager eles lieux, compter les moyens de protection, etc.
Le R2 continuera d'augmenter du 11 au 25 mai.

Vraiment, je ne comprends pas tous ces gens qui croient sincèrement "projeter" une fin d'épidémie, sur une belle courbe, sachant que la situation morale et sociale (et doc la motivation des gens) ne fait que se dégrader (expression multifactorielle de ces situations).

Pour les "nouveaux symptomes", certains étaient annoncés dès le début.
Six nouveaux symptômes ont été identifiés comme pouvant laisser suspecter une infection Covid-19 :
- des frissons ;
- des tremblements répétés ;
- des douleurs musculaires ;
- des maux de tête ;
- une gorge sèche ;
- une perte de goût ou d'odorat.
Le seul symptome qui marche quasi à tous les coups, "seul", c'est la perte de gout et/ou d'odorat.
Le reste, malheureusement, faut l'analyser avec le spectre de symptômes (et merde, on retrouve des symptomes paludéens, comme des "rhumes" ou grippaux).
Exemple, je me traine des alternances de gorge seche, douleurs musculaires depuis 1.5 mois. Mais aujourd'hui, un confiné (travailleur ou pas), il a perdu en muscles (moins de sport/sorties), et en capacités "respiratoires" au sens large (moindre activité + diminution de l'immunité au rhumes face à une moindre exposition), et les tremblements peuvent aussi, selon les moments, être une expression d'une "diminution" liée à la baisse dd'activité physique.

Pour les pays africains, j'essaie de suivre le Maghreb et les pays d'Afrique Australe (en français et anglais). Aussi bien les "vaillants personnels médicaux/paramédicaux ou autres travailleurs FPT ou initiatives citoyennes ou ONG", comme les complotistes (en gros, selon eux, la France et plusieurs pays européens produisent pas mal des produits/molécules/plantes, consommés par les africains en cette crise; )

siamois93 a écrit:Mais avec les masques et les traitements de plus en plus efficaces on devrait s'en sortir. Ou alors cela veut dire que compter les morts ne sert pas à prévoir l'évolution de l'épidémie ?
Hydroxychloroquine Has about 90 Percent Chance of Helping COVID-19 Patients, States Association of American Physicians and Surgeons (AAPS)
https://finance.yahoo.com/news/hydroxychloroquine-90-percent-chance-helping-155637974.html

90% c'est en gros ce qu'on a sans HCQ (enfin, "on", de ce que j'ai lu des études asiatiques, chinoises, françaises). Je serai tenté de dire "super la +value ", mais là, où ça mérite analyse plus fine, c'est sur la population américaine (globalement tous +gros, bien pire dans les classes populaires, et une population globalement moins bien soignée qu'en France.), car je trouve ce chiffre optimiste, surtout quand tu vois les létalités actuelles

Les américains annoncent, avant publication (donc c'est pas encore hyper officiel), qu'ils sont contents des résultats de l'étude sérieuse en ce qui concerne le remdesivir. Au même moment, les premiers résultats d'étude sérieuse chinoise sur le remdesivir annoncent, au contraire, des résultats décevants pour le remdesivir. Au sujet du traitement ritonavir/lopinavir, les premiers résultats seraient aussi décevants. Les bruits de couloir au sujet de l'HC seraient aussi, semble-t-il, décevants.

La réjouissance au sujet des traitements de plus en plus efficaces, on n'y est pas encore, selon moi. Et je ne sais pas si on trouvera quelque chose d'objectivement satisfaisant et si oui dans quel délai. C'est pas grave, hein, on fait sans, jusque-là, sans que ce soit la fin du monde non plus.

Ce serait juste beaucoup plus "pratique" (agréable, ce que vous voulez) si on pouvait reprendre la vie scolaire, professionnelle, économique, etc. sans que tout repose sur des mesures barrières difficiles à mettre en oeuvre, contraignantes,...

Un article du moment (d'hier) qui parle de l'espoir remdesivir :
Remdesivir: Drug has 'clear-cut' power to fight coronavirus
By James Gallagher
Health and science correspondent
(Oui, c'est de Gallagher, je le cite décidément souvent.)

Traduction rapide d'extraits a écrit:Il existe des preuves "claires" qu'un médicament peut aider les gens à se remettre du coronavirus, selon des responsables américains.
Le remdesivir a réduit la durée des symptômes de 15 à 11 jours lors d'essais cliniques menés dans des hôpitaux du monde entier.
Les détails complets n'ont pas été publiés, mais les experts ont déclaré que ce serait un "résultat fantastique" s'il était confirmé, mais pas une "balle magique" pour la maladie.Un médicament aurait le potentiel de sauver des vies, de réduire la pression sur les hôpitaux et de lever certaines parties du verrouillage.
Le remdesivir a été initialement développé comme traitement contre Ebola. C'est un antiviral qui agit en attaquant une enzyme dont un virus a besoin pour se répliquer à l'intérieur de nos cellules.
L'essai a été mené par l'Institut national américain des allergies et des maladies infectieuses (NIAID) et 1 063 personnes y ont participé. Certains patients ont reçu le médicament tandis que d'autres ont reçu un traitement placebo (factice).
Le Dr Anthony Fauci, qui dirige le NIAID, a déclaré: "Les données montrent que le remdesivir a un effet clair, significatif et positif en réduisant le délai de récupération."
Il a déclaré que les résultats prouvaient "qu'un médicament peut bloquer ce virus" et "ouvraient la porte au fait que nous avons maintenant la capacité de traiter" les patients.
L'impact sur les décès n'est pas aussi net. Le taux de mortalité était de 8% chez les personnes recevant du remdesivir et de 11,6% chez celles recevant un placebo, mais ce résultat n'était pas statistiquement significatif, ce qui signifie que les scientifiques ne peuvent pas dire si la différence est réelle.
[...]
Les données américaines sur le remdesivir sont sorties en même temps qu'un essai du même médicament en Chine, rapporté dans le journal médical Lancet, a montré qu'il était inefficace.
Cependant, cet essai était incomplet car le succès de l'isolement à Wuhan a signifié que les médecins étaient à court de patients.
"Ces données sont prometteuses, et étant donné que nous n'avons pas encore de traitements éprouvés pour Covid, cela pourrait bien conduire à l'approbation rapide du remdesivir pour le traitement de Covid", a déclaré le professeur Babak Javid, consultant en maladies infectieuses aux hôpitaux universitaires de Cambridge.
"Cependant, cela montre également que le remdesivir n'est pas une solution miracle dans ce contexte: le bénéfice global en termes de survie était de 30%."
D'autres médicaments étudiés pour Covid-19 comprennent ceux contre le paludisme et le VIH qui peuvent attaquer le virus ainsi que des composés qui peuvent calmer le système immunitaire.
C'est bien que les antiviraux puissent être plus efficaces dans les premiers stades, et les médicaments immunitaires plus tard dans la maladie.

zebu40 a écrit:
Bonjour,
Merci pour ces éclaircissements. Je regardais Fr5, certains médecins affirment que ça ressemble à cette maladie sans être certain que ça le soit.
Tu peux nous en dire plus sur le stress des enfants japonais par rapport aux petits français ? Je me doute que la culture guerriere des japonais face à la pure consumériste française changent la donne, mais j'ai du mal à voir à quel point ça serait si dur chez des moins de 5-6-8 ans.

Alors, la maladie de Kawasaki, (dont "on" parle en ce moment): j'ai trouvé ce lien, assez clair, sur un site Canadien ….

https://www.coeuretavc.ca/coeur/problemes-de-sante/maladie-de-kawasaki

Cette maladie ne semble pas plus grave (si diagnostiquée précocement, of course), que les autres maladies infantiles … ???
Eh oui, mais quid des autres maladies infantiles, en ce moment? Tous ces nourrissons qui ne sont pas vaccinés?

(Depuis que j'ai changé d'ordi, il y a environ 4 ans, je n'arrive plus à aller sur certains sites, surtout étrangers, que j'aimais bien … On a dû m'installer un programme bizarre … Et comme je n'y connais absolument rien, j'attends que "Fiston" soit déconfiné … Mais ça m'énerve, j'ai l'impression que mon univers virtuel s'est considérablement rétréci ….).

Topsy Turvy a écrit:Au sujet de la saisonnalité (ou plutôt probable absence de) :

https://ccdd.hsph.harvard.edu/will-covid-19-go-away-on-its-own-in-warmer-weather/

Seasonality of SARS-CoV-2: Will COVID-19 go away on its own in warmer weather?
Marc Lipsitch, DPhil
Professor of Epidemiology and Director, Center for Communicable Disease Dynamics, Harvard T.H. Chan School of Public Health

(tl;dr) Probably not. [Short answer in case "Too long; didn't read."]

[...]

Merci beaucoup Topsy Turvy ! En synthèse l'article est très conditionnel et reconnaît surtout une absence de connaissance des différents paramètres, pour sa conclusion l'auteur s'engage plus sur un avis personnel qu'autre chose.

Pour lui le point-clé qui indiquerait une absence de saisonnalité pour SARS-Cov-2 tient à ce que les nouveaux virus ne rencontrent que très peu d'opposition immunitaire dans la population, par rapport aux virus déjà établis, ce qui serait décisif dans la poursuite de la pandémie par rapport à la variation des paramètres saisonniers.

Quatre facteurs sont avancés pour expliquer une meilleure propagation des betacoronavirus en hiver ("though we don’t know the mechanism(s) responsible") :

1 : l'environnement
La quantité de vapeur d'eau dans l'air a un impact direct sur la transmission de la grippe, prouvé en laboratoire et cohérent avec les observations réelles : un air sec favorise la transmission de la grippe. Mais pas d'étude sur d'autres coronavirus que la grippe, et l'impact de ce facteur dans ces cas-là est inconnu. D'autant plus que l'air sec favorable à la grippe est vrai dans les climats tempérés, pas nécessairement dans la très forte humidité des climats tropicaux, où l'humidité semble au contraire être un facteur favorable.

"We simply don't know".

2 : les comportements sociaux
En hiver les humains passent plus de temps à l'intérieur, avec moins d'espace personnel et moins d'aération, ce qui favoriserait la transmission. Donc l'apparition des beaux jours ralentirait cela. Mais surtout, ce sont les écoles qui sont identifiées comme des facteurs de propagation avérés. Les périodes scolaires correspondent à des périodes de transmission élevées pour les virus respiratoires. La pandémie H1N1 de 2009 aux USA a fortement ralenti durant l'été pour reprendre en septembre. Mais le rôle des enfants dans la propagation de SARS-Cov-2 est inconnu. Peu d'enfants ont été infectés. Ce qui peut vouloir dire qu'ils ne sont pas facilement infectables et ne transmettent pas le virus, ou juste qu'ils n'ont pas de symptômes sévères et restent des vecteurs de transmission.

"Or something in between".  

3 : le système immunitaire de l'hôte
Il est possible que les systèmes immunitaires soient moins performants en hiver. Une hypothèse suggère l'influence du taux de mélatonine qui varie avec le photopériodisme (durée du jour par rapport à la nuit), d'autres parlent de la vitamine D qui dépend de la durée d'exposition aux ultraviolets de la lumière solaire. La vitamine D semble bien jour un rôle mais l'effet étudié serait en fait mineur.  

"This is a promising area for more study but at present its relevance seems uncertain."

4 : l'épuisement des hôtes potentiels
Les épidémies augmentent très rapidement puis décroissent par acquisition d'immunité des individus, ce qui, mis en relation avec les trois facteurs précédents accentuerait l'effet saisonnier (les épidémies commencent dans les meilleures conditions, puis c'est juste une question de temps avant l'essoufflement par manque d’hôtes, ce qui coïnciderait avec l'arrivée du printemps sans que le printemps soit véritablement en cause).

Mais

Même les épidémies saisonnières peuvent avoir lieu hors saison quand elles viennent d'apparaître, parce que contrairement à leurs cousins établis de longue date elles ont plus d'hôtes potentiels pour se répandre, elles sont entièrement inconnues des systèmes immunitaires.

Par exemple la pandémie de 2009 (H1N1) a commencé en avril-mai, hors de la "saison de la grippe", puis s'est arrêtée en été (peut-être à cause de la fermeture des écoles, mais en vérité on ne sait pas exactement pourquoi) avant de reprendre en septembre, avant le début de la "saison de la grippe".

C'est principalement cette comparaison avec H1N1 et le facteur "nouveau virus donc beaucoup moins d'immunité naturelle dans la population" qui fait dire à l'auteur que cette pandémie actuelle ne s'arrêtera pas au printemps. Pour lui le facteur saisonnier devrait faire baisser l'expansion du virus sans réussir à l'arrêter complètement. Mais en vérité il n'est sûr de rien, c'est juste une conjonction, il survalorise le facteur 4 par rapport aux trois autres, mais le rôle exact de chaque paramètre n'est pas vraiment connu.

Il invite surtout à étudier très sérieusement le cas des enfants, savoirs s'ils sont ou non des vecteurs de transmission, afin de pouvoir jouer sur le paramètre "fermeture des écoles".


Conclusion originale :

CCDD a écrit:For the novel coronavirus SARS-CoV-2, we have reason to expect that like other betacoronaviruses, it may transmit somewhat more efficiently in winter than summer, though we don’t know the mechanism(s) responsible. The size of the change is expected to be modest, and not enough to stop transmission on its own.  Based on the analogy of pandemic flu, we expect that SARS-CoV-2, as a virus new to humans, will face less immunity and thus transmit more readily even outside of the winter season. Changing seasons and school vacation may help, but are unlikely to stop transmission. Urgent for effective policy is to determine if children are important transmitters, in which case school closures may help slow transmission, or not, in which case resources would be wasted in such closures. Previously it was thought children were not easily infected with SARS-CoV-2. Recent evidence from Shenzhen suggests that children may be infected and shed detectable virus at about the same rate as adults — so now the only question is whether they transmit as readily. It seems likely the answer is yes, but no data as of this writing to my knowledge.

La question des enfants est étudiée aussi, et c'est aussi difficile d'affirmer quoi que ce soit. Je remets deux messages que j'ai proposés relativement récemment (dans les dix derniers jours) :

Topsy Turvy a écrit:Résumé d'un article britannique (pas d'un article français) :
School closure and management practices during coronavirus outbreaks including COVID-19: a rapid systematic review
Viner, Russell M et al.
The Lancet Child & Adolescent Health, Volume 4, Issue 5, 397 - 404

Traduction rapide a écrit:En réponse à la pandémie de coronavirus 2019 (COVID-19), 107 pays avaient mis en place des fermetures d'écoles nationales au 18 mars 2020. On ne sait pas si les mesures scolaires sont efficaces dans les flambées de coronavirus (par exemple, en raison d'un syndrome respiratoire aigu sévère [SRAS] , Syndrome respiratoire du Moyen-Orient ou COVID-19). Nous avons entrepris une revue systématique en recherchant dans trois bases de données électroniques pour identifier ce que l'on sait de l'efficacité des fermetures d'écoles et d'autres pratiques de distanciation sociale dans les écoles pendant les flambées de coronavirus. Nous avons inclus 16 des 616 articles identifiés. Des fermetures d'écoles ont été déployées rapidement en Chine continentale et à Hong Kong pour COVID-19. Cependant, il n'y a pas de données sur la contribution relative des fermetures d'écoles au contrôle de la transmission. Les données de l'épidémie de SRAS en Chine continentale, à Hong Kong et à Singapour suggèrent que les fermetures d'écoles n'ont pas contribué au contrôle de l'épidémie. Les études de modélisation du SRAS ont produit des résultats contradictoires. Des études récentes de modélisation de COVID-19 prédisent que les fermetures d'écoles à elles seules ne pourraient empêcher que 2 à 4% des décès, beaucoup moins que les autres interventions de distanciation sociale. Les décideurs politiques doivent être conscients des preuves équivoques lorsqu'ils envisagent de fermer des écoles pour COVID-19, et que des combinaisons de mesures de distanciation sociale doivent être envisagées. D'autres interventions de distanciation sociale moins perturbatrices dans les écoles nécessitent un examen plus approfondi si des politiques restrictives de distanciation sociale sont mises en œuvre pendant de longues périodes.
https://doi.org/10.1016/S2352-4642(20)30095-X

https://www.zebrascrossing.net/t39746p750-questions-politiques-sociales-en-rapport-avec-la-pandemie-derives-acceptees#1705430

Topsy Turvy a écrit:Un extrait d'un article :
APA Zimmermann, Petra MD, PhD; Curtis, Nigel FRCPCH, PhD
Coronavirus Infections in Children Including COVID-19
The Pediatric Infectious Disease Journal
May 2020 - Volume 39 - Issue 5 - p 355-368
https://journals.lww.com/pidj/Fulltext/2020/05000/Coronavirus_Infections_in_Children_Including.1.aspx

Les preuves préliminaires suggèrent que les enfants sont tout aussi susceptibles que les adultes d'être infectés par le SRAS-CoV-2, mais sont moins susceptibles d'être symptomatiques ou de développer des symptômes graves. Cependant, l'importance des enfants dans la transmission du virus reste incertaine. Les enfants présentent plus souvent des symptômes gastro-intestinaux que les adultes. La plupart des enfants atteints du SRAS-CoV-1 présentent de la fièvre, mais ce n'est pas le cas pour les autres nouveaux CoV [MERS et CoV-2]. De nombreux enfants atteints de MERS-CoV sont asymptomatiques. La majorité des enfants infectés par de nouveaux CoV ont des contacts familiaux documentés, montrant souvent des symptômes avant eux.

C'est comme si c'était plutôt les adultes qui refilaient le truc aux petits...
Mais à suivre.
https://www.zebrascrossing.net/t39906p50-fx-coronavirus-covid-19#1701962

Au sujet des saisons, j'avais aussi écrit ça, un jour :

Topsy Turvy a écrit:J'en ai parlé un peu plus haut.

Topsy Turvy a écrit:Un extrait d'article au sujet de la saisonnalité ou absence de saisonnalité :

Will heat kill the coronavirus?
[...] s'il est plus contagieux dans des conditions plus fraîches, il y a de plus grandes chances qu'il se propage plus rapidement dans l'hémisphère sud à mesure que les conditions s'y refroidissent dans les prochains mois. David Heymann de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, qui a dirigé la réponse mondiale à l'épidémie de coronavirus du SRAS en 2003, souligne que le coronavirus MERS s'est propagé en Arabie saoudite en août, quand il fait très chaud. «Ces virus peuvent certainement se propager pendant les saisons de températures élevées», dit-il.

On pense qu'une des raisons pour lesquelles la grippe se propage moins facilement en été est que les gens passent moins de temps ensemble dans des espaces confinés. En particulier, cela pourrait être lié aux fermetures d'écoles, explique John Edmunds, également à la London School of Hygiene and Tropical Medicine.

Cependant, les enfants ont tendance à propager la grippe parce qu'ils y sont moins immunisés que les adultes, qui ont été exposés à de nombreuses souches. Ce n'est pas le cas pour le nouveau coronavirus: moins de cas ont été signalés chez les jeunes, bien que ce soit simplement parce qu'ils sont moins susceptibles de tomber gravement malades.

L'Organisation mondiale de la santé affirme que nous ne savons pas encore comment la chaleur et l'humidité affectent le virus. «Il n'y a actuellement aucune donnée disponible sur la stabilité du nCoV 2019 sur les surfaces», indique-t-il dans ses conseils sur la prévention des infections.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0262407920303778?via%3Dihub

Pour l'instant, on ne sait pas.
Les coronavirus humains peuvent ne pas présenter de saisonnalité, voire se présenter à la belle saison :
Human Coronavirus Infections in Israel: Epidemiology, Clinical Symptoms and Summer Seasonality of HCoV-HKU1
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30241410/?from_term=seasonality+mers&from_pos=3
[...]
https://www.zebrascrossing.net/t39906p50-fx-coronavirus-covid-19?highlight=saison#1702569

Un des pays à surveiller, c'est le Danemark, qui a allégé le confinement au début du mois, y compris avec le retour des primaires à l'école.
So far, so good. Cool...

16:20
Le virus n'accélère pas au Danemark alors que le verrouillage est allégé

Les écoles danoises pour les enfants jusqu'à 11 ans ont été autorisées à rouvrir plus tôt dans ce mois.

La propagation du coronavirus au Danemark ne s'est pas accélérée depuis que les mesures de verrouillage ont commencé à être assouplies au début du mois.

Le taux dit de R0, qui indique le nombre moyen d'infections qu'une personne infectée par le virus provoque, a légèrement augmenté depuis la mi-avril mais reste inférieur à 1,0, selon le State Serum Institute, qui est responsable de la préparation contre les maladies infectieuses.

"Cependant, rien n'indique que l'épidémie de Covid-19 s'accélère", a-t-il ajouté.

Pendant ce temps, l'Allemagne a commencé à assouplir les restrictions au début de la semaine dernière. Il cherche également à atteindre un taux R0 inférieur à un.

Début mars, le taux allemand était de trois, mais à la mi-avril, il était inférieur à un. Lundi soir, ce taux est passé brièvement à un avant de retomber, et le chiffre actuel est de 0,76

Pour l'évolutions des situations, John Hopkins me paraît de plus en plus limité.
Quelques comparaisons d'évolution des cas par jour par John Hopkins et par le pays en question.

On observe que les 140 nouveaux cas enregistrés hier en Suisse correspondent en fait essentiellement à des cas rapportés de la veille et de l'avant-veille. Quid des nouveaux cas par jour rapportés ailleurs ? Surtout que les valeurs pour la France ont parfois pu paraître fantaisistes sur JH.

Suisse par JH :


Suisse par Suisse :


Belgique par JH :


Belgique par Belgique :


France par JH :


Quid de France par France ?

Je ne sais pas c'est le bon fil pour poster. Topsy, je peux effacer si tu le juges opportun.

Ce n'est pas en rapport avec le Covid en soi, mais c'est bref et plein d'infos :
https://www.franceculture.fr/emissions/la-question-du-jour/application-stopcovid-quels-obstacles-a-sa-mise-en-marche

Une interview de Jean-Marc Manach, journaliste d’investigation à NextInpact.com, un média qui qui traite principalement des enjeux de l'informatique et des nouvelles technologies.
Il fait un point sur le choix du développement d'une appli gouvernementale spécifique plutôt que d'utiliser celles développées par Google-Apple. J'ai une confiance limitée en son absence de biais (cognitifs ou ... autres) néanmoins, il livre des infos techniques qui peuvent être utiles.
Il évoque aussi la nécessité de moyens humains complémentaires mais indispensables afin de remonter les chaines de contamination.

Merci ! Perso, c'est ce que j'appelle scientifique. Et plus c'est varié, ici, mieux c'est, selon moi. Mais, mon avis, on s'en fout un peu, sinon. Tu peux sûrement le proposer aussi en parallèle sur le fil des questions politiques et sociales. Je crois que ça touche d'autres membres, qui pourraient être intéressés. Ils en sont par là : https://www.zebrascrossing.net/t39746p850-questions-politiques-sociales-en-rapport-avec-la-pandemie-derives-acceptees#1705942

Je profite du message sur le contact-tracing de Confiteor pour évoquer ici un article mis en ligne fin mars.

Policy decisions and use of information technology to fight 2019 novel coronavirus disease, Taiwan.
Lin C, Braund WE, Auerbach J, Chou J-H, Teng J-H, Tu P, et al.
Emerg Infect Dis. 2020 Jul [Original Publication Date: 3/31/2020].
https://doi.org/10.3201/eid2607.200574

Il s'agit d'un article sur les stratégies mises en place par Taïwan.
Taïwan, c'est probablement le meilleur élève de la classe Monde.
Plutôt que de guérir le problème, ils ont tout fait pour le prévenir.

Traduction rapide d'un extrait du résumé a écrit:[...] Taïwan a effectivement retardé et limité la transmission communautaire en tirant parti de l'expérience de l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère de 2003, de la sensibilisation du public, d'un solide réseau de santé publique, du soutien des industries de la santé, des collaborations interdépartementales et des capacités avancées en matière de technologie de l'information. [...]

Pour un aperçu du contenu de l'article, un extrait au sujet des données croisées par le service de la santé (NHI) :

Traduction rapide a écrit:[...] Le CECC de Taïwan [Central Epidemic Command Center équivalent d'un Emergency Operations Center US] s'est associé avec les services civils et d'application de la loi pour la surveillance de la quarantaine, comme décrit. En outre, le CECC a demandé à l'INSA d'intégrer l'historique récent des voyages en Chine à partir de la base de données des douanes et de l'immigration pour compléter les dossiers de santé centralisés dans le cloud de l'INSA. Après l'intégration des données des douanes et de l'immigration, le système NHI a signalé les enregistrements afin que les prestataires médicaux soient au courant des antécédents de voyage des patients lorsqu'ils ont pris rendez-vous ou sont entrés. Plus tard, tous les contacts de cas confirmés et suspectés signalés au CDC de Taiwan ont également été ajoutés au Base de données NHI.

Étant donné que tous les prestataires sont tenus de soumettre des réclamations à la plate-forme à payeur unique dans les 24 heures, la base de données complète de NHI dispose d'informations en temps quasi réel qui permettent aux cliniciens et au CDC de Taïwan de suivre ou de retracer toutes les visites chez le médecin. Les dossiers des patients de l'INSA comprenaient les antécédents médicaux complets, les problèmes de santé sous-jacents et la progression récente des symptômes, des traitements et des hospitalisations liées au syndrome respiratoire. Ces données ont permis d'identifier les patients à haut risque et les personnes susceptibles d'avoir été en contact avec des cas infectés. En outre, la base de données NHI a donné à Taiwan CDC la capacité d'identifier rapidement de nouveaux modèles de symptômes ou de cas groupés et la source ou le chemin de l'infection. La politique de haute sécurité et de confidentialité du système informatique de l'INSA autorisait le partage de données uniquement à des fins de lutte contre l'épidémie et se limitait à la transmission unidirectionnelle d'informations spécifiques d'autres départements vers la base de données de l'INSA. Aucun dossier médical ou autre information personnelle n'était accessible à quiconque en dehors du système de santé. [...]

Topsy, voici ce que j'ai avec les données françaises (moyenne sur 4 jours glissants) :


En UK, ça ne baisse pas, ça ne laisse pas augurer de bonnes choses pour l'avenir.


Par contre, hier avec les données française de santé publique france, on a eu MOINS de cas confirmés que la veille .

Merci fift !

Là, Johns Hopkins arrive à faire cet exploit pour les totaux mondiaux :

En douce, Johns Hopkins est en train de pipoter les données.
Dans une année, on nous dira : L'épidémie ? Quelle épidémie ?
:rigole:




Vous vous souvenez, le départ hors de Chine (ci-dessous courbe en jaune) ?




A l'époque, l'épidémie en Chine pouvait apparaître assez importante.
On n'en voit plus qu'un vague décollement de la courbe vers mi-février.
Tout est relatif, hein.

Rien du tout de scientifique mais je me disais que toutes ces courbes, ce sont les courbes de la vie finalement : ça monte très vite, on atteint un pic, puis ça descend tout doucement...

Je mets ça là un peu à tout hasard.

Pour enfants, autour du confinement,
trois livres gratuits à lire et à écouter.
Disponibles en trois langues (F, E, D).
https://www.editcm.com/oscar-zoe-fr#

Des livres numériques pour aborder le confinement avec des enfants

Le Centre LEARN de l’EPFL a publié une trilogie d’histoires qui racontent le confinement, en collaboration avec une société de consulting spécialisée en éducation et un psychiatre. Destinées aux familles et enseignants, ces récits abordent les thématiques de l’éducation numérique comme les fake news, le temps passé devant des écrans ou la communication à distance. Les livres sont disponibles gratuitement et en trois langues sur internet.

Apparemment, quelque chose m'échappe.
J'ai fait le choix de ne pas suivre les courbes de cas confirmés, partant du principe que ces chiffres dépendaient d'une multitude de facteurs (disponibilité des tests, fiabilité des tests, politiques de dépistage, je dois en zapper pas mal à chaud mais la coupe est déjà pleine) qui leur ôtaient toute valeur intrinsèque et comparative.
J'ai suivi les courbes de décès, non par curiosité morbide (quoique ?), mais parce que j'ai pensé que ces chiffres étaient plus fiables, moins suspects de falsification ou plus simplement d'erreurs par ignorance de la situation réelle. Bon, j'avais quelques (!) illusions au vu des révélations successives de mécomptes en Ehpad puis à domicile, et il est à peu près acquis que certains pays trafiquent allègrement ce décompte aussi, mais il me semblait que malgré ces faiblesses, le nombre de décès restait un bien meilleur indicateur, aussi imparfait soit-il, de l'évolution de la pandémie dans le monde (avec un décalage de trois semaines environ pour le nombre de contaminations quotidiennes, un peu comme quand on regarde l'univers en astronomie).
Ceci en absence de découverte de traitement qui modifierait la mortalité du virus, en partant du principe aussi que les pays que l'on compare ont des systèmes de santé permettant de prendre en charge la (quasi-)totalité des formes graves avec des moyens similaires (soins intensifs, réa) et ne voient pas exploser leur système de santé, qu'ils ont des pyramides des âges semblables, etc.
Y a-t-il des raisons de penser aujourd'hui que le nombre de cas avérés officiels est un indicateur fiable de l'évolution de la pandémie à l'intérieur d'un pays, et a fortiori que cela permettrait de comparer des pays entre eux ? Personnellement, la courbe des cas mondiaux cumulés m'évoque davantage une montée en capacité de tests mondiale (phénomène a priori linéaire) que la progression de la pandémie (phénomène exponentiel, bien que dans ce cas précis il faudrait considérer la somme de courbes exponentielles démarrant à des instants différents).

Vu le tas de variables, je ne m'intéresse pas trop aux chiffres mondiaux.

De nouvelles études s'inquiètent sur le virus "caché" profondément dans les poumons des patients guéris (jusque 70 jours après être déclaré guéris).

J'avais lu ailleurs que le lavage des bronches donnait les tests les plus fiables, mais que bien sûr, au vu des couts (financiers), de la fatigue sur le patient (acte à faire en intubant un patient qui a déjà subi plusieurs jours de respirateurs). Mais là, je me dis, limite faudrait trouver, à terme, un moyen de laver / désinfecter les poumons des sortants

l'article détaillé ici https://www.scmp.com/news/china/society/article/3082200/coronavirus-may-lurk-deep-lungs-after-patients-recover-study

Yop> Le meilleur indicateur, pour peu qu'on reste dans des pays comparables (essentiellement occidentaux et extrême-orientaux), reste le nombre de décès hospitaliers. A priori, tout décès dû au Covid-19 dans un hôpital est décompté (ce qui n'est pas le cas des décès dans les maisons de retraite, uniquement UK, France et Belgique - et a fortiori des décès à domicile, uniquement en Belgique à ma connaissance). Ca permet de faire une comparaison internationale, à mon sens.

Et si on veut éliminer un biais de comptage, on peut également s'intéresser non pas au total des décès, mais à l'évolution du nombre de décès journaliers (ça augmente, ça diminue, ça double en x jours, etc).

Je vais essayer de re-publier les courbes que je faisais ainsi.

Sinon, le meilleur indicateur reste celui mentionné plusieurs fois par Topsy, à savoir l'écart de mortalité par rapport à la normale (écart synthétisé en Europe par EuroMomo).


Petite anecdote encourageante : mercredi, ma fille a fait une crise d'appendicite. Donc direction le généraliste puis l'hôpital Necker à Paris. Secteur pédiatrique TRES au ralenti. Une infirmière m'indique qu'effectivement, ils sont en sous-activité (rien de surprenant) et que 11 collègues ont été transférés en réa adultes. La bonne nouvelle, c'est que justement en réa adulte ils voient clairement une baisse des entrées, et que les 11 collègues devraient revenir en pédiatrie la semaine prochaine.

Je vous encourage à écouter la très longue interview de Raoult.
1 : Je reste encore ému que de l’intelligence ait été exposée au peuple par BFM (*).
2 : J’avais un a priori plutôt défavorable sur ce mec, je l’ai révisé profondément. Il est loin d’être le dingue ou le tocard vendu par les médias. Une personne singulière ? Ben oui, plutôt … mais attachante par beaucoup d’aspects. Quant à ses travaux et conclusions scientifiques, je manque d’éléments matériels et de compétences pour en juger.
3 : Amusant, il n’est « pas si loin » de dire que le Plaquémil est un placébo donnant au mini 30 % d’effets positifs, ce qui, en l’absence de traitement, n’est pas négligeable.
4 : Le dentiste va avoir beaucoup de travail pour remettre en ordre les gencives d’Apolline de Malherbe, c’est mesquin mais drôle.

https://www.bfmtv.com/mediaplayer/video/didier-raoult-parle-sur-bfmtv-revoir-l-entretien-en-integralite-1243716.html

(*) Rassurez-vous l’interview a été précédée d’un « documentaire » qui le traîne dans la boue (en mode "Polanski violeur" ce qui n'est pas faux non plus). Histoire d’être certain d’induire l’incontournable « Le bouffon, en plus c’est un intello, on n’y comprend rien à ski dit » et/ou « On ne peut pas disjoindre la personne et l’oeuvre ».


J'ose insister un peu, vous risquez de rater une parole de haute tenue intellectuelle et émotive. Ça ne parle pas seulement du Covid et largement pas. Ce mec a un recul et une distance avec le réel que j'ai admirée. Peut-être y ai-je été plus sensible car nous partageons un passé de vieux blanc qui a été africain.

Merci fifth pour ta réponse.
L'écart de mortalité tel qu'il est présenté sur euromomo ne me semble pas très exploitable pour calculer une létalité par exemple, du coup je ne le suivais pas attentivement.
Par ailleurs le confinement a fait baisser le nombre de décès dus à la grippe saisonnière, aux accidents de la route, etc, donc l'écart de mortalité n'est pas totalement représentatif de l'évolution de l'épidémie non plus, d'ailleurs certains pays ont vu leur z-score diminuer.
Quoi qu'il en soit plus on a d'angles d'approches sur la situation, mieux on peut la comprendre.
Bon courage pour tes soucis familiaux !

Voici les graphes pour aujourd'hui (moyenne sur les 4 derniers jours pour lisser les variabilités journalières) :


Pas de données pour l'Espagne aujourd'hui, je ne sais pas pourquoi (peut-être pas encore mis à jour). Je suis surpris d'ailleurs que le niveau de nouvelles contaminations reste aussi haut. Pour la France et l'Italie, ça a clairement baissé.
Pour les anglais, malheureusement, pas de changement.



Par contre, pour les décès, le niveau de contamination espagnol ne semble pas avoir d'impact ?
(les pics anglais des 2 derniers jours sont artificiels et liés à l'inclusion des maisons de retraite).

Un autre indicateur que je trouve pertinent : la courbe de nouveaux cas en fonction du total de cas (j'en parlais ici).
Suivant l'allure de cette courbe, on peut estimer comment s'en sort un pays, et estimer si l'épidémie est en phase d'accélération (la courbe monte), stabilisation (elle devient horizontale), ralentissement (elle commence à redescendre), ou quasi terminée (elle s'effondre clairement de façon quasi verticale).
La plupart des pays passent par ces phases dans cet ordre, d'autres oscillent entre de l'une à l'autre au gré de l'apparition/disparition de nouveaux foyers, de l'efficacité des mesures mises en place, etc.

Je pense que cette approche permet de diminuer un peu le problème de la capacité de test dans l'analyse des données.
En effet, à la louche, à un instant donné, le nombre de tests positifs augmente linéairement avec le nombre de test effectués. Ce n'est pas vrai partout et tout le temps, mais comme les capacités de test augmentent globalement linéairement face à une augmentation exponentielle de cas, l'effet est raisonnablement amorti sur la courbe dont je parle, puisqu'il affecte les deux axes en même temps (ce n'est pas le cas lorsqu'on trace le nombre de cas en fonction du temps).  

Après, les tendances sont globalement les mêmes avec la courbes de nouveaux décès en fonction du total de décès, juste avec un décalage temporel, du fait du temps entre le moment où un cas est confirmé et le décès (s'il a lieu).

Sur la base de ces courbes (pour les pays ayant plus de 1000 cas confirmés), j'ai essayé de grouper les pays dans les différentes "phases" :
- Accélération : Afghanistan, Afrique du Sud, Arabie Saoudite, Arménie, Bangladesh, Biélorussie, Bolivie, Brésil, Colombie, Equateur, Egypte, Guinée, Inde, Indonésie, Kazakhstan, Kuweit, Mexique, Maroc, Nigeria, Pakistan, Pérou, Qatar, République Dominicaine, Russie, Suède, Ukraine
- Stabilisation : Argentine, Algérie, Belgique, Bosnie-Herzégovine, Canada, Chili, Danemark, Etats-Unis, Finlande, Hongrie, Moldavie, Oman, Panama, Pays-Bas, Philippines, Pologne, Portugal, Roumanie, Royaume-Uni, Singapour, Turquie
- Ralentissement : Allemagne, Azerbaïdjan, Croatie, Djibouti, Espagne, Estonie, France, Grèce, Iran, Ireland, Israël, Italie, Japon, Malaisie, Norvège, Ouzbékistan, Serbie, Slovénie, Espagne, République Tchèque, Suisse, Thaïlande
- Quasi finie ? : Australie, Autriche, Chine (continentale), Corée du Sud, Hong Kong, Islande, Luxembourg, Lituanie, Nouvelle Zélande, Slovaquie

(j'ai mis les Etats-Unis à chaque fois dessus pour faciliter la comparaison, et je n'ai pas mis tous les pays listés pour garder une visibilité raisonnable)

Yop a écrit:Quoi qu'il en soit plus on a d'angles d'approches sur la situation, mieux on peut la comprendre.

Aucun indicateur n'est parfait. Ils reposent tous sur des hypothèses plus ou moins attaquables et on ne pourra les démêler et les corriger qu'à postériori bien après la fin de la pandémie (et encore).
Je suis d'accord avec toi Yop, je dirais qu'à l'heure actuelle, on ne peut que croiser des indicateurs basés sur des données et/ou hypothèses différentes.
S'ils racontent tous la même chose, on peut raisonnablement y croire. Dans le cas contraire...

fift a écrit:
Sinon, le meilleur indicateur reste celui mentionné plusieurs fois par Topsy, à savoir l'écart de mortalité par rapport à la normale (écart synthétisé en Europe par EuroMomo).

L'écart de mortalité ne peut pas être du seul fait de Covid-19. Car dans le même temps, il y a tous ces gens qui sont morts de pathologies pour lesquelles ils n'ont pas été traités soit à cause du confinement, soit à cause de la peur d'aller à l'hôpital et de s'y faire contaminer.

Topsy Turvy a écrit:Pour l'évolutions des situations, John Hopkins me paraît de plus en plus limité.
Quelques comparaisons d'évolution des cas par jour par John Hopkins et par le pays en question.
On observe que les 140 nouveaux cas enregistrés hier en Suisse correspondent en fait essentiellement à des cas rapportés de la veille et de l'avant-veille. Quid des nouveaux cas par jour rapportés ailleurs ? Surtout que les valeurs pour la France ont parfois pu paraître fantaisistes sur JH.

Les données agrégées de JHU comportent en effet parfois des incohérences (certaines plus visbles que d'autres), qui sont parfois corrigées plus tard. A un moment la France a eut un nombre négatif de nouveaux cas quotidiens...

Quand je traçais des courbes à partir des données brutes de JHU (ce que je n'ai pas fait depuis un certain temps, faudrait que je m'y remette), j'ai plusieurs fois détecté des erreurs dans les données françaises et italiennes.
C'était assez visible, il s'agissait de nombre de cas ou de décès qui n'augmentait pas d'un jour à l'autre (mêmes valeurs sur deux jours consécutifs) donc un nombre de nouveaux cas/décès artificiellement de zéro. Je les avais corrigées à la main mais je n'ai pas non plus vérifié pour tous les pays.

JHU avait peut-être simplement pas encore récupéré les données au moment de la mise à jour. Les données de JHU sont mises à jour à certaines heures, ce qui veut dire qu'à chaque fois suivant les fuseaux horaires certains pays ont déjà fait leur compte de la journée et d'autres pas. Ça crée du coup un surplus dans la journée d'après. En moyennant sur plusieurs jours, c'est pas trop grave, mais le suivi quotidien n'est du coup pas toujours génial.
Après, je vais pas trop cracher sur JHU, j'me doute qu'agréger quotidiennement des données de près de 200 pays au milieu d'une pandémie, c'est pas forcément le truc le plus facile à faire.

Topsy Turvy a écrit:Quid de France par France ?

J'ai trouvé ça : https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees (à partir des données de Santé publique France).
mais ce sont les données cumulatives.

Sinon, la page wiki du Covid en France est apparemment mise à jour quotidiennement à partir de ces mêmes données, avec pas mal de courbes.
https://fr.wikipedia.org/wiki/Pand%C3%A9mie_de_Covid-19_en_France#Statistiques_pour_l'ensemble_de_la_France

Du coup, ça donne :

France par JHU


France par France


Apparemment, la méga barre le 12/04 sur les données JHU c'est une erreur de zéro, un 2600 qui s'est transformé en 26000.

Au passage, je remercie tout ceux qui postent ici, je ne poste pas beaucoup moi-même mais je lis tout avec grand intérêt

Les gens discutent beaucoup sur "pourquoi ne pas tester tout le monde" et "pourquoi ils ont dit au départ que le port du masque n'était pas utile".

Pour la première question, la raison, déjà évoquée sur un autre fil, c'est qu'il est plus pertinent et faisable de dépister les gens qui ont des symptômes faisant penser au Covid-19, afin de pouvoir confirmer le diagnostic (on ne peut pas juste se contenter de supposer que les personnes ont le Covid-19 alors qu'il peut s'agir d'autre chose), puis suivre et isoler ceux qui seront dépistés positifs, et tester ceux qui sont en contact avec eux (et parmi ces sujets contacts il y aura FORCEMENT des personnes n'ayant AUCUN symptôme qui seront dépistées, d'où la boucle qui sera en quelque sorte bouclée), que de dépister tout le monde ou tous ceux qui n'ont pas de symptômes et avoir à retester ces personnes peut-être indéfiniment tant que leur test sera négatif (parce que négatif un jour ne veut pas dire négatif pour toujours).

Pour la 2ème question, une image qui pourra aider à faire la part des choses :

fleurblanche a écrit:

fift a écrit:
Sinon, le meilleur indicateur reste celui mentionné plusieurs fois par Topsy, à savoir l'écart de mortalité par rapport à la normale (écart synthétisé en Europe par EuroMomo).

L'écart de mortalité ne peut pas être du seul fait de Covid-19.  Car dans le même temps, il y a tous ces gens qui sont morts de pathologies pour lesquelles ils n'ont pas été traités soit à cause du confinement, soit à cause de la peur d'aller à l'hôpital et de s'y faire contaminer.

Et c'est pour ça que je le trouve intéressant, parce qu'il reflète la crise sanitaire.
Parce qu'il est là, le problème, au niveau de la pression sur les systèmes de santé.


Sinon, pour un éclairage sur les différences de mortalité :
Coronavirus: Why so many people are dying in Belgium
https://www.bbc.com/news/world-europe-52491210

Ça comporte ce tableau au sujet des structures de soins :

Merci pour ces éclairages.

Spoiler:

C'est pas scientifique, mais on a vu de ça ici.
Et, là, ça me fait quand même bien marrer :